Overwegingen
1. Het beroep van eiseres heeft op grond van artikel 6:19, eerste lid, van de Algemene wet bestuursrecht (Awb) van rechtswege mede betrekking op het herstelbesluit, omdat daarmee niet geheel aan haar beroep tegen het bestreden besluit tegemoet gekomen wordt.
2. De rechtbank moet uit zichzelf de vraag beantwoorden of eiseres nog procesbelang heeft bij de behandeling van haar beroep voor zover dat ziet op het bestreden besluit. Procesbelang is het belang dat een belanghebbende heeft bij de uitkomst van de procedure. Het herstelbesluit vervangt in zijn geheel het bestreden besluit en komt dus daarvoor in de plaats. Gelet hierop en omdat eiseres niet heeft gesteld dat zij nog belang heeft bij de beoordeling van de rechtmatigheid van het bestreden besluit, zal de rechtbank het beroep tegen het bestreden besluit niet-ontvankelijk verklaren vanwege het ontbreken van procesbelang.
3. In het vervolg van deze uitspraak zal de rechtbank het beroep van eiseres tegen het herstelbesluit beoordelen.
4. Deze zaak gaat over de vraag of de omgevingsvergunning voor het bouwen van een nieuwe supermarkt op het perceel [perceel] in [plaats] (het perceel) in stand kan blijven.
5. Deze uitspraak bouwt voort op de tussenuitspraak. In de tussenuitspraak heeft de rechtbank, kort gezegd, overwogen dat aan het bestreden besluit een gebrek kleeft. Tussen partijen is niet in geding en de rechtbank heeft in de tussenuitspraak ook vastgesteld dat de bouw van de supermarkt onder het bestaande gebruik als bedoeld in de beheersverordening ‘De Bilt 2’ (de beheersverordening) valt. Het college had bij het verlenen van de omgevingsvergunning voor de activiteit bouwen dus geen gebruik hoeven maken van de aan hem gegeven binnenplanse bevoegdheid om af te wijken van de bebouwingsvoorschriften uit het bestemmingsplan ‘Brandenburg 2004 Deelgebied 2’ (het bestemmingsplan). Naar het oordeel van de rechtbank is het gebruik van de verdieping van de nieuw te bouwen supermarkt als kantoor en kantine wel in strijd met de beheersverordening. Het college heeft dit in het bestreden besluit niet onderkend en voor dit strijdige gebruik ten onrechte geen omgevingsvergunning verleend.
6. De rechtbank blijft bij alles wat zij in de tussenuitspraak heeft overwogen en beslist, tenzij hierna uitdrukkelijk anders wordt overwogen. Het staat de rechtbank niet vrij om terug te komen van zonder voorbehoud gegeven oordelen in de tussenuitspraak. Dit is alleen anders in zeer uitzonderlijke gevallen. Dit betekent dat de rechtbank ook in deze einduitspraak geen oordeel zal geven over de besluiten over de verdere uitbreiding van de supermarkt die door eiseres in haar zienswijze worden genoemd.
Herstelpoging van het college
7. Het college heeft in het herstelbesluit overwogen dat de bouwactiviteit waarvoor vergunninghouder een omgevingsvergunning heeft aangevraagd op grond van de beheersverordening is toegestaan. Het college heeft de toegepaste binnenplanse afwijking ingetrokken en voor de activiteit bouwen de gewijzigde omgevingsvergunning verleend met toepassing van artikel 2.10 van de Wet algemene bepalingen omgevingsrecht (Wabo).
8. Het college heeft in het herstelbesluit verder onderkend dat het gebruik van de verdieping van de supermarkt als kantoor en kantine in strijd is met de beheersverordening. Het college heeft de gewijzigde omgevingsvergunning voor de activiteit strijdig gebruik verleend met toepassing van artikel 2.12, eerste lid, onder, a, sub 2, van de Wabo in combinatie met artikel 4, aanhef en onderdeel 1, van bijlage II bij het Besluit omgevingsrecht (Bor) en artikel 14 van het ‘2.12 beleid De Bilt 2014 inclusief 4e wijziging’. Volgens het college is het gebruik van de verdieping van de supermarkt voor deze aan de supermarkt ondersteunende functies niet in strijd met een goede ruimtelijke ordening en wordt hiermee voldaan aan de beleidsregels. De locatie en de situering van de verdieping zijn wenselijk en toelaatbaar. De verdieping blijft binnen de op grond van de beheersverordening toegestane maximale bouwhoogte. De verdieping zal alleen worden gebruikt voor aan de winkelbestemming ondersteunende functies. Het betreffen dus geen zelfstandige functies. Daarnaast is vanuit de wijk veel vraag naar een supermarkt op deze locatie. Het verlenen van medewerking aan het bouwplan van vergunninghouder komt de verwezenlijking van de bestemming “Winkels” ten goede. Het college heeft alle betrokken belangen afgewogen en komt tot de conclusie dat dit gebruik niet leidt tot een onevenredige aantasting van belangen.
9. Eiseres voert in haar zienswijze aan dat het herstelbesluit niet voldoet aan de tussenuitspraak, omdat het college de gewijzigde omgevingsvergunning heeft verleend met toepassing van artikel 4, aanhef en onderdeel 1, in plaats van met artikel 4, aanhef en onderdeel 9, van bijlage II bij het Bor. Volgens eiseres gaat het college met de gewijzigde omgevingsvergunning voorbij aan de doelstelling en de reikwijdte van onderdeel 1.
10. Verder voert eiseres aan dat het college in het herstelbesluit en de gewijzigde omgevingsvergunning bij de overweging of het gebruik van de verdieping van de supermarkt wel of niet in strijd is met de goede ruimtelijke ordening ten onrechte geen rekening heeft gehouden met twee andere omgevingsvergunningen die hij inmiddels aan vergunninghouder heeft verleend voor een uitbreiding van de met de gewijzigde omgevingsvergunning toegestane supermarkt.
Beoordeling door de rechtbank
11. De rechtbank moet beoordelen of het college met het herstelbesluit het gebrek in het bestreden besluit dat de rechtbank in de tussenuitspraak heeft geconstateerd heeft hersteld. De rechtbank komt tot de conclusie dat hij dit heeft gedaan.
12. De rechtbank ziet niet in waarom het college het geconstateerde gebrek niet kan herstellen met toepassing van artikel 2.12, eerste lid, onder, a, sub 2, van de Wabo in combinatie met artikel 4, aanhef en onderdeel 1, van bijlage II bij het Bor. De rechtbank heeft in de tussenuitspraak weliswaar de suggestie gedaan om het strijdige gebruik van de verdieping van de supermarkt toe te staan met toepassing van artikel 4, aanhef en onderdeel 9, van bijlage II bij het Bor, maar het staat het college ook vrij om onderdeel 1 hiervoor te gebruiken. Eiseres heeft haar stelling dat het college hiermee voorbij gaat aan de doelstelling en de reikwijdte van dit onderdeel van artikel 4 van bijlage II bij het Bor niet onderbouwd. De rechtbank ziet in wat eiseres aanvoert geen aanleiding voor het oordeel dat het college het herstelbesluit en de gewijzigde omgevingsvergunning onbevoegd zou hebben genomen c.q. verleend.
13. De rechtbank stelt voorop dat het college bij zijn besluitvorming over aanvragen die in strijd zijn met de beheersverordening beleidsruimte heeft. Als het college van mening is dat de activiteit waarvoor een omgevingsvergunning wordt aangevraagd in overeenstemming is met een goede ruimtelijke ordening, kan hij ervoor kiezen om zijn bevoegdheid tot afwijking van het bestemmingsplan al dan niet te gebruiken. De rechtbank toetst of het college met de motivering van het herstelbesluit bij een afweging van de betrokken belangen in redelijkheid tot zijn besluit heeft kunnen komen.
14. De rechtbank vindt dat het college in het herstelbesluit goed heeft uitgelegd waarom hij gebruik heeft gemaakt van zijn bevoegdheid om het gebruik van de verdieping van de supermarkt in afwijking van de beheersverordening toe te staan. De rechtbank vindt het niet onredelijk dat het college de gewijzigde omgevingsvergunning heeft verleend en daarbij het belang van vergunninghouder bij het gebruik van de verdieping van de supermarkt zwaarder heeft laten wegen dan het belang van eiseres.
15. Naar het oordeel van de rechtbank is de beoordeling die het college bij het nemen van het herstelbesluit moet maken beperkt tot de aanvraag zoals deze door vergunninghouder is ingediend. Er is geen rechtsregel die het college voorschrijft dat hij daarbij ook andere aanvragen van vergunninghouder moet betrekken. Als de aanvragen voor een omgevingsvergunning voor de uitbreiding van de supermarkt ook in strijd zijn met de beheersverordening, zal het college bij het nemen van een besluit op die aanvragen moeten beoordelen of het daarmee aangevraagde bouwplan niet in strijd is met een goede ruimtelijke ordening.
16. Het beroep van eiseres is niet-ontvankelijk, voor zover dit is gericht tegen het bestreden besluit. Het beroep van eiseres voor zover dit is gericht tegen het herstelbesluit is ongegrond.
17. Dit betekent voor partijen dat vergunninghouder de supermarkt conform de gewijzigde omgevingsvergunning mag bouwen en gebruiken.
Griffierecht en proceskosten
18. De rechtbank ziet in de omstandigheid dat een tussenuitspraak is gedaan aanleiding om het college te veroordelen in de proceskosten van eiseres. De vergoeding die het college aan eiseres moet betalen wordt met toepassing van het Besluit proceskosten bestuursrecht als volgt berekend. De bijstand door een gemachtigde levert 2,5 punten op (1 punt voor het indienen van het beroepschrift, 1 punt voor het verschijnen op de zitting en 0,5 punt voor het indienen van een schriftelijke zienswijze na een bestuurlijke lus) met een waarde per punt van € 759,-, bij een wegingsfactor 1. Toegekend wordt € 1.897,50.
19. De rechtbank ziet om dezelfde reden aanleiding te bepalen dat het college aan eiseres het door haar betaalde griffierecht vergoedt.