6.3.De rechtbank is van oordeel dat het college in het bestreden besluit onvoldoende inzichtelijk heeft gemaakt waarom de gedeeltelijke intrekking van de natuurvergunning niet nodig is ter uitvoering van artikel 6, tweede lid, van de Hrl. Zij zal dit hierna uitleggen.
6.3.1.Op grond van artikel 6, tweede lid, van de Hrl zijn lidstaten verplicht tot het treffen van passende (preventieve) maatregelen die nodig zijn om verslechteringen en verstoringen die significante effecten kunnen hebben op de soorten en habitattypen waarvoor een Natura 2000-gebied is aangewezen (hierna: verslechteringen of verstoringen) te voorkomen. Het Hof heeft in een arrest van 14 januari 2016 geoordeeld dat de lidstaten bij het nemen van passende maatregelen beschikken over een beoordelingsmarge, mits gewaarborgd is dat er geen verslechtering of verstoring plaatsvindt. Het is met andere woorden aan de lidstaten te beoordelen welke maatregelen worden getroffen, maar deze maatregelen moeten worden uitgevoerd als verslechteringen of verstoringen dreigen.
6.3.2.Op grond van artikel 5.4, tweede lid, van de Wnb moet het college een natuurvergunning intrekken of wijzigen als dat nodig is ter uitvoering van artikel 6, tweede lid, van de Hrl. Het feit dat een natuurvergunning onherroepelijk is, wil niet zeggen dat de intrekking daarom niet als passende maatregel kan worden aangemerkt.
6.3.3.Als de intrekking of wijziging van een natuurvergunning kan bijdragen aan het voorkomen van de dreigende achteruitgang van de natuurwaarden, dan kan dat een passende maatregel zijn. Omdat het college beoordelingsruimte heeft bij de keuze van de passende maatregelen die nodig zijn om verslechteringen of verstoringen te voorkomen, zal het als die omstandigheden zich voordoen, moeten beslissen of de intrekking of wijziging van de natuurvergunning als passende maatregel wordt ingezet, dan wel dat andere passende maatregelen (zullen) worden getroffen. Als de intrekking of wijziging van de natuurvergunning de enige passende maatregel is om de dreigende achteruitgang van natuurwaarden te voorkomen, dan moet het college de natuurvergunning intrekken of wijzigen. Het college zal in het besluit op een verzoek om intrekking of wijziging van de natuurvergunning inzichtelijk moeten maken op welke wijze het invulling heeft gegeven aan de beoordelingsruimte die hij heeft bij de keuze van de te treffen passende maatregelen. Als het college de intrekking of wijziging van de natuurvergunning niet als passende maatregel wil inzetten terwijl dat wel zou kunnen, dan dient het college inzichtelijk te maken dat de intrekking of wijziging niet de enige passende maatregel is en als dat zo is, waarom de intrekking of wijziging van de natuurvergunning geen deel hoeft uit te maken van de maatregelen of het pakket van maatregelen dat wel wordt getroffen. Het college kan dat doen door uit te leggen welke andere maatregelen zijn of zullen worden getroffen, binnen welk tijdpad de maatregelen worden uitgevoerd en wanneer verwacht wordt dat deze effectief zijn. Het is daarvoor niet noodzakelijk, zoals eisers stellen, dat het college een beleidsplan vaststelt voor intrekking van natuurvergunningen.
6.3.4.Zoals de Afdeling bestuursrechtspraak van de Raad van State eerder heeft geoordeeld geldt bij de beoordeling van een intrekkingsverzoek het volgende. Bij een verzoek tot intrekking of wijziging van een natuurvergunning voor een activiteit die stikstofdepositie veroorzaakt op (zwaar) overbelaste natuurwaarden die onder druk staan en dreigen te verslechteren, is het volgende van belang. De te hoge stikstofbelasting in Natura 2000-gebieden wordt veroorzaakt door de cumulatieve effecten van (veel) verschillende activiteiten afkomstig van verschillende bronnen. Daar waar de hoge stikstofbelasting leidt tot verslechtering van natuurwaarden zijn passende maatregelen nodig die onder meer gericht zijn op de daling van de stikstofdepositie in het Natura 2000-gebied. De intrekking of wijziging van natuurvergunningen voor activiteiten die bijdragen aan die verslechtering is een passende maatregel, maar zal in de regel niet de enige mogelijke passende maatregel zijn ter beperking van de stikstofdepositie. Het college kan, als het niet voor de intrekking of wijziging van de natuurvergunning kiest terwijl dat wel zou kunnen, niet volstaan met de enkele constatering dat andere passende maatregelen kunnen, zullen of al worden getroffen. Het college dient inzichtelijk te maken met welke maatregelen uitvoering wordt of zal worden gegeven aan de noodzakelijke daling van stikstofdepositie binnen een afzienbare termijn. Als er een pakket van maatregelen of een programma in uitvoering is dat gericht is op de daling van stikstofdepositie en dat zo nodig vergezeld gaat van monitoring van de uitvoering en effecten en dat voorziet in bijsturing of aanvulling indien nodig, dan kan het college daar naar verwijzen. Is er geen zicht op de uitvoering van andere stikstofreducerende maatregelen binnen afzienbare termijn, dan komt de intrekking of wijziging van de natuurvergunning, al dan niet in samenhang met de intrekking of wijziging van één of meer andere natuurvergunningen, nadrukkelijk in beeld, met name als die intrekking(en) of wijziging(en) wel binnen afzienbare termijn tot relevante verbetering kan of kunnen leiden.
6.3.5.De rechtbank stelt vast dat tussen partijen niet in geschil is dat de kdw van het Natura 2000-gebied wordt overschreden voor (in ieder geval) de habitattypen “heischrale graslanden” en “actieve hoogvenen”. Ook is niet in geschil dat de vergunde activiteit (de melkrundveetak van het bedrijf) leidt tot een toename van stikstofdepositie op het al stikstofoverbelaste Natura 2000-gebied met als gevolg een dreigende verslechtering of verstoring met significante gevolgen voor dat gebied. Dit betekent dat passende maatregelen moeten worden getroffen om die verslechtering of significante verstoring van deze habitattypen te voorkomen. Daarom moest het college naar aanleiding van het verzoek van eisers beoordelen of de gedeeltelijke intrekking van de natuurvergunning nodig was ter uitvoering van artikel 6, tweede lid, van de Hrl.
6.3.6.Naar het oordeel van de rechtbank is het antwoord op de vraag of in dit geval sprake is van latente ruimte – daargelaten wat daar precies onder moet worden verstaan – niet van doorslaggevend belang in het kader van de beoordeling of het college het verzoek tot het gedeeltelijk intrekken van de natuurvergunning mocht afwijzen. Daarom zal de rechtbank in het midden laten of sprake is van latente ruimte.
6.3.7.De rechtbank constateert dat het college in de motivering van de weigering om de natuurvergunning gedeeltelijk in te trekken een grote rol toekent aan de rechtszekerheid die de onherroepelijke natuurvergunning meebrengt en aan de – naar zijn mening – geringe stikstofreductie die de intrekking zal opleveren. De rechtbank merkt hierover op dat de rechtszekerheid van de vergunninghouder een rol kan spelen bij de keuze van de te treffen maatregelen, maar dat deze rechtszekerheid de invulling van de beoordelingsruimte van het college niet begrenst. Dat het college het intrekken van de vergunning niet effectief en proportioneel vindt, neemt niet weg dat het college moet onderbouwen welke passende maatregelen wel worden genomen voor het Natura 2000-gebied. De omvang van de afname van stikstofdepositie op het Natura 2000-gebied die kan worden behaald met de gedeeltelijke intrekking van de natuurvergunning kan een rol spelen bij de keuze of uitvoering wordt gegeven aan artikel 6, tweede lid, van de Hrl door deze intrekking of door andere passende maatregelen. De enkele omstandigheid dat de stikstofdepositie van een project relatief beperkt is, is op zich echter onvoldoende reden om niet te kiezen voor de (gedeeltelijke) intrekking van de vergunning voor dat project. Daarbij is van belang dat de te hoge stikstofbelasting in Natura 2000-gebieden wordt veroorzaakt door de cumulatieve effecten van (veel) verschillende activiteiten (bronnen).
6.3.8.De rechtbank is van oordeel dat het arrest van het Hof in de zaak AquaPri geen rol speelt in het kader van het verzoek tot gedeeltelijke intrekking van de natuurvergunning, omdat dit arrest gaat over een andere, niet vergelijkbare situatie. De rechtbank overweegt daartoe het volgende.
Op grond van artikel 6, derde lid, van de Hrl wordt voor elk project dat niet direct verband houdt met of nodig is voor het beheer van een Natura 2000-gebied, maar afzonderlijk of in combinatie met andere plannen of projecten significante gevolgen kan hebben voor zo'n gebied, een passende beoordeling gemaakt van de gevolgen voor het gebied, rekening houdend met de instandhoudingsdoelstellingen van dat gebied. Voor zo’n project wordt alleen toestemming verleend als uit die passende beoordeling de zekerheid is verkregen dat het project de natuurlijke kenmerken van het betrokken gebied niet zal aantasten.
In het arrest in de zaak AquaPri heeft het Hof geoordeeld dat, als de passende beoordeling die ten grondslag is gelegd aan de vergunning voor een project niet voldeed aan de eisen van artikel 6, derde lid, van de Hrl en die vergunning de voortzetting van dat project bovendien afhankelijk stelt van de voorwaarde dat een nieuwe vergunning wordt verkregen, voorafgaand aan het verlenen van deze nieuwe vergunning, een nieuwe passende beoordeling moet worden gemaakt die wel voldoet aan de vereisten van die bepaling.
In dit geval is geen sprake van (een verzoek tot) het verlenen van een nieuwe vergunning of andere vorm van toestemming, maar van een verzoek tot het gedeeltelijk intrekken van een bestaande vergunning. Daarom speelt artikel 6, derde lid, van de Hrl en de uitleg die het Hof daaraan heeft gegeven in deze procedure geen rol.
Dit laat overigens onverlet dat de vraag of de natuurvergunning destijds is verleend in overeenstemming met artikel 6, derde lid, van de Hrl een rol kan spelen bij de keuze tussen het gedeeltelijk intrekken van de natuurvergunning en andere passende maatregelen.
6.3.9.De rechtbank is van oordeel dat het college in het bestreden besluit niet inzichtelijk heeft gemaakt met welke maatregelen anders dan gedeeltelijke intrekking van deze natuurvergunning binnen een afzienbare termijn uitvoering wordt of zal worden gegeven aan de noodzakelijke daling van stikstofdepositie in het Natura 2000-gebied. Het college verwijst in het bestreden besluit in het algemeen naar het PPLG. Naar het oordeel van de rechtbank voldoen de maatregelen die daarin worden genoemd niet aan de in 6.3.3. en 6.3.4. beschreven eisen. In het PPLG worden niet of nauwelijks concrete maatregelen beschreven. Het college heeft met de enkele verwijzing naar het PPLG onvoldoende inzicht gegeven in de maatregelen die (zullen) worden getroffen en de effecten die deze maatregelen (zullen) hebben voor het Natura 2000-gebied. Ook heeft het college niet inzichtelijk gemaakt binnen welk tijdpad deze maatregelen worden uitgevoerd en wanneer verwacht wordt dat deze tot resultaten zullen leiden voor dit gebied. Hieruit volgt dat deze beroepsgrond slaagt.