2. Overwegingen
2.1. Ter zitting heeft appellante sub 1 haar beroep ingetrokken voorzover het is gericht tegen het gedooggedeelte van het bestreden besluit.
2.2. Niet in geschil is dat ten tijde van het nemen van het bestreden besluit de inrichting niet overeenkomstig de verleende vergunning krachtens de Afvalstoffenwet - die op grond van het overgangsrecht van de Wet milieubeheer thans moet worden aangemerkt als vergunning krachtens deze wet - in werking was, zodat verweerders bevoegd waren tot het toepassen van bestuursdwang wegens overtreding van artikel 8.1, eerste lid, van de Wet milieubeheer.
2.3. Appellante sub 2 voert aan dat zij ingevolge het overgangsrecht van het vigerende bestemmingsplan het met de bestemming strijdige gebruik van de strook grond aan de noordoostelijke zijde van de inrichting mag voortzetten. Daardoor staat volgens appellante sub 2, in tegenstelling tot hetgeen verweerders stellen, niet vast dat het in gebruik houden van deze strook grond en het legaliseren van de daarop aan te brengen geluidwal uit planologisch oogpunt problematisch is. Voorts vindt appellante sub 2 het onbegrijpelijk dat verweerders planologische belangen aan hun besluit ten grondslag hebben gelegd, aangezien deze - zo betoogt zij - in het kader van een beslissing op de aanvraag om vergunning krachtens de Wet milieubeheer geen rol kunnen spelen.
Appellante sub 1 betoogt dat verweerders bij hun handhavingsbeslissing de ingebruikneming van een strook grond aan de zuidoostelijke zijde van het terrein en de nieuwe activiteiten en bouwwerken elders op het terrein niet buiten beschouwing hadden mogen laten, aangezien die eveneens in strijd zijn met het bestemmingsplan.
2.3.1. Op 6 oktober 1997 is door appellante sub 2 een aanvraag om vergunning krachtens de Wet milieubeheer ingediend. Verweerders verwachtten ten tijde van het nemen van het bestreden besluit dat deze aanvraag gehonoreerd zou kunnen worden, hetgeen voor hen aanleiding was om in zoverre af te zien van handhavend optreden. In aanvulling op de aanvraag is door appellante sub 2 op 22 februari 1999 een tekening ingediend die aan de achterzijde van de inrichting in noordoostelijke richting een groter terrein omvat dan het terrein dat is aangeduid bij de oorspronkelijke aanvraag. Verweerders hebben aan de beslissing om partieel handhavend op te treden ten grondslag gelegd dat althans dit deel van de inrichting in strijd is met het vigerende bestemmingsplan, waardoor niet de benodigde aanleg- of bouwvergunning verleend zal kunnen worden. Zij hebben bij hun afweging betrokken dat in laatstgenoemd geval een te verlenen vergunning krachtens de Wet milieubeheer - gelet op artikel 20.8 van de Wet milieubeheer - niet in werking kan treden.
2.3.2. Ten aanzien van het beroep van appellante sub 2 overweegt de Afdeling als volgt.
Uit de uitspraak van de Afdeling van 14 november 2001 inzake 200005420/1 volgt dat appellante sub 2 met betrekking tot het gebruik van de strook grond ten noordoosten van de inrichting geen beroep kan doen op de beschermende werking van het overgangsrecht, opgenomen in artikel 30 van de planvoorschriften bij het bestemmingsplan.
Niet is uitgesloten dat het bevoegd gezag in het kader van een beslissing inzake handhaving van de Wet milieubeheer belangen bij zijn afweging betrekt die vervolgens bij de beslissing op de aanvraag om vergunning geen (doorslaggevende) rol mogen spelen. In het onderhavige geval hebben verweerders bij hun verwachtingen omtrent legalisering strijd met het bestemmingsplan een rol laten spelen. Dit is niet in strijd met het recht.
Het beroep van appellante sub 2 treft geen doel.
2.3.3. Ten aanzien van het beroep van appellante sub 1 overweegt de Afdeling als volgt.
In een situatie als de onderhavige waarin een inrichting ten tijde van het nemen van het bestreden besluit zonder toereikende vergunning in werking is, geldt als uitgangspunt dat een handhavingsbesluit is gericht op het volledig opheffen van de overtreding. Slechts onder bijzondere omstandigheden kan er aanleiding zijn bij de afweging van de betrokken belangen af te wijken van dit uitgangspunt door middel van een handhavingsbesluit dat betrekking heeft op het gedeeltelijk ongedaan maken van de overtreding. Van dergelijke bijzondere omstandigheden is niet gebleken. De stelling van verweerders dat een deel van de bedrijfsvoering kan worden gelegaliseerd is in dit verband onvoldoende. Hieraan voegt de Afdeling toe dat uit de uitspraak van de Afdeling van 14 november 2001 inzake 200100666/1 blijkt, dat ook overigens op het terrein bouwwerken aanwezig zijn die zijn opgericht zonder de daartoe vereiste bouwvergunning. Het betreft onder meer de cementmenginstallatie en de houtversnipperaar. De activiteiten die hiermee worden verricht zijn in strijd met het bestemmingsplan, en de bouwwerken zijn of worden niet gelegaliseerd door de werking van het overgangsrecht. Hetgeen verweerders in het kader van hun beslissing tot partiële handhaving hebben overwogen ten aanzien van strijd met het bestemmingsplan wegens het gebruik van de strook grond ten noordoosten van de inrichting, geldt derhalve evenzeer ten aanzien van de bouwwerken op het overige terreingedeelte. Dat betekent voorts dat een eventuele, nog te verlenen vergunning krachtens de Wet milieubeheer - in haar geheel - niet in werking kon treden door het bepaalde in artikel 20.8 van deze wet. Gelet hierop is de Afdeling van oordeel dat het bestreden besluit niet deugdelijk is gemotiveerd, hetgeen in strijd is met artikel 7:12, eerste lid, van de Algemene wet bestuursrecht. Het beroep van appellante sub 1 treft in zoverre doel.
2.4. Het beroep van appellante sub 2 is ongegrond. Het beroep van appellante sub 1 is gegrond. Het bestreden besluit dient te worden vernietigd voorzover het betreft de beslissing tot toepassing van bestuursdwang.
2.5. Verweerders dienen op na te melden wijze in de proceskosten te worden veroordeeld.