Op 15 juli 2019 heeft de Rechtbank Midden-Nederland uitspraak gedaan in de zaak tussen Coöperatie Mobilisation for the Environment U.A. en Vereniging Leefmilieu als eisers en het college van gedeputeerde staten van de provincie Flevoland als verweerder. De rechtbank heeft de vergunning die eerder was verleend aan een veehouderij in Flevoland vernietigd. Deze vergunning was verleend op basis van het Programma Aanpak Stikstof (PAS). De Raad van State oordeelde op 29 mei 2019 dat het uitbreiden van de veehouderij op basis van het PAS niet toegestaan is, omdat niet is aangetoond dat de herstelmaatregelen een positief effect hebben op de stikstofdepositie in Natura 2000-gebieden.
De rechtbank overwoog dat de vergunning niet kon worden verleend onder verwijzing naar de passende beoordeling die voor het PAS is gemaakt, omdat deze niet voldoet aan de eisen van artikel 6 van de Habitatrichtlijn. De rechtbank verklaarde het beroep van de eisers kennelijk gegrond en vernietigde het bestreden besluit. De provincie Flevoland moet nu een nieuw besluit nemen, waarbij de gevolgen van de aangevraagde activiteit opnieuw in kaart moeten worden gebracht. De rechtbank heeft ook bepaald dat de provincie het door de eisers betaalde griffierecht moet vergoeden en dat de proceskosten van de eisers worden vergoed.
De uitspraak benadrukt de noodzaak van zorgvuldige beoordeling van de effecten van stikstofdepositie op natuurgebieden en de verplichting voor bestuursorganen om te voldoen aan Europese richtlijnen bij het verlenen van vergunningen.