Beoordeling van het geschil
3.1 De rechtbank overweegt dat de bevoegdheid tot het opleggen van een naheffingsaanslag aan de inspecteur wordt verleend op grond van artikel 20, eerste lid, van de AWR. Deze bepaling luidt met ingang van 1 januari 2010 als volgt:
"Indien belasting die op aangifte behoort te worden voldaan of afgedragen, geheel of gedeeltelijk niet is betaald, kan de inspecteur de te weinig geheven belasting naheffen. Met geheel of gedeeltelijk niet betaald zijn wordt gelijkgesteld het geval waarin, naar aanleiding van een gedaan verzoek, ten onrechte of tot een te hoog bedrag, vrijstelling of vermindering van inhouding van belasting dan wel teruggaaf van belasting is verleend.".
3.2 Eiseres stelt zich - kort gezegd - op het standpunt dat de onderhavige naheffingsaanslagen dienen te worden vernietigd, omdat iedere rechtsgrond voor het opleggen van de tweede naheffingsaanslagen ontbreekt, nu de daarin begrepen belasting ziet op dezelfde feiten als de belasting die is begrepen in de eerste naheffingsaanslag. Verweerder stelt zich - kort gezegd - op het standpunt dat de eerste naheffingsaanslag, ondanks de feitelijke betaling, nog niet betaald is, omdat de eerste naheffingsaanslag nog niet onherroepelijk vaststaat.
3.3 De Hoge Raad heeft in zijn arrest van 27 augustus 1986, nr. 23 105, ECLI:NL:HR:1986:BH4864, BNB 1986/321 het volgende overwogen: "4.4. Ingevolge het bepaalde in artikel 20 van de Algemene Wet inzake Rijksbelastingen kan, indien belasting die op aangifte behoort te worden voldaan of afgedragen, geheel of gedeeltelijk niet is betaald, de inspecteur de te weinig geheven belasting naheffen. Geen wettelijke bepaling beperkt de bevoegdheid tot het opleggen van naheffingsaanslagen in dier voege dat over hetzelfde tijdvak in dezelfde belasting slechts een naheffingsaanslag mogelijk is.
Indien in dezelfde belasting over hetzelfde tijdvak twee naheffingsaanslagen zijn opgelegd en de naheffingsaanslag welke het eerst is opgelegd, onherroepelijk vaststaat, moet de naheffingsaanslag die het laatst is opgelegd worden vernietigd indien en voor zover het bedrag daarvan hoger is dan de verschuldigde belasting na aftrek van de op aangifte betaalde belasting vermeerderd met de in de eerste naheffingsaanslag begrepen belasting. Indien, gelijk in casu, de eerste naheffingsaanslag is vernietigd, dient de tweede naheffingsaanslag in stand te worden gelaten voor zover de verschuldigde belasting hoger is dan de op aangifte betaalde belasting.".
3.4 Tussen partijen is niet in geschil dat de in de onderhavige naheffingsaanslagen begrepen belasting ziet op dezelfde feiten als de belasting - ter zake van de jaren 2005 en 2006 - die is begrepen in de eerste naheffingsaanslag. Naar het oordeel van de rechtbank brengt deze omstandigheid, anders dan eiseres betoogt, niet mee dat de naheffingsaanslagen reeds hierom dienen te worden vernietigd. De rechtbank overweegt dat uit de onder 3.3 vermelde overwegingen van de Hoge Raad kan worden afgeleid dat in een geval als het onderhavige, waarin de eerste naheffingsaanslag nog niet onherroepelijk vaststaat (zie 1.7) en de in de onderhavige naheffingsaanslagen begrepen belasting niet op aangifte is voldaan (zie 1.6), de tweede naheffingsaanslagen niet enkel vanwege het feit dat er al een eerdere naheffingsaanslag is opgelegd, dienen te worden vernietigd.
3.5 Eiseres heeft in haar beroepschrift nog aangevoerd dat het opleggen van een tweede belastingaanslag voor dezelfde feiten, zonder de eerste belastingaanslag in te trekken, een flagrante schending is van de algemene beginselen van behoorlijk bestuur. De rechtbank gaat voorbij aan dit beroep van eiseres, reeds omdat eiseres niet heeft gesteld op welk specifiek beginsel zij zich beroept en zij dit ook niet nader heeft onderbouwd. Ter zitting heeft de gemachtigde van eiseres in dit verband nog gewezen op de rechtszekerheid. Voor zover de gemachtigde van eiseres hiermee een beroep doet op schending van het rechtszekerheidsbeginsel, overweegt de rechtbank dat aantasting van de rechtszekerheid gezien de onder 3.3 genoemde overwegingen van de Hoge Raad niet aan de orde is.
3.6 De rechtbank concludeert gelet op het voorgaande dan ook tot een ontkennend antwoord op de onder 2.1a. vermelde vraag.
3.7 Eiseres stelt zich met betrekking tot de naheffingsaanslag over 2005 op het standpunt dat naheffing niet kan plaatsvinden over het bedrag van € 3.412, omdat dit deel betrekking heeft op de ambtshalve teruggaaf op een in 2006 ingediende suppletieaangifte (zie 1.8). Eiseres voert daartoe aan dat artikel 20, eerste lid, van de AWR - naar de rechtbank begrijpt de tweede volzin van deze bepaling -, zoals deze luidde in het jaar waarin de teruggaaf is verleend, te weten 2006, naheffing niet mogelijk maakt, omdat geen sprake is van een 'ingevolge de belastingwet gedaan verzoek'.
3.8 In de Wet van 23 december 2009 tot wijziging van enkele belastingwetten en enige andere wetten (Overige fiscale maatregelen 2010), Stb. 2009, 610, is in artikel XVI, onderdeel B bepaald dat in artikel 20, eerste lid, van de AWR "naar aanleiding van een ingevolge de belastingwet gedaan verzoek" wordt vervangen door "naar aanleiding van een gedaan verzoek". Ingevolge het eerste lid van artikel XXI van de Wet treedt deze wet in werking met ingang van 1 januari 2010. Voor artikel XVI, onderdeel B is geen nader overgangsrecht opgenomen. Het voorgaande betekent naar het oordeel van de rechtbank dat artikel 20, eerste lid, van de AWR zoals dit artikel luidt per 1 januari 2010 (zie 3.1) bij het opleggen van de onderhavige naheffingsaanslagen van toepassing is, nu deze met dagtekening 28 december 2011 zijn opgelegd.
3.9 De rechtbank stelt voorop dat het doen van een verzoek om teruggaaf buiten de bezwaartermijn (suppletieaangifte) niet in de belastingwet is voorzien, zodat dit verzoek niet kan worden aangemerkt als een 'ingevolge de belastingwet gedaan verzoek'. Gelet op hetgeen onder 3.1 en 3.8 is overwogen, kan de inspecteur de te weinig geheven belasting met ingang van 1 januari 2010 op grond van artikel 20, eerste lid, tweede volzin, van de AWR naheffen indien - voor zover hier van belang - naar aanleiding van een gedaan verzoek teruggaaf van belasting is verleend. Met ingang van voormelde datum is, anders dan eiseres betoogt, derhalve niet langer vereist dat sprake is van een 'ingevolge de belastingwet gedaan verzoek'. Nu niet in geschil is dat de door eiseres in 2006 ingediende suppletieaangifte kan worden aangemerkt als een verzoek, faalt eiseres' grief dat naheffing in het onderhavige geval over het bedrag van € 3.412 niet mogelijk is op grond van artikel 20, eerste lid, tweede volzin, van de AWR.
3.10 De rechtbank wijst eiseres erop dat ook indien de rechtbank eiseres zou volgen in haar standpunt dat de wettelijke regeling zoals deze luidde in het jaar van teruggaaf (2006) van toepassing is, en derhalve het vereiste geldt dat sprake is van een ingevolge de belastingwet gedaan verzoek, dit nog niet meebrengt dat verweerder het op verzoek teruggegeven bedrag niet kan naheffen. Nu tussen partijen niet in geschil is dat sprake is van een naheffing van - rekening houdend met de teruggaaf - onbetaald gebleven belasting (zie 1.8), is naheffing ook onder de wettelijke regeling zoals deze in 2006 luidde immers mogelijk op grond van artikel 20, eerste lid, eerste volzin, van de AWR (vgl. HR 16 januari 2009, nr. 07/10527, ECLI:NL:HR:2009:BG9874). 3.11 De gemachtigde van eiseres heeft ter zitting in dit verband nog gesteld dat er bij het honoreren van het verzoek om teruggaaf door verweerder in 2006 van uit mag worden gegaan dat dit verzoek ook is beoordeeld. Verweerder heeft hier tegenover gesteld dat suppletieaangiften, zeker bij lage bedragen, vaak automatisch worden gehonoreerd, en dat daar in het onderhavige geval sprake van is. Voor zover de gemachtigde van eiseres met deze stelling een beroep heeft gedaan op het vertrouwensbeginsel, faalt dit beroep, omdat hij - tegenover de betwisting door verweerder - niet aannemelijk heeft gemaakt dat sprake is van een bewuste standpuntbepaling door verweerder.
3.12 De rechtbank concludeert gelet op het voorgaande tot een ontkennend antwoord op de onder 2.1b. vermelde vraag.
3.13 Voor de overwegingen omtrent de onder 2.1c. en 2.1d. omschreven vragen verwijst de rechtbank naar de onder 1.9 opgenomen uitspraak, onderdelen 3.1 tot en met 3.17, waaruit volgt dat deze vragen ontkennend beantwoord dienen te worden.