2. Overwegingen
2.1. De rechtbank heeft ten onrechte aangenomen dat de brief van 28 maart 2000, voorzover de staatssecretaris daarin heeft aangekondigd dat de opzet en uitvoering van het subsidiebeleid voor niet-gouvernementele organisaties zullen worden gewijzigd en dat verplichtingen die leiden tot uitgaven na 1 september 2001 in beginsel niet voor subsidiëring in aanmerking komen, niet als een besluit in de zin van artikel 1:3 van de Algemene wet bestuursrecht (hierna: de Awb) kan worden beschouwd. De bescherming die artikel 4:51 van de Awb, aan subsidie-ontvangers voor drie of meer jaren, wil verlenen, komt niet tot haar recht, indien de bekendmaking van het voornemen tot gehele of gedeeltelijke weigering van de subsidie wordt gezien als een aankondiging zonder rechtsgevolg. De Afdeling verwijst voorzoveel nodig naar de geschiedenis van de totstandkoming van het artikel (PG Awb III, p. 251) en merkt ook op dat de staatssecretaris niet zonder reden een mededeling als bedoeld in artikel 3:45 van de Awb aan de brief van 28 maart 2000 heeft toegevoegd. Hij heeft zich overigens terecht op het standpunt gesteld dat de stichting tegen dit besluit niet-verschoonbaar te laat bezwaar heeft gemaakt.
Voorzover de staatssecretaris in de brief van 18 april 2000, onder verwijzing naar de brief van 28 maart 2000, de aankondiging heeft herhaald, kan de eerstgenoemde brief niet als besluit in de zin van artikel 1:3 van de Awb worden aangemerkt, aangezien deze herhaling geen zelfstandige rechtsgevolgen in het leven roept. De rechtbank heeft derhalve miskend dat de staatssecretaris het bezwaar in zoverre ten onrechte heeft ontvangen.
2.2. Het hoger beroep ziet voorts op het oordeel van de rechtbank dat de staatssecretaris de afwijzing van de, voor het jaar 2000 gevraagde, subsidie voor het Transformatieproject in strijd met het vertrouwensbeginsel in bezwaar heeft gehandhaafd, omdat op een overleg van 25 juni 1998, tussen het Departement van Ontwikkelingssamenwerking, het Kabinet voor Nederlands-Antilliaanse en Arubaanse Zaken en de stichting, vanwege de staatssecretaris is toegezegd dat de helft van de voor externe begeleiding benodigde gelden ten behoeve van het Transformatieproces door hem, boven op de reguliere jaarlijkse bijdrage aan de stichting, zal worden gefinancierd.
De staatssecretaris heeft terecht betoogd dat de rechtbank dat ten onrechte heeft geoordeeld. Niet alleen is gebleken dat op een vervolgoverleg van 12 mei 1999 vanwege de staatssecretaris is uiteengezet dat eerst duidelijkheid moet worden geschapen over de financiële situatie van de stichting en haar begroting voor 1999 eerst moet worden goedgekeurd alvorens het Transformatieproject kan worden gecontinueerd, maar bovendien moest het - in ieder geval na de aankondiging van 28 maart 2000 - ook de stichting duidelijk zijn dat het project zou worden aangehouden met het oog op de herziening van het subsidiebeleid voor niet-gouvernementele organisaties. Onder deze omstandigheden en mede gelet op het in 2.1 overwogene is geen plaats voor het oordeel dat de staatssecretaris de afwijzing van de subsidie voor het project in bezwaar ten onrechte heeft gehandhaafd.
2.3. Het hoger beroep is gegrond en de aangevallen uitspraak moet worden vernietigd. Doende hetgeen de rechtbank zou behoren te doen, dient het bij haar ingestelde beroep, voorzover het betrekking heeft op de bij brief van 18 april 2000 gedane en in bezwaar gehandhaafde mededeling dat het subsidiebeleid voor niet-gouvernementele organisaties zal worden gewijzigd en dat verplichtingen die leiden tot uitgaven na 1 september 2001 in beginsel niet voor subsidiëring in aanmerking komen, gegrond te worden verklaard, het besluit van 13 juli 2000 in zoverre te worden vernietigd en het tegen de brief van 18 april 2000 gemaakte bezwaar in zoverre niet-ontvankelijk te worden verklaard. Voor het overige dient het bij de rechtbank ingestelde beroep alsnog ongegrond te worden verklaard.
2.4. De staatssecretaris dient op na te melden wijze in de proceskosten te worden veroordeeld.