Beoordeling van het geschil
3.1 Artikel 16, vierde lid, AWR luidt:
"Indien te weinig belasting is geheven over een bestanddeel van het voorwerp van enige belasting dat in het buitenland wordt gehouden of is opgekomen, vervalt, in afwijking in zoverre van het derde lid, eerste volzin, de bevoegdheid tot navorderen door verloop van twaalf jaren na het tijdstip waarop de belastingschuld is ontstaan.".
3.2 De onderhavige navorderingsaanslag is, naar tussen partijen niet in geschil is, voor zover deze betrekking heeft op de vermogensbelasting over de jaren 1998 tot en met 2000, en de inkomstenbelasting/premie volksverzekeringen over de jaren 1997 tot en met 2004, opgelegd met gebruikmaking van de zogenoemde verlengde navorderingstermijn van artikel 16, vierde lid, AWR.
3.3 Bij arrest van 11 juni 2009, X en E.H.A. Passenheim-van Schoot, C-155/08 en C-157/08, onder andere gepubliceerd in BNB 2009/222, heeft het Hof van Justitie voor de Europese Gemeenschappen (HvJ EG), onder meer voor recht verklaard:
"1) De artikelen 49 EG en 56 EG moeten aldus worden uitgelegd dat zij zich niet ertegen verzetten dat, wanneer voor de belastingautoriteiten van een lidstaat spaartegoeden en inkomsten uit deze tegoeden zijn verzwegen en deze autoriteiten geen aanwijzingen over het bestaan ervan hebben op basis waarvan zij een onderzoek kunnen instellen, deze lidstaat een langere navorderingstermijn toepast wanneer deze tegoeden in een andere lidstaat zijn aangehouden dan wanneer zij in eerstgenoemde lidstaat zijn aangehouden. De omstandigheid dat deze andere lidstaat het bankgeheim kent, is in dit opzicht van geen belang.".
3.4 Naar aanleiding van dit arrest van het HvJ EG heeft de Hoge Raad in zijn arresten van 26 februari 2010, nrs. 43 050bis en 43 670bis, onder andere gepubliceerd in BNB 2010/199 en 200, onder meer de volgende regels geformuleerd die in acht moeten worden genomen bij het opleggen van een navorderingsaanslag met gebruikmaking van de termijn van artikel 16, vierde lid, AWR:
"2.1.1. Uit de verklaring voor recht moet worden afgeleid dat de artikelen 49 en 56 EG zich er niet tegen verzetten dat een lidstaat die niet beschikt over aanwijzingen van het bestaan van spaartegoeden die worden aangehouden in een andere lidstaat, voor de belastingheffing over (inkomsten uit) dergelijke tegoeden een langere navorderingstermijn toepast dan de termijn die geldt voor de belastingheffing in verband met tegoeden in de eigen staat.
2.1.2. Zijn die aanwijzingen er wel, en wordt naar aanleiding daarvan een navorderingsaanslag opgelegd na het verstrijken van de termijn die zou gelden met betrekking tot tegoeden die worden aangehouden in de eigen staat, dan moet de daaruit voortvloeiende beperking van het vrije verkeer worden aanvaard indien de navorderingsaanslag wordt opgelegd met inachtneming van het tijdsverloop dat na het opkomen van de bedoelde aanwijzingen noodzakelijkerwijs is gemoeid met (i) het verkrijgen van de inlichtingen die nodig zijn voor het bepalen van de verschuldigde belasting, en tevens (ii) het met redelijke voortvarendheid voorbereiden en vaststellen van een aanslag aan de hand van de gegevens die de inspecteur ter beschikking staan.".
3.5 Eiser heeft gesteld dat verweerder de termijn voor oplegging van de navorderingsaanslag verder heeft overschreden dan noodzakelijk was voor het met redelijke voortvarendheid voorbereiden en vaststellen van de navorderingsaanslag, zodat in strijd is gehandeld met criterium (ii) van het hierboven in 3.4 genoemde arrest van de Hoge Raad.
3.6 Tussen partijen is niet in geschil dat verweerder na ontvangst van de brief van eiser van 19 oktober 2009 over alle relevante feiten beschikte om de navorderingsaanslag op te kunnen leggen. Vanaf dat moment geldt dat verweerder met redelijke voortvarendheid te werk moet gaan bij het voorbereiden en vaststellen van de navorderingsaanslag.
3.7 Verweerder heeft gesteld dat indien het totale tijdsverloop van de inkeer tot het vaststellen van de navorderingsaanslag, in gevallen als de onderhavige, en voor zover dit aan verweerder is toe te rekenen, niet meer dan twee jaren bedraagt, altijd op voortvarende wijze is gehandeld. De rechtbank is van oordeel dat deze stelling zich niet verdraagt met het onder 3.4 genoemde arrest van de Hoge Raad. Uit het arrest kan worden afgeleid dat ook binnen de door verweerder genoemde periode van twee jaren met redelijke voortvarendheid dient te worden gehandeld.
3.8 Tussen 19 oktober 2009 en medio juni 2010 - zie 1.8 -, het moment waarvan verweerder heeft gesteld dat de behandeld ambtenaar de ontvangen informatie heeft beoordeeld en berekeningen heeft gemaakt, zijn acht maanden verstreken. De stukken van het geding noch de daarop door verweerder gegeven toelichting ter zitting bevatten aanwijzingen dat verweerder in deze periode relevante activiteiten heeft verricht. Dat verweerder op 23 december 2009 - zie 1.7 - met de gemachtigde van eiser contact heeft gehad over dreigende termijnoverschrijding van de op te leggen navorderingsaanslagen IB/PVV 1997 en VB 1998, doet daar niet aan af, nu dit niet gaat om de inhoudelijke behandeling van het dossier gericht op het voorbereiden en vaststellen van de navorderingsaanslag. Voor zover verweerder stelt dat de behandeld ambtenaar gezien de grote stroom aan inkeerders meer tijd moet worden gegund, overweegt de rechtbank, dat dit verweerder niet kan baten, nu deze omstandigheid voor rekening van verweerder dient te blijven. Door het tijdsverloop van acht maanden, waarin verweerder feitelijk heeft stilgezeten, heeft verweerder, naar het oordeel van de rechtbank, een langere tijd gebruikt dan noodzakelijkerwijs is gemoeid met het met redelijke voortvarendheid voorbereiden en vaststellen van de navorderingsaanslag.
3.9 Op grond van het onder 3.8 overwogene concludeert de rechtbank dat de navorderingsaanslag, voor zover deze betrekking heeft op de vermogensbelasting over de jaren 1998 tot en met 2000 en de inkomstenbelasting/premie volksverzekeringen over de jaren 1997 tot en met 2004, is opgelegd in strijd met criterium (ii) van het onder 3.4 genoemde arresten van de Hoge Raad. Dit heeft tot gevolg dat de bestreden navorderingsaanslag dient te worden verminderd.
3.10 Het beroep en het bezwaar worden geacht mede betrekking te hebben op de heffingsrente. Nu verweerder op het bezwaar tegen de beschikking heffingsrente niet afzonderlijk uitspraak heeft gedaan, gaat de rechtbank ervan uit dat in de onderhavige uitspraak op bezwaar ook de beslissing ligt besloten om de beschikking heffingsrente te handhaven. Aangezien de met deze beschikking samenhangende navorderingsaanslag zal worden verminderd, ziet de rechtbank aanleiding verweerders beslissing om deze beschikking te handhaven, te vernietigen en de beschikking heffingsrente dienovereenkomstig te verminderen.
3.11 Nu tussen partijen niet in geschil is dat, in het geval het gelijk is aan de zijde van eiser, de verschuldigde belasting vermeerderd met heffingsrente € 6.552 dient te bedragen, zal de rechtbank de navorderingsaanslag en de heffingsrente vaststellen op een bedrag van in totaal € 6.552. Omdat eiser hierbij uitgaat van een vermindering van de heffingsrente met een bedrag van € 18.457, terwijl over het jaar 1998 een beschikking heffingsrente is vastgesteld van € 18.000 overweegt de rechtbank het volgende. Nu in de vaststellingsovereenkomst - zie 1.14 - wordt uitgegaan van een totaalbedrag aan belasting en heffingsrente, en verweerder bij het opleggen van de onderhavige navorderingsaanslag een verdeling heeft toepast, waarbij de heffingsrente - gelet op het vermelde onder 1.13 tot en met 1.15 - enigszins ruw is vastgesteld op € 18.000, begrijpt de rechtbank partijen aldus dat de heffingsrente zoveel als mogelijk dient te worden verminderd en dat voor het overige de verschuldigde belasting dient te worden verminderd, zodat een totaalbedrag resteert van € 6.552. Dit leidt tot de slotsom dat de rechtbank de navorderingsaanslag zal vaststellen op € 6.552 (€ 54.000 minus € 47.448), en de beschikking heffingsrente zal verminderen tot nihil (€ 18.000 minus € 18.000).
3.12 Gelet op het vorenoverwogene dienen de beroepen gegrond te worden verklaard.