Overwegingen
1. Vergunninghouder heeft op 22 augustus 2011 twee aanvragen ingediend om vergunningen als bedoeld in artikel 16/19d, eerste lid, van de Natuurbeschermingswet 1998 (Nbw 1998) voor het wijzigen, uitbreiden en exploiteren van varkenshouderijen aan de [straat] [huisnummer 1] en [huisnummer 2] te [plaats] . Op 14 september 2011 heeft vergunninghouder verzocht beide aanvragen samen te voegen omdat de bedrijven aan de [straat] [huisnummer 1] en [huisnummer 2] vanaf 1999 in het kader van de Wet milieubeheer als één locatie zijn aangemerkt.
De inrichting van vergunninghouder is gelegen nabij de Natura 2000-gebieden ‘Boschhuizerbergen’ (op 3,9 km afstand) en ‘Maasduinen’ (op 5 km afstand). De aanvraag heeft betrekking op het exploiteren van een varkenshouderij met 2.380 gespeende biggen, 180 kraamzeugen, 35+589+40 (guste en dragende) zeugen, 2 dekberen, 34 opfokzeugen en 720+728 vleesvarkens. Voor de inrichting is op 12 januari 2012 een omgevingsvergunning op grond van de Wet algemene bepalingen omgevingsrecht voor de activiteit milieu verleend, waarmee ten opzichte van de daarvoor bestaande situatie een lagere ammoniakemissie is vergund.
2. Bij het bestreden besluit heeft verweerder aan vergunninghouder de gevraagde Wnb-vergunning verleend voor het exploiteren van de op 12 januari 2012 vergunde varkenshouderij. Daarbij heeft verweerder zich, onder verwijzing naar de met AAgro-Stacks berekende stikstofdepositie, op het standpunt gesteld dat gelet op de instandhoudingsdoelstellingen voor de betreffende Natura 2000-gebieden de door vergunninghouder aangevraagde activiteit geen (significante) negatieve effecten zullen veroorzaken op de Natura 2000-gebieden ‘Boschhuizerbergen’ en ‘Maasduinen’. Daarbij heeft verweerder in aanmerking genomen dat de door eiseressen ingediende zienswijze geen aanleiding geeft tot wijziging van het eerdere ter inzage gelegde ontwerpbesluit.
3. In beroep is aangevoerd dat verweerder heeft nagelaten een onderzoek te doen naar verval van rechten zodat ten onrechte is geconcludeerd dat er geen depositietoename is.
Voorts is aangevoerd dat verweerder buiten het Programma Aanpak Stikstof (PAS) om vergunningen verleent zonder dat duidelijk is hoe de daarbij betrokken deposities zich verhouden tot het PAS en niet duidelijk is waarom beide stelsels gelijktijdig naast elkaar kunnen bestaan. Tot slot wordt aangevoerd dat het bestreden besluit wel verband houdt met het PAS en verweerder ten onrechte de ingediende zienswijzen buiten behandeling heeft gelaten.
4. Op 1 juli 2015 is het PAS in werking getreden en is in de Nbw 1998 overgangsrecht opgenomen voor vergunningaanvragen die vóór 1 juli 2015 zijn ingediend. De Afdeling bestuursrechtspraak van de Raad van State heeft over het overgangsrecht dat was neergelegd in de artikelen 19km, vierde lid, en 67a van de Nbw 1998 geoordeeld in de uitspraken van
5. Op 1 januari 2017 is de Wnb in werking getreden. In artikel 9.10, eerste lid, van de Wnb is bepaald dat de op het tijdstip van inwerkingtreding van deze wet aanhangige procedures tot het nemen van een besluit krachtens de Nbw 1998, de Flora- en faunawet of de Boswet, aanhangig zijn in de staat waarin zij zich op dat moment bevinden en dat die aanvragen vanaf het tijdstip van inwerkingtreding van deze wet overeenkomstig het bepaalde bij en krachtens de Wnb worden behandeld.
Op grond van artikel 9.4, eerste lid van de Wnb gelden vergunningen als bedoeld in artikel 19d, eerste lid, van de Natuurbeschermingswet 1998 als vergunningen als bedoeld in artikel 2.7, tweede lid. De aanvraag van vergunninghouder van 22 augustus 2011 is daarom aangemerkt als aanvraag om een vergunning als bedoeld in artikel 2.7, tweede lid, van de Wnb.
6. Het PAS is sinds 1 januari 2017 neergelegd in de Wnb, het Besluit natuurbescherming (Bnb) en de Regeling natuurbescherming (Rnb), alsmede in het betrokken programma voor de periode 2015-2021 (het Programma PAS 2015-2021). De artikelen 2.7, 2.8 en 2.9 van het Bnb zien op het toekennen van ontwikkelingsruimte, de grondslag van het PAS.
In artikel 5.13 van de Bnb is het overgangsrecht voor het PAS neergelegd: het eerste lid van dat artikel komt overeen met het oude artikel 19km, vierde lid, van de Nbw 1998 en het tweede lid met artikel 67a van de Nbw 1998.
Uit artikel 5.13, tweede lid, van het Bnb volgt dat de artikelen 2.7, 2.8 en 2.9 van de Bnb, als wordt voldaan aan voorwaarden, niet van toepassing zijn op aanvragen die zijn ingediend voor 1 juli 2015.
7. Voor zover eiseressen hebben aangevoerd dat hun zienswijze ten onrechte buiten behandeling is gelaten, overweegt de rechtbank dat deze zienswijze -kort gezegd- inhield dat het ontwerpbesluit niet in overeenstemming met het PAS is genomen en dat verweerder in het PAS ten onrechte geen grondslag heeft gezien om het ontwerpbesluit aan te passen. Verweerder heeft zich echter op het standpunt gesteld dat het PAS ingevolge het overgangsrecht niet van toepassing is op de aanvraag. Daarmee is de zienswijze niet buiten behandeling gelaten, zoals eiseressen nu stellen, maar is de zienswijze niet gegrond geacht. Deze beroepsgrond slaagt niet.
8. Eiseressen hebben betoogd dat verweerder zich ten onrechte op het standpunt heeft gesteld dat het PAS niet (geheel) van toepassing is en dat verweerder over is gegaan tot vergunningverlening buiten het PAS om. Eiseressen zijn van mening dat ten onrechte overgangsrecht geldt voor de toepassing van het PAS omdat de stikstofbelasting van de Natura-2000 gebieden zodanig is dat ter bescherming van die gebieden aan het PAS onmiddellijke werking dient toe te komen. Eiseressen hebben betoogd dat ten onrechte overgangsrecht geldt op grond waarvan belangrijke elementen van het PAS op aanvragen van voor 1 juli 2015 buiten toepassing worden gelaten.
9. Voor zover eiseressen hebben betoogd dat aan het PAS onmiddellijke werking dient toe te komen, overweegt de rechtbank het volgende. Door de wetgever is, weliswaar niet in het oorspronkelijke wetsontwerp maar via een amendement, overgangsrecht in het leven geroepen en is aan het PAS geen onmiddellijke werking toegekend. De rechter kan in de beoordeling daarvan niet treden op grond van artikel 120 van de Grondwet, tenzij moet worden geconcludeerd dat de het overgangsrecht als zodanig niet verenigbaar is met een ieder verbindende bepalingen van verdragen en van besluiten van volkenrechtelijke organisaties. Voor die conclusie is echter geen steun te vinden in hetgeen eiseressen hebben aangevoerd en de rechtbank ziet daarvoor ook overigens geen grond. Deze beroepsgrond slaagt evenmin.
10. Voor zover eiseressen hebben beoogd te betogen dat aan het overgangsrecht van artikel 5.13, tweede lid, van de Nbw niet is voldaan en dat daarom dient te worden getoetst aan de artikelen 2.7, 2.8 en 2.9 van het Bnb waarin belangrijke uitgangspunten van het PAS zijn neergelegd, overweegt de rechtbank als volgt.
11. Artikel 5.13, tweede lid, van het Bnb luidt als volgt:
De artikelen 2.7, 2.8 en 2.9 zijn niet van toepassing op projecten, plannen en andere handelingen die stikstofdepositie op voor stikstof gevoelige habitats in een Natura 2000-gebied veroorzaken indien is voldaan aan elk van de volgende voorwaarden:
a. voor het project, het plan of de andere handeling was vóór 1 juli 2015 een besluit als bedoeld in artikel 2.7, eerste lid, in voorbereiding bij het desbetreffende bestuursorgaan;
b. de voor het nemen van het desbetreffende besluit beschikbare gegevens en bescheiden zijn naar het oordeel van het desbetreffende bestuursorgaan voldoende voor de beoordeling van de aanvraag of voor de voorbereiding van het desbetreffende besluit en bovendien, ingeval het besluit betrekking heeft op een project als bedoeld in artikel 2.7, derde lid, onderdeel a, van de wet, is een volledige passende beoordeling als bedoeld in artikel 2.8, eerste lid, van de wet gemaakt, en
c. degene die het desbetreffende project zal realiseren, onderscheidenlijk de andere handeling zal verrichten, heeft een tijdige uitvoering verzekerd van de maatregelen die in het kader van de realisering van het project, onderscheidenlijk het verrichten van de andere handeling worden getroffen om te verzekeren dat de natuurlijke kenmerken van Natura 2000-gebied niet zullen worden aangetast als gevolg van het project, onderscheidenlijk om verslechteringen of significant verstorende effecten als gevolg van de andere handeling te voorkomen.
12. Aan de voorwaarde onder a is voldaan getuige de aanvraag van 22 augustus 2011, waarmee vaststaat dat voor 1 juli 2015 een besluit als bedoeld in artikel 2.7, eerste lid, van de Nbw in voorbereiding was.
Niet gesteld of gebleken is dat, gelet op de mate van volledigheid van de vergunningaanvraag, verweerder zich niet in redelijkheid op het standpunt heeft kunnen stellen dat voldoende gegevens en bescheiden beschikbaar waren voor een beoordeling van de aanvraag. De aanvulling van de aanvraag met een AAgro-Stacks-berekening van
24 november 2016 komt niet voort uit onvolledigheid van de aanvraag, maar uit de wijzigingen van de Regeling Ammoniak en Veehouderij per 1 augustus 2015, 31 maart 2016 en 1 oktober 2016 en ziet niet op een wijziging van de activiteit of van dierenaantallen ten opzichte van de aangevraagde situatie. Het bestreden besluit is verleend voor een sinds 1 juli 2015 niet gewijzigde activiteit waarvoor geen aanvullende gegevens nodig zijn geweest. Daarmee is voldaan aan de voorwaarde onder b.
Omdat er geen sprake is van toename van stikstofdepositie van het vergunde project ten opzichte van de uitgangssituatie, zijn er ook geen maatregelen noodzakelijk om te verzekeren dat de natuurlijke kenmerken van de betreffende Natura 2000-gebieden niet zullen worden aangetast als gevolg van het project, onderscheidenlijk om verslechteringen of significant verstorende effecten als gevolg van de andere handeling te voorkomen. Daarbij is uitgegaan van de sinds 12 januari 2012 (milieutechnisch) vergunde situatie als referentiesituatie, omdat met deze vergunning ten opzichte van de daaraan voorafgaande situatie sprake is van de voor de inrichting van vergunninghouder laagst toegestane ammoniakemissie. In die vergunning, die al was gericht op ammoniakreductie, liggen ook de maatregelen besloten die dienen ter verzekering dat de natuurlijke kenmerken van de relevante Natura 2000-gebieden niet zullen worden aangetast als gevolg van het project, onderscheidenlijk om verslechteringen of significant verstorende effecten als gevolg van de andere handeling te voorkomen. Voor zover eiseressen hebben betoogd dat verweerder heeft nagelaten een onderzoek te doen naar verval van rechten en ten onrechte heeft geconcludeerd dat er geen depositietoename is, overweegt de rechtbank dat uit de door verweerder overgelegde vergelijkingscijfers van de per vergunde situatie toegestane ammoniakemissies blijkt dat, ook al zou er in het verleden sprake zijn geweest van verval van rechten, de toegestane ammoniakemissie uit de vergunning van 12 januari 2012 de laagste is sedert de oprichting in 1980. De rechtbank ziet geen aanleiding dat uitgangspunt van verweerder voor onjuist te houden. De rechtbank stelt dan ook vast dat ook is voldaan aan voorwaarde onder c.
13. Gelet op het vorenstaande ziet de rechtbank geen grond voor het oordeel dat in het onderhavige geval niet aan de voorwaarden opgenomen in artikel 5.13, tweede lid, van het Bnb is voldaan. Verweerder heeft dan ook terecht de artikelen 2.7, 2.8 en 2.9 van het Bnb, en daarmee het PAS, niet toegepast. De hierop gerichte beroepsgrond van eiseressen slaagt niet.
14. Het beroep is ongegrond en voor een proceskostenveroordeling bestaat geen aanleiding.