1.De rechtbank gaat uit van de volgende feiten en omstandigheden.
Inzake het beroep met kenmerk ROT 12/1738 (tegen bestreden besluit II)
1.1.1. Volgens het op 31 oktober 2011 door drie bij de Algemene Inspectiedienst (AID) werkzame toezichthouders ondertekende boeterapport hebben deze op 19 mei 2011 geconstateerd dat met de desbetreffende vrachtwagencombinatie zeven runderen teveel zijn vervoerd, nu voor het vervoeren van 87 kalveren met een gemiddeld gewicht van 285,9 kilogram ten minste moet worden beschikt over een oppervlakte van 0,87 m² per dier. De kalveren hadden echter de beschikking over 0,80 m² per dier, aldus de toezichthouders. De rechtbank stelt op grond van het vorenstaande vast dat hiermee sprake is van een afwijkingspercentage van 8,31%.
Op 30 juni 2011 is [naam 2] (hierna: [naam 2]) door de toezichthouders gehoord, nadat hem was medegedeeld dat hij niet tot antwoorden verplicht was. Hij heeft ondermeer verklaard dat voorheen altijd 100 tot 105 kalveren per vrachtwagencombinatie werden vervoerd, maar dat dit vanaf mei 2011 - sinds de controles van de AID - is teruggebracht naar 70 tot 90 kalveren per combinatie. Het is voor een chauffeur niet in te schatten hoeveel een kalf precies weegt. Voor het transport wordt een vast bedrag per kalf betaald. Nu minder kalveren per vracht worden geladen, wordt er dik ingeleverd. Het bedrijf heeft daarnaast onlangs een grote investering in een nieuwe wagen gedaan, maar krijgt niet meer betaald per kalf, aldus [naam 2].
1.1.2. Op 1 december 2011 heeft verweerder het voornemen kenbaar gemaakt om eiseres een bestuurlijke boete op te leggen. Eiseres heeft geen gebruik gemaakt van de gelegenheid om hierop haar zienswijze naar voren te brengen.
1.1.3. Vervolgens heeft verweerder het primaire besluit II genomen en daarin overwogen dat eiseres de dieren niet in overeenstemming met de technische voorschriften zoals opgenomen in Bijlage I (hoofdstuk III, paragraaf 2, onder 2.1 in verbinding met hoofdstuk VII) van de Verordening (EG) nr. 1/2005 (hierna: Bijlage I) heeft vervoerd.
1.1.4. Eiseres heeft bezwaar gemaakt tegen het primaire besluit II en heeft op 7 maart 2012 afgezien van de gelegenheid om op het bezwaar te worden gehoord. Vervolgens heeft verweerder het bestreden besluit II genomen.
Inzake het beroep met kenmerk ROT 12/3893 (tegen bestreden besluit III)
1.2.1. Volgens het op 7 maart 2012 door drie bij de AID werkzame toezichthouders ondertekende boeterapport hebben deze op 6 februari 2012 - in het kader van een controle ten aanzien van overbelading van kalveren - geconstateerd dat de door eiseres vervoerde kalveren tezamen beschikten over te weinig oppervlakte in verhouding tot hun gemiddelde gewicht, nu voor het vervoeren van 83 kalveren met een gemiddeld gewicht van 291,33 kilogram ten minste moet worden beschikt over een oppervlakte van 0,88266 m² per dier. De rechtbank stelt op grond van het vorenstaande vast dat de kalveren de beschikking hadden over 0,81 m² per dier. Volgens de toezichthouders is sprake van een afwijkingspercentage van 9,51%.
Op 6 februari 2012 is de chauffeur, [naam 3] (hierna: [naam 3]), door de toezichthouders gehoord, nadat hem was medegedeeld dat hij niet tot antwoorden verplicht was. Hij heeft ondermeer verklaard dat hij de kalveren niet kan wegen en dat de wagen in zijn beleving niet te vol zat. Zeven kalveren te veel op vier lagen is toch bijna niets. Hij probeert het altijd zo goed mogelijk te doen, aldus [naam 3].
Op 21 februari 2012 is [naam 2] telefonisch door de toezichthouders gehoord, nadat hem was medegedeeld dat hij niet tot antwoorden verplicht was. Hij heeft ondermeer verklaard dat [naam 3] bij hem in dienst is en in zijn opdracht de kalveren met de vrachtwagen heeft vervoerd. [naam 2] kan niet zien of een kalf nou 230 of 260 kilogram weegt. Er zaten maar zeven kalveren teveel op. De planning had hij uit de derde hand, namelijk van [naam 4]. Hij zit bijna zijn hele leven in de kalverenhandel en dan nog kun je niet zeggen hoeveel een kalf weegt. Dat kan niemand, aldus [naam 2].
1.2.2. Op 4 april 2012 heeft verweerder het voornemen kenbaar gemaakt om eiseres een bestuurlijke boete op te leggen. Bij e-mail van 16 april 2012 heeft eiseres hierop haar zienswijze naar voren gebracht.
1.2.3. Vervolgens heeft verweerder het primaire besluit III genomen en daarin overwogen dat de dieren tijdens het vervoer niet beschikten over voldoende vloeroppervlak, hetgeen in strijd is met artikel 9 van de Regeling dierenvervoer 2007 gelezen in verbinding met artikel 3, aanhef en onder g, van de Verordening (EG) nr. 1/2005 (hierna: de Transportverordening).
1.2.4. Eiseres heeft bezwaar gemaakt tegen het primaire besluit III en heeft op 11 juli 2012 afgezien van de gelegenheid om op het bezwaar te worden gehoord. Vervolgens heeft verweerder het bestreden besluit III genomen.