Op 18 december 2019 heeft de Rechtbank Oost-Brabant uitspraak gedaan in een zaak met zaaknummer SHE 17/2017, waarin milieuverenigingen beroep hebben ingesteld tegen een verleende natuurvergunning. Deze vergunning was verleend door het college van gedeputeerde staten van de provincie Noord-Brabant voor het exploiteren van een veehouderij, waarbij verweerder zich beriep op de passende beoordeling in het Programma Aanpak Stikstof (PAS). De rechtbank heeft de zaak enige tijd aangehouden in afwachting van een uitspraak van het Hof van Justitie van de Europese Unie over de prejudiciële vragen die door de Afdeling bestuursrechtspraak van de Raad van State waren gesteld. Na de uitspraak van het Hof op 7 november 2018 heeft de Afdeling op 29 mei 2019 geoordeeld dat de passende beoordeling die aan het PAS ten grondslag ligt, niet voldoet aan de eisen van de Habitatrichtlijn.
De rechtbank heeft overwogen dat de vergunning niet kon worden verleend onder verwijzing naar de passende beoordeling, omdat deze niet voldeed aan de wettelijke eisen. De rechtbank heeft het bestreden besluit vernietigd en bepaald dat verweerder een nieuw ontwerpbesluit moet opstellen en ter inzage moet leggen. Tevens is bepaald dat verweerder het door eisers betaalde griffierecht moet vergoeden en dat verweerder in de proceskosten van eisers moet worden veroordeeld tot een bedrag van € 768,00. De uitspraak is openbaar gedaan en partijen zijn op de hoogte gesteld van hun rechtsmiddelen.