Overwegingen
1. Ingevolge artikel 6:2, aanhef en onder b, van de Algemene wet bestuursrecht (Awb) wordt voor de toepassing van wettelijke voorschriften over bezwaar en beroep, het niet tijdig nemen van een besluit met een besluit gelijkgesteld. Daartegen kan krachtens artikel 8:1, eerste lid, in verbinding met artikel 7:1, eerste lid, aanhef en onder e, van de Awb, beroep worden ingesteld.
2. Ingevolge artikel 6:12, tweede lid, van de Awb, kan het beroepschrift worden ingediend zodra:
a. het bestuursorgaan in gebreke is tijdig een besluit te nemen, en
b. twee weken zijn verstreken na de dag waarop belanghebbende het bestuursorgaan schriftelijk heeft medegedeeld dat het in gebreke is.
3. Zoals in het procesverloop omschreven heeft eiseres verweerder in gebreke gesteld en zijn sindsdien tot het instellen van onderhavig beroep twee weken verstreken. De tweede voorwaarde voor een ontvankelijk beroep wegens niet tijdig beslissen is dat het bestuursorgaan in gebreke is tijdig een besluit te nemen.
4. Niet in geschil is dat voor de gevraagde omgevingsvergunning slechts kan worden verleend met een vrijstelling op grond van artikel 2.12, eerste lid, sub a, ten derde, van de Wet algemene bepalingen omgevingsrecht (Wabo). Op deze vergunningprocedure is ingevolge artikel 3.10 van de Wabo de uniforme openbare voorbereidingsprocedure in Afdeling 3.4 van de Awb van toepassing.
5. Ingevolge artikel 3:18, eerste lid, van de Awb neemt het bestuursorgaan het besluit zo spoedig mogelijk, doch uiterlijk zes maanden na ontvangst van de aanvraag.
Ingevolge het tweede lid kan het bestuursorgaan, alvorens een ontwerp ter inzage te leggen, binnen acht weken na ontvangst van de aanvraag deze beslistermijn met een redelijke termijn verlengen. Voordat een dergelijk besluit tot verlenging wordt genomen dient het bestuursorgaan de aanvrager in de gelegenheid te stellen hierover zijn zienswijze naar voren te brengen.
6. Ingevolge, voor zover hier van belang, artikel 4:15, eerste lid, van de Awb wordt de termijn voor het geven van een beschikking opgeschort met ingang van de dag na die waarop het bestuursorgaan de aanvrager krachtens artikel 4:5 van de Awb uitnodigt de aanvraag aan te vullen, tot de dag waarop de aanvraag is aangevuld.
Ingevolge het tweede lid wordt de termijn voor het geven van een beschikking voorts opgeschort gedurende de termijn waarvoor de aanvrager schriftelijk met uitstel heeft ingestemd of de vertraging aan de aanvrager kan worden toegerekend.
7. Gezien de datum van de aanvraag verstreek de beslistermijn op grond van artikel 3:18 van de Awb in deze zaak in beginsel op 19 november 2016. Gesteld noch gebleken is immers dat verweerder binnen acht weken na 19 mei 2016 de beslistermijn heeft verlengd.
8. Uit het verweerschrift is af te leiden dat verweerder zich op het standpunt stelt dat enerzijds de beslistermijn is opgeschort omdat eiseres de aanvraag nog moest aanvullen. Daarnaast stelt verweerder dat eiseres impliciet met het uitstel heeft ingestemd en bovendien een beschikking niet kon worden gegeven omdat de overschrijding van de beslistermijn aan eiseres kan worden toegerekend.
9. De rechtbank stelt voorop dat verweerders opmerking in het verweerschrift, dat met de indiening van de aangepaste milieueffectrapportage (m.e.r.) de beslistermijn per 10 februari 2017 opnieuw is aangevangen, geen steun vindt in de wet. De aanvraag is ingediend op 19 mei 2016, dat is en blijft het startpunt van de beslistermijn.
Het standpunt dat eiseres impliciet heeft ingestemd met uitstel kan verweerder verder niet baten. Uit artikel 4:15 van de Awb volgt immers dat eiseres’ (veronderstelde) instemming met uitstel schriftelijk moet zijn gedaan en bovendien voor een vooraf bepaalde termijn. Daarvan blijkt uit het dossier niet. Van een voor dit beroep relevante instemming met uitstel in de zin van artikel 4:15 van de Awb is dan ook geen sprake.
10. Wel heeft verweerder bij brief van 2 augustus 2016 eiseres verzocht om de aanvraag aan te vullen, onder meer met een aangevulde m.e.r. Eiser heeft op 1 september 2016 een aanvulling ingediend. Daarmee is, overeenkomstig artikel 4:15, eerste lid, van de Awb de beslistermijn opgeschort met ingang van 3 augustus 2016 tot en met 1 september 2016. Gelet op deze opschorting en de beslistermijn van zes maanden, zoals opgenomen in artikel 3:18, eerste lid, van de Awb, had verweerder uiterlijk op 19 december 2016 op de aanvraag van eiseres moeten beslissen. Dat heeft hij niet gedaan. Het verzoek om aanvulling zoals gedaan op 22 december 2016 valt dan ook buiten de beslistermijn en een reeds verstreken beslistermijn kan niet meer opgeschort worden. De rechtbank stelt vast dat aldus de beslistermijn is overschreden. De rechtbank roept verder in herinnering dat eiseres verweerder op 19 januari 2017 in gebreke heeft gesteld en dat sindsdien meer dan twee weken zijn verstreken.
11. Het beroep is dan ook gegrond.
12. In artikel 4:17 van de Awb is bepaald dat als een beschikking niet op tijd wordt genomen, het bestuursorgaan een dwangsom verschuldigd is voor elke dag dat het in gebreke is voor ten hoogste 42 dagen.
13. Verweerder heeft de hoogte van de dwangsom niet vastgesteld. De rechtbank doet dit met toepassing van artikel 8:55c van de Awb alsnog. De dwangsom is in dit geval verschuldigd vanaf 3 februari 2017 en bedraagt dan ook € 1.260,00.
14. Op grond van artikel 8:55d, eerste lid, van de Awb bepaalt de rechtbank als het beroep gegrond is en nog geen besluit is bekendgemaakt dat het bestuursorgaan binnen twee weken na de dag waarop de uitspraak wordt verzonden alsnog een besluit bekendmaakt. In bijzondere gevallen kan de rechtbank op grond van het derde lid een andere termijn stellen.
Daar ziet de rechtbank in onderhavige zaak aanleiding toe. Gelet op de reguliere beslistermijn voor een aanvraag om een omgevingsvergunning en gelet op de reeds verstreken tijd zal de rechtbank bepalen dat verweerder niet binnen het door verweerder beoogde tijdpad, maar binnen acht weken na deze uitspraak een besluit op de aanvraag van eiseres moet nemen.
15. De rechtbank bepaalt met toepassing van artikel 8:55d, tweede lid, van de Awb en in overeenstemming met het landelijke beleid (gepubliceerd op www.rechtspraak.nl) dat verweerder een dwangsom van € 100,00 verschuldigd is voor elke dag waarmee de hiervoor genoemde termijn wordt overschreden, met een maximum van € 15.000,00. De rechtbank ziet geen aanleiding om tegemoet te komen aan het verzoek van eiseres om, in afwijking van het landelijke beleid, een dwangsom op te leggen van € 250,00 per dag, nu eiseres niet heeft onderbouwd waarom in dit specifieke geval van het landelijke beleid zou moeten worden afgeweken.
15. Omdat de rechtbank het beroep gegrond verklaart, bepaalt de rechtbank dat verweerder aan eiser het door hem betaalde griffierecht vergoedt.
17. De rechtbank veroordeelt verweerder in de door eiser gemaakte proceskosten. Deze kosten stelt de rechtbank op grond van het Besluit proceskosten bestuursrecht voor de door een derde beroepsmatig verleende rechtsbijstand vast op € 495,00 (1 punt voor het indienen van het beroepschrift en 1 punt voor het verschijnen ter zitting, met een waarde per punt van € 495,00 en een wegingsfactor 0,50). De rechtbank is van oordeel dat deze zaak van licht gewicht is, omdat de zaak – in weerwil van in dit dossier aangevoerde inlichtingen over de inhoud van de aanvraag – alleen gaat over de vraag of de beslistermijn is overschreden en of er een dwangsom verschuldigd is.