Beoordeling van het geschil
3.1 Artikel 3.31 van de Wet inkomstenbelasting 2001 (de Wet) (tekst 2008) luidde -voor zover hier van belang-:
"1. De aanschaffings- of voortbrengingskosten van bedrijfsmiddelen die zijn aangewezen als bedrijfsmiddelen die in het belang zijn van de bescherming van het Nederlandse milieu (milieu-bedrijfsmiddelen) kunnen door de belastingplichtige willekeurig worden afgeschreven.
2. Bij ministeriële regeling kunnen milieu-bedrijfsmiddelen worden aangewezen door Onze Minister van Volkshuisvesting, Ruimtelijke Ordening en Milieubeheer in overeenstemming met Onze Minister en na overleg met Onze Minister van Economische Zaken.
3.2 Artikel 3.42a van de Wet inkomstenbelasting 2001 (de Wet) (tekst 2008) luidde -voor zover hier van belang-:
"1. Indien in een kalenderjaar in een onderneming […] wordt geïnvesteerd in niet eerder gebruikte bedrijfsmiddelen die zijn aangewezen als milieu-investeringen, en de ondernemer daarvoor bij de aangifte kiest, wordt een in het derde lid aangewezen percentage van het bedrag aan milieu-investeringen in de onderscheiden categorieën ten laste gebracht van de winst over dat jaar (milieu-investeringsaftrek).
2. Milieu-investeringen zijn investeringen, behorend tot categorie I, II respectievelijk III, die door Onze Minister van Volkshuisvesting, Ruimtelijke Ordening en Milieubeheer in overeenstemming met Onze Minister en na overleg met Onze Minister van Economische Zaken en Onze Minister van Landbouw, Natuurbeheer en Visserij bij ministeriële regeling zijn aangewezen in het belang van de bescherming van het Nederlandse milieu.
3. Bij een bedrag aan milieu-investeringen in een kalenderjaar van meer dan € 2100 bedraagt de milieu-investeringsaftrek voor milieu-investeringen die behoren tot […] categorie I 40 percent […].
3.3 De op de hiervoor genoemde wetsartikelen gebaseerde Aanwijzingsregeling willekeurige afschrijving en investeringsaftrek milieu-investeringen 2008 vermeldt onder meer:
"Artikel 1 Als milieubedrijfsmiddelen als bedoeld in artikel 3.31, eerste lid, van de Wet inkomstenbelasting 2001 worden aangewezen de bedrijfsmiddelen of onderdelen daarvan, opgenomen in de bijlage bij deze regeling […]
Artikel 2 Als investeringen […] als bedoeld in artikel 3.42a van de Wet inkomstenbelasting 2001 worden aangewezen de investeringen in bedrijfsmiddelen of onderdelen daarvan, welke bedrijfsmiddelen of onderdelen daarvan als zodanig zijn opgenomen in bijlage 1 bij deze regeling […]".
3.4 In de in 3.3 genoemde bijlage (hierna de Milieulijst 2008) stond als milieu-investering onder code F 1099 vermeld:
"Proefstal
bestemd voor: het huisvesten van dieren in een stalsysteem waarvoor een bijzondere emissiefactor is vastgesteld als bedoeld in artikel 3 van de Regeling ammoniak en veehouderij (Stcrt. 2002,82), en waarbij wordt voldaan aan de meetverplichtingen volgende uit voornoemde regeling, en bestaande uit: proefstal. Exclusief de niet voor het reduceren van emissies relevante onderdelen van de inrichting zoals melkmachine en melkkoeling.".
3.5 Tussen partijen is niet in geschil dat eisers melkveestal kwalificeert als een proefstal, in de zin dat voor eisers stalsysteem een bijzondere emissiecode was vastgesteld als bedoeld in artikel 3 van de Regeling ammoniak en veehouderij. Verweerders stelling dat de melkrobots niet voor MIA en VAMIL in aanmerking komen omdat deze niet zijn bestemd voor de huisvesting van de koeien verwerpt de rechtbank, nu de melkrobots behoren tot (de inrichting van) het stalsysteem. De rechtbank hecht geloof aan de ter zitting door [bijstand] afgelegde verklaring dat voor dit specifieke stalsysteem alleen een bijzondere emissiefactor kon worden toegekend indien het stalsysteem zou worden uitgerust met melkrobots (zie 1.5). De melkrobots komen daarmee, als behorend tot de inrichting van het stalsysteem in beginsel voor MIA en VAMIL in aanmerking, voor zover zij daarvan niet expliciet zijn uitgezonderd.
3.5 Dit betekent dat de rechtbank dient te oordelen over de betekenis van de zin "Exclusief de niet voor het reduceren van emissies relevante onderdelen van de inrichting zoals melkmachine en melkkoeling". Naar het oordeel van de rechtbank is het gebruik van de melkrobot meer omvattend dan slechts het verzamelen van melk. Voorts stelt de rechtbank vast dat verweerder niet betwist dat van het gebruik van de melkrobot een emissie-reducerend effect uitgaat (zie 1.5). Naar het oordeel van de rechtbank is -anders dan verweerder lijkt te stellen- niet vereist dat dit een grote bijdrage aan de emissiebeperking moet zijn. Naar het oordeel van de rechtbank dient de betreffende zin zo te worden opgevat dat niet de melkrobot als geheel van MIA en VAMIL is uitgezonderd, maar slechts die delen die niet voor de emissiereductie relevant zijn, zoals de delen die zien op het verzamelen van melk. Door eiser is onweersproken gesteld dat per melkrobot een bedrag van € 15.000 betrekking heeft op het melksysteem. Naar het oordeel van de rechtbank komt een bedrag van € 60.000 (vier melkrobots ad € 15.000) daarom niet als milieu-investering respectievelijk milieubedrijfsmiddel in aanmerking.
3.6 Voor zover eiser met zijn beroep op het vertrouwensbeginsel heeft bedoeld dat de investering in de melkrobots volledig (dus inclusief de hiervoor genoemde € 60.000) voor toepassing van MIA en VAMIL in aanmerking komen oordeelt de rechtbank als volgt. Nog daargelaten de vraag of eiser de uitlatingen van [A] mocht opvatten als een toezegging door verweerder, is de rechtbank van oordeel aan de onder 1.6 weergegeven verklaring van [A] in ieder geval niet het in rechte te honoreren vertrouwen mocht worden ontleend dat de melkrobots voor het volledige bedrag onder de regelingen zouden vallen. Eisers beroep op het vertrouwensbeginsel leidt niet tot het in aanmerking nemen van hogere bedragen voor toepassing van de MIA en VAMIL, dan de bedragen die voortvloeien uit het onder 3.5 overwogene
3.7 Cijfermatig leidt dit tot de volgende conclusie: