8.5De beroepsgrond slaagt niet.
9. Verweerder heeft gelet op het onder 5.13 en 7.5.4 overwogene zijn conclusie in het bestreden besluit dat het project geen significante gevolgen voor een N2000-gebied heeft en de natuurlijke kenmerken van een N2000-gebied niet aantast, niet deugdelijk onderbouwd. Dat geldt ook voor zijn in het verweerschrift alsnog ingenomen standpunt dat het project niet leidt tot een toename van stikstofdepositie ten opzichte van de referentiesituatie en daarom niet vergunningplichtig is.
10. Het beroep is gegrond. Het bestreden besluit komt voor vernietiging in aanmerking, omdat het in strijd met de artikelen 2.7 en 2.8 Wnb en 3:2 en 3:46 van de Awb niet met de vereiste zorgvuldigheid is voorbereid en niet berust op een deugdelijke motivering.
11. De rechtbank zal verweerder opdragen een nieuw besluit op de aanvraag van vergunninghouder van 31 juli 2019 te nemen, met inachtneming van hetgeen in deze uitspraak is overwogen.
Verweerder zal per locatie van de te beweiden percelen moeten nagaan wat de te verwachten emissie is en deze emissies moeten betrekken bij de nieuw te maken stikstofdepositieberekeningen.
Verweerder zal daarnaast moeten bezien welke emissiefactor zal moeten worden betrokken bij de nieuwe stikstofdepositieberekeningen. Wanneer verweerder ervoor kiest om die emissiefactor af te leiden uit de aan de Rav-factor A.1.28 ten grondslag liggende proefstalmetingen, moet hij zorgvuldig onderzoeken en afdoende motiveren dat de te hanteren factor de benodigde zekerheid geeft dat het aangevraagde project de natuurlijke kenmerken van een N2000-gebied niet zal aantasten.
Blijkt uit de nieuwe berekeningen dat het project niet leidt tot een toename van stikstofdepositie ten opzichte van de referentiesituatie dan is voor het project geen vergunning op grond van artikel 2.7, tweede lid, van de Wnb vereist en dient verweerder de aangevraagde vergunning om die reden alsnog te weigeren. Blijkt uit de nieuwe berekeningen dat het project wel leidt tot een toename van stikstofdepositie ten opzichte van de referentiesituatie, dan moet verweerder bezien of het noodzakelijk is een passende beoordeling als bedoeld in artikel 2.8, eerste lid, van de Wnb te (laten) verrichten en vervolgens een beslissing nemen op de aanvraag.
Verweerder dient bij het nieuw te nemen besluit op de aanvraag verder acht te slaan op het per 1 juli 2021 (onmiddellijk) in werking getreden artikel 2.9a van de Wnb. Op basis van die bepaling blijven de tijdelijke gevolgen van door de bouw veroorzaakte stikstofdepositie op N2000-gebieden buiten beschouwing bij de N2000-vergunningplicht.
12. De rechtbank kan de vraag of voor het project een vergunning op grond van artikel 2.7, tweede lid, van de Wnb is vereist, thans niet definitief beantwoorden. De rechtbank komt niet toe aan een bespreking van de beroepsgronden van eiseres dat ten onrechte geen passende beoordeling als bedoeld in artikel 2.8, eerste lid, van de Wnb is verricht en de beroepsgronden van eiseres die betrekking hebben op de handhaafbaarheid en de geldigheidsduur van de verleende vergunning en de houdbaarheid van het daaraan verbonden voorschrift 4.
13. Omdat de rechtbank het beroep gegrond verklaart, bepaalt de rechtbank dat verweerder aan eiseressen het door hen betaalde griffierecht vergoedt.
14. De rechtbank veroordeelt verweerder verder in de door eiseressen gemaakte proceskosten. Deze kosten stelt de rechtbank op grond van het Besluit proceskosten bestuursrecht voor de door een derde beroepsmatig verleende rechtsbijstand vast op
€ 1.518,00 (1 punt voor het indienen van het beroepschrift en 1 punt voor het verschijnen ter zitting met een waarde per punt van € 759,00 en een wegingsfactor 1).