Overwegingen
1. Op grond van artikel 8:81 van de Algemene wet bestuursrecht (Awb) kan, indien tegen een besluit bezwaar is gemaakt, de voorzieningenrechter van de rechtbank die bevoegd is of kan worden in de hoofdzaak, op verzoek een voorlopige voorziening treffen indien onverwijlde spoed, gelet op de betrokken belangen, dat vereist. Voor het treffen van een voorlopige voorziening is in dit stadium (tijdens de bezwaarfase) in beginsel alleen dan aanleiding wanneer het primaire besluit zodanig gebrekkig is dat het in de heroverweging naar het voorlopig oordeel van de voorzieningenrechter niet of niet volledig in stand zal kunnen blijven. Eventuele gebreken aan het bestreden besluit leiden niet automatisch tot het treffen van een voorlopige voorziening, wanneer deze gebreken in de beslissing op bezwaar kunnen worden hersteld. Verder geldt dat het oordeel van de voorzieningenrechter een voorlopig karakter heeft en de rechtbank in de beroepsprocedure niet bindt.
2. Ter zitting is gebleken dat de hoorzitting in de bezwaarschriftenprocedure is gepland op 12 januari 2017 en dat een beslissing op bezwaar waarschijnlijk zes weken daarna zal worden genomen. Aangezien de begunstigingstermijn loopt tot 1 februari 2017 en verweerder niet bereid is deze te verlengen, acht de voorzieningenrechter een voldoende spoedeisend belang aanwezig om het verzoek te beoordelen.
3. Tussen partijen is niet in geschil dat zowel de dubbele bewoning van [adres] 4/4A als de bewoning van het bijgebouw [adres] 6B in strijd is met het geldende bestemmingsplan “Soest Midden en Zuid” en met het voorheen geldende bestemmingsplan “Kerkebuurt”. Daarnaast zijn partijen het erover eens dat, als de huidige situatie wat betreft het gebruik al vóór de peildatum 16 april 1991 (moment van onherroepelijk worden van het laatstgenoemde bestemmingsplan) en wat betreft het bouwen al vóór de peildatum 20 september 1990 (moment van terinzagelegging van het bestemmingsplan) bestond en altijd zo is gebleven, verzoekster een beroep kan doen op de beschermende werking van het overgangsrecht. Verweerder is in dat geval niet bevoegd tot handhavend optreden.
4. Verzoekster voert aan dat de huidige situatie voor beide panden sinds jaar en dag bestaat en ook al ruimschoots vóór 1990. Zij wijst ter ondersteuning op de door haar overgelegde verklaringen, rekeningafschriften en uittreksels van de boekhouding van verzoekster. Ook de diverse inschrijvingen in de GBA wijzen erop dat er al ruim vóór de hierboven genoemde peildata sprake was van een dubbele bewoning van het pand [adres] 4/4A en dat ook het bijgebouw [adres] 6B toen al bewoond werd. Zij acht het onbegrijpelijk dat verweerder de verklaringen als ongeloofwaardig terzijde schuift en dat verweerder in het besluit evenmin ingaat op de andere bewijsstukken die zij heeft aangeleverd. Daarnaast wijst verzoekster ten aanzien van de bewoning van het bijgebouw [adres] 6B in het bijzonder nog op de brief van 7 juni 2013 van verweerder, waarin verweerder zelf heeft bevestigd dat die bewoning een overgangsrechtelijke situatie is en heeft meegedeeld dat niet tot handhavend optreden zal worden overgegaan. Verzoekster is van mening dat zij aan deze brief een gerechtvaardigd vertrouwen mocht ontlenen dat er niet tegen de bewoning zou worden opgetreden.
5. Verweerder stelt zich op het standpunt dat verzoekster niet aan de hand van stukken aannemelijk gemaakt dat de panden al voor de bewuste peildata bewoond werden, laat staan dat sindsdien sprake is geweest van onafgebroken bewoning. De verklaringen die verzoekster heeft overgelegd, acht verweerder onvoldoende overtuigend. De uittreksels uit de boekhouding en rekeningafschriften zien voornamelijk op de periode rond 2010 en geven ook geen duidelijkheid over het precieze gebruik van de panden. De conclusie in de brief van 7 juni 2013 dat het overgangsrecht van toepassing is op het bijgebouw is slechts gebaseerd op telefonisch onderhoud met de heer [E] en niet op door hem aangeleverde stukken of een gedegen onderzoek. Verweerder ziet de brief ook niet als een besluit, waaraan verzoekster een gerechtvaardigd vertrouwen kan ontlenen dat nimmer handhavend zou worden opgetreden. Verweerder kan op dit moment niet anders dan concluderen dat de bewoning van beide panden niet onder het overgangsrecht kan worden gebracht en dat dus sprake is van overtredingen. Er zijn geen bijzondere omstandigheden om van handhavend optreden af te zien.
6. Volgens vaste rechtspraak (onder meer de uitspraak van 6 april 2016 van de Afdeling bestuursrechtspraak van de Raad van State (ABRvS), ECLI:NL:RVS:2016:920), rust in beginsel op degene die een beroep doet op het overgangsrecht, de plicht om aannemelijk te maken dat strijdig bouwen/gebruik op de peildata plaatsvond en dat het gebruik nadien ononderbroken is voortgezet. 7. Naar voorlopig oordeel van de voorzieningenrechter heeft verzoekster met de overgelegde stukken en verklaringen - alles in onderlinge samenhang bezien - op zijn minst genomen een begin van aannemelijkheid gemaakt dat het strijdig bouwen/gebruik op de peildata plaatsvond en dat het gebruik nadien ononderbroken is voortgezet. In zoverre is het zeer de vraag of verweerders standpunt zonder meer ten grondslag kan worden gelegd aan de te nemen beslissing op bezwaar.
De voorzieningenrechter neemt daarbij in overweging dat de bewijspositie van verzoekster in een situatie zoals deze lastig is, nu het gaat om peildata die meer dan 25 jaar geleden liggen. Ten aanzien van de dubbele bewoning van [adres] 4/4A heeft verzoekster een verklaring van 31 oktober 2016 overgelegd van de voormalige eigenaar [F] waarin deze verklaart dat het pand ten tijde van de verkoop in 1983 al gesplitst bewoond was en dat hij het perceel ook in deze toestand aan verzoekster heeft verkocht. Over het pand [adres] 6B heeft [F] op 16 juni 2016 verklaard dat deze zelfstandige wooneenheid al aanwezig was, toen hij zelf het perceel aankocht (volgens zijn recentere verklaring was dat in 1966) en dat hij dit bijgebouw ook in een als wooneenheid verhuurde toestand in 1983 aan verzoekster heeft verkocht. Beide verklaringen worden bevestigd door de huidige eigenaar [E] , die daaraan ter zitting heeft toegevoegd dat hij niet beter weet dan dat [F] 17 jaar lang [adres] 4/4A als twee wooneenheden en [adres] 6B als zelfstandige wooneenheid heeft verhuurd en dat hij zelf dit verhuren sinds de aankoop van de panden heeft voortgezet. Uit de ter zitting door verzoekster overgelegde verklaring van [G] blijkt dat zij verklaart dat het bijgebouw [adres] 6B in ieder geval al sinds 1989 werd bewoond door [H] tot aan zijn overlijden in 2003. De voorzieningenrechter is aan de hand van de stukken en de zitting niet duidelijk geworden met welke motivering verweerder deze verklaringen van [F] en [E] ter zijde heeft geschoven. De enkele stelling dat sprake is van “vage” verklaringen is onvoldoende. De aannemelijkheid van verzoeksters standpunt wordt bovendien geschraagd door de diverse uittreksels uit de GBA. Verweerder kan worden toegegeven dat deze uittreksels niet als doorslaggevend bewijs kunnen dienen omdat een juiste registratie vooral afhangt van de bereidheid van burgers om zich in- en uit te schrijven bij de gemeente. Dit neemt echter niet weg dat de uittreksels wel een indicatie kunnen geven van de bewoning van de panden door de jaren heen. Zoals met partijen ter zitting besproken, valt uit de uittreksels op dat (bijvoorbeeld) op [adres] 4/4A er in de jaren 1989 en 1990 vier personen staan ingeschreven die zich twee aan twee hebben uitgeschreven, hetgeen wel opmerkelijk is indien het pand niet zou zijn gesplitst. Ook het gegeven dat diverse elkaar opvolgende en in tijd overlappende personen het pand hebben bewoond, lijkt meer te rijmen met het standpunt van verzoekster dan met het standpunt van verweerder. Daarnaast lijkt het niet voor de hand te liggen dat bijvoorbeeld [J] met al die diverse elkaar opvolgende en in tijd overlappende personen in een niet-gesplitst pand heeft gewoond. Ook de uittreksels van [adres] 6 laten zien dat in een aantal jaren sprake is van overlappende bewoning door verschillende personen. Opvallend daarbij is dat [H] - die overigens ontbreekt op de uittreksels - de bovenwoning in dezelfde tijd bewoonde als [I] en een aantal andere personen. Ook dat roept vragen op. Naar voorlopig oordeel van de voorzieningenrechter zal dan ook verder onderzoek gedaan moeten worden naar de uittreksels en verklaringen. Ter zitting heeft verzoekster bovendien aangekondigd dat zij van plan is meer voormalige bewoners te traceren maar dat dat gezien het tijdsverloop lastig ligt. Gelet op het voorgaande kan naar het oordeel van de voorzieningenrechter niet gezegd worden dat verzoekster in dit stadium van de procedure tekort is geschoten in het onderbouwen van haar standpunt.
8. Alles overziende kan de voorzieningenrechter op dit moment niet vaststellen of het gebruik van de panden al dan niet onder de beschermende werking van het gebruiksovergangsrecht valt. Wat daar verder ook van zij, op voorhand staat naar het oordeel van de voorzieningenrechter niet vast dat verweerders standpunt zonder meer ten grondslag kan worden gelegd aan de te nemen beslissing op bezwaar. Juist de bezwaarfase leent zich in dit soort situaties bij uitstek voor een verdere onderbouwing - bij voorkeur aan de hand van stukken en/of verklaringen met voldoende overtuigingskracht - van het betoog van verzoekster dat beide panden voor en vanaf de peildatum ononderbroken bewoond werden. Verweerder dient voldoende aandacht te besteden aan de overgelegde stukken en eventueel nog later in te dienen stukken en te motiveren waarom hij deze stukken al dan niet van belang acht voor het aannemelijk achten van een overgangsrechtelijke situatie.
9. Ten aanzien van de gevraagde voorziening overweegt de voorzieningenrechter dat, als sprake is van een gebruik dat vóór de peildatum al aanwezig was en sindsdien (nagenoeg) ononderbroken heeft voortgeduurd, een met de bestemming strijdige situatie niet aan de orde is. In dat geval is er ook geen overtreding waarop kan worden gehandhaafd. Dit vormt op zich al voldoende aanleiding voor het treffen van een voorziening. Daarnaast is de voorzieningenrechter van oordeel dat, gelet op hetgeen hierboven is overwogen, onduidelijk is of het primaire besluit in bezwaar ongewijzigd zal stand kunnen houden. De voorzieningenrechter ziet gezien de verstrekkende gevolgen van het besluit voor verzoekster dan ook aanleiding om het primaire besluit te schorsen. De voorzieningenrechter wijst het verzoek daarom toe en treft de voorlopige voorziening dat het primaire besluit is geschorst tot zes weken na bekendmaking van de beslissing op bezwaar.
10. Nu met partijen ter zitting ook is gesproken over het vertrouwensbeginsel, hecht de voorzieningenrechter er met het oog op de te nemen beslissing op bezwaar aan op te merken dat hij verweerders standpunt over de brief van 7 juni 2013 niet houdbaar acht. Zoals met partijen ter zitting is besproken, kan aan deze brief het besluitkarakter niet worden ontzegd. Het betoog van verweerder dat verzoekster geen vertrouwen kan ontlenen aan dit besluit omdat zij, anders dan waarom verweerder had verzocht, geen stukken had overgelegd, kan niet slagen. Kennelijk heeft verweerder toentertijd de beschikbare (mondelinge) informatie voldoende gevonden om de bouw en bewoning van in ieder geval het bijgebouw [adres] 6B beschermd te achten op grond van het overgangsrecht. Verweerder heeft ook nadrukkelijk verwoord dat hij niet handhavend zal optreden tegen het gebruik van bijgebouw [adres] 6B als wooneenheid. Dat verweerder op dit moment van mening is dat in 2013 onvoldoende onderzoek is uitgevoerd moge zo zijn, maar dat kan hij niet voor rekening van verzoekster laten komen. Mocht verweerder in de heroverweging tot de conclusie komen dat er ten aanzien van bijgebouw [adres] 6B (nog steeds) handhavend kan worden opgetreden dan zal hij daartoe gelet op het besluit van 7 juni 2013 niet kunnen overgaan zonder daarbij te bezien of, en zo ja, in hoeverre, aan verzoekster enige vorm van compensatie moet worden geboden.
11. Omdat de voorzieningenrechter het verzoek toewijst, bepaalt de voorzieningenrechter dat verweerder aan verzoekster het door haar betaalde griffierecht vergoedt. De voorzieningenrechter veroordeelt verweerder ook in de door verzoekster gemaakte proceskosten. Deze kosten stelt de voorzieningenrechter op grond van het Besluit proceskosten bestuursrecht voor de door een derde beroepsmatig verleende rechtsbijstand vast op € 992,- (1 punt voor het indienen van het verzoekschrift, 1 punt voor het verschijnen ter zitting, met een waarde per punt van € 496,- en een wegingsfactor 1).