Overwegingen
1. De voorzieningenrechter stelt vast dat verzoekster beroep heeft ingesteld tegen het besluit op bezwaar. Op grond van artikel 5:39, eerste lid, van de Algemene wet bestuursrecht (Awb) heeft het bezwaar, beroep of hoger beroep tegen de last onder dwangsom mede betrekking op een beschikking die strekt tot invordering van de dwangsom, voor zover de belanghebbende deze beschikking betwist. Dat betekent dat het beroep van verzoekster tegen het besluit op bezwaar mede betrekking heeft op het invorderingsbesluit, zodat daarmee is voldaan aan het in artikel 8:81 van de Awb neergelegde vereiste van processuele connexiteit. Het verzoek om voorlopige voorziening ten aanzien van het invorderingsbesluit kan daarom worden ontvangen.
2. De voorzieningenrechter treft op grond van artikel 8:81, eerste lid, van de Awb alleen een voorlopige voorziening als onverwijlde spoed, gelet op de betrokken belangen, dat vereist. Met de invorderingsbeschikking is beoogd verbeurde dwangsommen te innen tot een totaal bedrag van € 30.000,-, waarvan voor een bedrag van € 9.000,- wegens ommekomst van de betalingstermijn reeds een dwangbevel is uitgevaardigd en de gestelde betalingstermijn voor de overige € 21.000,- sedert begin november ook reeds is verstreken.
Naar de voorzieningenrechter is gebleken ziet het belang bij de gevraagde voorlopige voorziening voor verzoekster niet enkel op het aanmerkelijke financiële belang, maar betreft het met name het belang bij spoedige duidelijkheid over de vraag of er met betrekking tot de bewoning van een deel van de woning van verzoekster door anderen dan behorend tot het huishouden van verzoekster sprake is van een overtreding en of het vaststellen van het al dan niet voldoen aan de last op voldoende zorgvuldige wijze is geschied.
Gelet op de betrokken belangen en het hierna gegeven voorlopig oordeel over de grondslag van de invordering, acht de voorzieningenrechter een voldoende spoedeisend belang aannemelijk.
3. Het oordeel van de voorzieningenrechter heeft een voorlopig karakter en bindt de rechtbank in het bodemgeschil niet.
4. Verweerder heeft verzoekster de lasten opgelegd om binnen zes weken na de verzenddatum van het primaire besluit (1) het gebruik van het perceel voor buitenopslag voor zover dit plaatsvindt buiten het bouwvlak zoals opgenomen in het geldende bestemmingsplan, te staken en gestaakt te houden, en (2) het gebruik van de bestaande bebouwing voor het hebben van een tweede (bedrijfs)woning te staken en gestaakt te houden; op straffe van een dwangsom van € 1.500,- per week per overtreding met een maximum van tien keer per overtreding. Verzoekster heeft wel een bezwaarschrift ingediend, maar geen verzoek om een voorlopige voorziening, zodat het primaire besluit in werking is getreden en niet is geschorst. De begunstigingstermijn is voorts niet verlengd.
Bij brief van 11 juli 2016 heeft verweerder verzoekster meegedeeld dat op 22 juni en 6 juli 2016 is vastgesteld dat niet aan de lasten was voldaan en dat dwangsommen ten bedrage van totaal € 9.000,- zijn verbeurd, die binnen zes weken na de verzenddatum van die brief betaald moeten zijn.
5. Bij het op verzoek van derde-partijen genomen invorderingsbesluit heeft verweerder dwangsommen tot een bedrag van € 30.000,- ingevorderd, omdat bij controlebezoeken op 22 juni, 6 juli, 18 augustus en 13 september 2016 is geconstateerd dat de met het bestemmingsplan strijdige opslag en bewoning niet zijn beëindigd.
6. Bij het besluit op bezwaar heeft verweerder het primaire besluit gehandhaafd onder verbetering van de motivering van de daaraan ten grondslag liggende overtreding van artikel 2.1, eerste lid, aan hef en onder c, van de Wet algemene bepalingen omgevingsrecht voor zover het de last betreft van het gebruik van de bestaande bebouwing voor het hebben van een tweede (bedrijfs)woning en onder herformulering van de (tweede) last:
het gebruik van de bestaande bebouwing voor het hebben van een tweede (bedrijfs)woning c.q. voor het huisvesten van meer dan één huishouden c.q. het huisvesten van een huishouden in een deel van het achterste (lagere) gedeelte van het pand, te staken en gestaakt te houden, op straffe van een dwangsom van € 1.500,- per week, met een maximum van 10 keer.
De voorzieningenrechter stelt vast dat verweerder, hoewel verzoekster te kennen had gegeven ook bezwaar te hebben tegen het invorderingsbesluit, heeft verzuimd in het besluit op bezwaar een beslissing te nemen voor zover het bezwaar van verzoekster, op grond van artikel 5:39, eerste lid, van de Awb, mede betrekking heeft op het invorderingsbesluit.
In beroep tegen het besluit op bezwaar heeft verzoekster aangevoerd dat geen sprake is van een overtreding voor zover het gaat over de beweerdelijke tweede woning, dat het onderzoek naar de feitelijke situatie in zoverre onvoldoende is en dat de in geding zijnde ruimte niet voldoet aan daarvoor geldende bouwkundige voorschriften voor een woning.
7. Het betoog van verzoekster dat zij erop heeft mogen vertrouwen dat verweerder de rechtsbeschermingsprocedure tegen de last onder dwangsom niet zou doorkruisen door een invorderingsbesluit te nemen, faalt. Het instellen van (bezwaar en) beroep gericht tegen het besluit (op bezwaar) waarbij de opgelegde lasten onder dwangsom aan de orde zijn, brengt niet met zich dat verweerder, indien dwangsommen zijn verbeurd door verzoekster, niet bevoegd zou zijn een invorderingsbesluit te nemen dan wel dat verweerder door het uitoefenen van deze bevoegdheid misbruik van recht zou maken.
8. Zoals de Afdeling bestuursrechtspraak van de Raad van State (verder: de Afdeling) eerder heeft overwogen in haar uitspraak van 16 mei 2012 (ECLI:NL:RVS:2012:BW5949), dient bij een besluit omtrent invordering van een verbeurde dwangsom aan het belang van de invordering een zwaarwegend gewicht te worden toegekend. Een andere opvatting zou afdoen aan het gezag dat behoort uit te gaan van een besluit tot oplegging van een last onder dwangsom. Steun voor dit uitgangspunt kan worden gevonden in de geschiedenis van de totstandkoming van artikel 5:37, eerste lid, van de Awb (Kamerstukken II 2003/04, 29 702, nr. 3, blz. 115). Hierin is vermeld dat een adequate handhaving vergt dat opgelegde sancties ook worden geëffectueerd en dus dat verbeurde dwangsommen worden ingevorderd. Slechts in bijzondere omstandigheden kan geheel of gedeeltelijk van invordering worden afgezien. In beginsel is het enkele feit dat (gedeeltelijk) aan de last is voldaan onvoldoende voor het oordeel dat het bestuursorgaan geheel of gedeeltelijk van invordering dient af te zien. Verzoeksters betoog dat in november 2016 aan de lasten zou zijn voldaan, is onvoldoende om van invordering van sedert juni 2016 verbeurde dwangsommen af te zien.
9. Zoals de Afdeling in bestendige jurisprudentie (recent in een uitspraak van 28 december 2016;ECLI:NL:RVS:2016:3471) heeft overwogen, dient aan een invorderingsbesluit een deugdelijke en controleerbare vaststelling van relevante feiten en omstandigheden ten grondslag te liggen. Dit brengt met zich dat de waarneming van feiten en omstandigheden die leiden tot verbeurte van een dwangsom dient te worden gedaan door een ter zake deskundige medewerker van het bevoegd gezag en dat bevindingen op schrift worden gesteld. Het geschrift dient in beginsel ten minste te bevatten de plaats, het tijdstip en de datum van de waarneming, een inzichtelijke beschrijving van de gehanteerde werkwijze en een inzichtelijke beschrijving van hetgeen is waargenomen. Dit geschrift dient voorts te zijn voorzien van een ondertekening door de opsteller en een dagtekening. Zoals de Afdeling verder eerder heeft overwogen in haar uitspraak van 27 augustus 2014, (ECLI:NL:RVS:2014:3218) betekent het niet volledig voldoen aan bovenvermelde vereisten niet in alle gevallen dat een deugdelijke en controleerbare vaststelling als hier bedoeld ontbreekt. Ook op basis van ander bewijsmateriaal, zoals foto’s, kan een deugdelijke en controleerbare, vaststelling van de relevante feiten en omstandigheden plaatsvinden. Zoals in de uitspraak van de Afdeling van 25 november 2015 (ECLI:NL:RVS:2015:3632) is overwogen, laat deze nuancering onverlet dat de waarneming van feiten en omstandigheden die leiden tot verbeurte van een dwangsom dient te worden gedaan door een ter zake deskundige medewerker van het bevoegd gezag. 10. De voorzieningenrechter stelt vast dat in beroep geen gronden zijn aangevoerd over het gebruik van het perceel voor buitenopslag buiten het bouwvlak en is voorlopig van oordeel dat de vaststelling van het voortduren van deze overtreding met de controlebezoeken en de gemaakte foto’s als een deugdelijke en controleerbare vaststelling van relevante feiten en omstandigheden geldt. Van verzoeksters kant is voorts erkend dat de buitenopslag pas in november 2016 geheel is beëindigd, zij het dat daarbij is gesteld dat dit praktisch gezien niet eerder mogelijk was. De voorzieningenrechter is evenwel van oordeel dat eventuele praktische belemmeringen voor risico van verzoekster komen. Uit het voorgaande vloeit voort dat er in zoverre geen aanleiding is om een voorlopige voorziening te treffen.
11. Met betrekking tot de bewoning van een deel van de woning van verzoekster door anderen dan degenen behorend tot het huishouden van verzoekster, is de voorzieningenrechter van oordeel dat twijfel mogelijk is of het invorderingsbesluit in zoverre in rechte stand kan houden. Uit de rapporten van de controles op 22 juni en 6 juli 2016 blijkt dat de controleur slechts aan verzoekster heeft gevraagd of de situatie veranderd was en dat zij die vraag ontkennend heeft beantwoord. In het rapport van de controle van 18 augustus 2016 is vermeld dat uit de uitdraai van de gemeentelijke basisregistratie blijkt dat er niets is veranderd en in het rapport van 13 september 2016 is vermeld dat de constatering dat niet aan de last is voldaan, gebaseerd is op wederom de basisregistratie en de vaststelling dat er twee brievenbussen aanwezig zijn.
Van de kant van verzoekster is verklaard dat de brievenbussen voor de woning en voor het bedrijf zijn en dat de bewoning gezien moet worden als logeren (door een dochter met kinderen, door een stagiaire die in verband met een scheidingssituatie -lang- heeft moeten wachten op toewijzing van een woning, en door werknemers), terwijl de beweerdelijke bovenwoning waar het om gaat slechts bereikbaar is via een vlizotrap vanuit de slaapkamer van verzoekster. Vastgesteld moet worden dat verweerder de woning niet intern heeft gecontroleerd.
Het voorgaande roept de vraag op of met de aan het invorderingsbesluit ten grondslag liggende controlerapporten, gelet op de uiteen lopende standpunten van partijen, voldoende zorgvuldig en deugdelijk is vastgesteld dat er ten tijde van de controles niet aan de last was voldaan. De voorzieningenrechter acht voorts niet uitgesloten dat bij de behandeling van de hoofdzaak zal blijken dat er ook gebreken aan de last ten aanzien van het gebruik van de woning kleven welke doorwerken naar het invorderingsbesluit. Hierin ziet de voorzieningenrechter aanleiding om het invorderingsbesluit, voor zover daarmee beslist is over invordering van verbeurde dwangsommen voor het niet voldoen aan de opgelegde last met betrekking tot de bewoning van de woning [adres] , te schorsen. De voorzieningenrechter ziet aanleiding die schorsing te laten duren tot de rechtbank op het beroep in de bodemzaak heeft beslist.
12. Voor zover in het dwangbevel sprake is van een aanmaning van 7 september 2016, en dus voorafgaand aan het invorderingsbesluit van 20 september 2016, geeft de voorzieningenrechter verweerder in overweging nogmaals te bezien of hiermee de procedure voldoet aan artikel 5:37, eerste lid, van de Awb. Of het dwangbevel rechtmatig is, staat uitsluitend ter beoordeling van de civiele rechter.
13. De voorzieningenrechter wijst het verzoek toe en treft de voorlopige voorziening dat het invorderingsbesluit voor zover het betreft de invordering van verbeurde dwangsommen in verband met het niet voldoen aan de last tot het gebruik van de woning aan de [adres] , wordt geschorst tot de uitspraak op het beroep tegen het besluit op bezwaar met betrekking tot de lasten onder dwangsom, welk beroep van rechtswege mede gericht is tegen het invorderingsbesluit.
14. Omdat de voorzieningenrechter het verzoek (deels) toewijst, bepaalt de voorzieningenrechter dat verweerder aan verzoekster het door haar betaalde griffierecht vergoedt.
De voorzieningenrechter veroordeelt tot slot verweerder in de door verzoekster gemaakte proceskosten. Deze kosten stelt de voorzieningenrechter op grond van het Besluit proceskosten bestuursrecht voor de door een derde beroepsmatig verleende rechtsbijstand vast op € 990,-.(1 punt voor het indienen van het verzoekschrift, 1 punt voor het verschijnen ter zitting, een waarde per punt van € 495,- en een wegingsfactor 1).