Overwegingen
1. Het oordeel van de voorzieningenrechter heeft een voorlopig karakter en bindt de rechtbank in een (eventueel) bodemgeding niet. Voor het treffen van een voorlopige voorziening is in dit stadium - tijdens de bezwaarfase - in beginsel alleen dan aanleiding wanneer het besluit zodanig gebrekkig is dat het in de heroverweging naar het voorlopig oordeel van de voorzieningenrechter niet of niet volledig in stand zal kunnen blijven.
2. Op het bedrijfsperceel staan drie stallen (stal 3, stal 4 en stal 7). In 2019 heeft verweerder geconstateerd dat de verdieping van stal 3 en stal 4 zijn verbouwd. De stallen zijn intern gewijzigd door er zogenoemde wintergartens in te realiseren en bij elke stal een buitenwand te voorzien met een geperforeerd damwand profiel. Daardoor voldoen de stallen aan de eisen van het Beter Leven keurmerk. De verbouwing is uitgevoerd zonder de daarvoor vereiste omgevingsvergunningen voor de activiteiten bouwen en milieu. Verweerder heeft verzoekster kenbaar gemaakt voornemens te zijn daartegen handhavend op te treden. Bij besluit van 23 juli 2020 heeft verweerder laten weten aanleiding te zien om af te wijken van de plicht tot handhaving, omdat voor het wijzigen van het stalsysteem op de verdieping van stal 3, het realiseren van inpandige wintergartens op de verdieping van stal 3 en stal 4 en het veranderen van het aantal te houden dieren in de inrichting concreet zicht op legalisatie bestaat. Verweerder heeft wel besloten om een last onder dwangsom op te leggen voor het gebruik van de mestdroogtunnel voor het nadrogen van mest van kippen die gehuisvest zijn op de bovenverdieping van stal 3. Verzoekster heeft aan deze last gehoor gegeven en de mestdroogtunnel niet meer gebruikt voor de mest van deze kippen.
3. Op 22 november 2020 is op het bedrijf van verzoekster vogelgriep vastgesteld en als gevolg daarvan zijn alle dieren op het bedrijf geruimd. Kort daarna heeft verzoekster weer nieuwe legkippen besteld om de bedrijfsvoering weer te kunnen hervatten. Op 8 december 2020 heeft verweerder verzoekster een brief gestuurd waarin uiteen is gezet dat verweerder niet wil gaan gedogen dat weer kippen worden gehouden in stallen die niet in overeenstemming zijn met de geldende vergunningen, omdat sprake is van een nieuwe situatie. Verzoekster heeft in reactie daarop bij verweerder aangegeven de bedrijfsvoering spoedig weer te willen gaan hervatten. Vervolgens heeft verweerder, ondanks concreet zicht op legalisatie, een preventieve last onder dwangsom opgelegd. Op de zitting heeft verweerder bevestigd dat de preventieve last alleen betrekking heeft op de activiteit milieu (artikel 2.1, aanhef en onder e, van de Wabo) en niet op de activiteit bouwen.
4. Tussen partijen is niet in geschil dat verzoekster een spoedeisend belang heeft bij de gevraagde voorlopige voorziening, omdat verzoekster haar bedrijfsvoering wil voorzetten, de leghennen al zijn besteld en de eerste leghennen op 4 februari 2021 worden geleverd. De voorzieningenrechter is het hier mee eens.
5. Ook niet in geschil is, en de voorzieningenrechter stelt vast, dat als de leghennen op de verdieping van stal 3 en in stal 4 worden gehuisvest sprake is van een overtreding van artikel 2.1, aanhef en onder e, van de Wabo.
6. Op de zitting is met partijen aan de hand van vaste rechtspraakvan de Afdeling bestuursrechtspraak van de Raad van State gesproken over het karakter van de preventieve last onder dwangsom. Gelet op de eerdere vastgestelde overtreding, is de vraag of een preventieve last onder dwangsom opgelegd kon worden of dat een gewone last onder dwangsom daarvoor de passende bestuurlijke sanctie is. Verweerder zal hier in bezwaar naar moeten kijken en eventuele de grondslag van het handhavingsbesluit moeten aanpassen. Voor de beoordeling van het verzoek om de voorlopige voorziening maakt dit verder niet uit, want bij het opleggen van zowel een preventieve als een gewone last onder dwangsom speelt concreet zicht op legalisatie een belangrijke rol.
7. Zoals hiervoor al overwogen heeft verweerder op 23 juli 2020 besloten af te zien van handhavend optreden tegen de onvergunde wijzigingen in en aan de stallen 3 en 4 vanwege concreet zicht op legalisatie. Verzoekster heeft ter legalisatie een ontvankelijke vergunningaanvraag ingediend. Verweerder kijkt nu anders tegen de situatie aan. Omdat alle bedrijfsactiviteiten door de vogelgriep stil zijn komen te liggen, is de overtreding van het inwerking hebben van de inrichting in strijd met de vergunde situatie ook beëindigd. Verweerder ziet het weer opstarten van het bedrijf als een nieuwe situatie en verweerder wil voorkomen dat er weer een illegale situatie gaat ontstaan.
8. De voorzieningenrechter overweegt dat de gewijzigde bedrijfssituatie, onverlet laat dat nog steeds sprake is van concreet zicht op legalisatie. Er ligt nog steeds een ontvankelijke vergunningaanvraag. Op de zitting is gevraagd naar de stand van zaken. Verweerder heeft toegelicht dat het aspect geluid nog niet rond is en dat aanvullend geluidonderzoek gedaan moet worden. Verweerder verwacht dat dit ertoe zal leiden dat geluidvoorschriften aan de vergunning verbonden moeten worden, maar niet dat de omgevingsvergunning niet verleend kan worden. Als het geluidsonderzoek is uitgevoerd en vervolgens is beoordeeld door verweerder, kan een ontwerpbesluit ter inzage worden gelegd. Mogelijk kan dit binnen een paar weken. Hieruit blijkt dus dat verweerder vooralsnog geen beletselen ziet voor de vergunningverlening.
9. De voorzieningenrechter vindt de motivering van verweerder om op dit moment handhavend op te treden, terwijl concreet zicht op legalisatie bestaat, onvoldoende. Dat een korte tijd geen overtreding heeft plaatsgevonden en dat het nog wel even kan duren voordat de vergunning wordt verleend omdat de uitgebreide voorbereidingsprocedure van toepassing is, verandert niets aan het concreet zicht op legalisatie. Legalisatie is zelfs wat dichterbij gekomen dan in de zomer van 2020. Het enkele feit dat er korte tijd geen overtreding is, is onvoldoende om aan het concreet zicht op legalisatie voorbij te gaan. Onder deze omstandigheid verwacht de voorzieningenrechter dat het besluit in bezwaar niet in stand zal blijven. Mochten de omstandigheden met betrekking tot de vergunningaanvraag en -verlening wijzigen, dan kan verweerder een nieuwe afweging maken.
10. De voorzieningenrechter zal de belangen die partijen hebben bij het al dan niet schorsen van het besluit in afwachting op de beslissing op bezwaar wegen tegen de achtergrond dat twijfel bestaat aan de rechtmatigheid van het besluit. Verweerder heeft de taak om toezicht te houden en zo nodig handhavend op te treden tegen niet naleving van omgevingsvergunningen. Daartegen over staat het belang van verzoekster om haar bedrijfsvoering te kunnen voortzetten.
11. De voorzieningenrechter vindt dat alle belangen afwegend het belang van verzoekster bij het schorsen van het besluit zwaarder moet wegen. Daarbij neemt de voorzieningenrechter in aanmerking dat sprake is van concreet zicht op legalisatie en dat dat juist een uitzonderingsmogelijkheid vormt op de beginselplicht tot handhaving. Van belang is ook dat verweerder met name om die reden de onvergunde aanpassing in twee stallen eerder ook heeft gedoogd. De belangen van omwonenden zijn toen geen reden geweest om de situatie niet te gedogen en daarin is nu niets veranderd. Verder weegt de voorzieningenrechter mee dat verzoekster hard is getroffen door de vogelgriep en daarom een zwaarwegend belang heeft bij het weer kunnen voortzetten van haar bedrijfsactiviteiten.
12. De voorzieningenrechter wijst het verzoek om voorlopige voorziening toe en zal het besluit van 15 januari 2021 schorsen tot zes weken na de beslissing op bezwaar.
13. Omdat de voorzieningenrechter het verzoek toewijst, bepaalt de voorzieningenrechter dat verweerder aan verzoekster het door haar betaalde griffierecht vergoedt.
14. De voorzieningenrechter veroordeelt verweerder in de door verzoeker gemaakte proceskosten. Deze kosten stelt de voorzieningenrechter op grond van het Besluit proceskosten bestuursrecht voor de door een derde beroepsmatig verleende rechtsbijstand vast op € 1.068,- (1 punt voor het indienen van het verzoekschrift, 1 punt voor het verschijnen ter zitting, met een waarde per punt van € 534,- en een wegingsfactor 1).
15. Ook is verzocht om vergoeding van een bedrag van € 19,02 voor de reiskosten van de vennoten voor het bijwonen van de zitting. Deze reiskosten komen voor vergoeding in aanmerking.