Beoordeling van het geschil
3.1 Ingevolge artikel 16, eerste lid, van de AWR kan de inspecteur, indien enig feit grond oplevert voor het vermoeden dat een aanslag tot een te laag bedrag is vastgesteld, de te weinig geheven belasting navorderen. Een feit dat de inspecteur bekend was of redelijkerwijs had kunnen zijn, kan geen grond voor navordering opleveren, behoudens in de gevallen waarin de belastingplichtige ter zake van dit feit te kwader trouw is.
3.2 Naar de rechtbank begrijpt stelt eiser zich - samengevat - op het standpunt dat verweerder ten tijde van het vaststellen van de aanslag IB/PVV 2007 van eiser beschikte over de aangifte waaruit te destilleren is dat tot het bedrijfsvermogen een personenauto behoorde. Nu eiser onder privégebruik auto geen bedrag heeft aangegeven, lag het op de weg van de verweerder hierover vragen te stellen. Nu dat niet is gebeurd, is er naar mening van eiser geen nieuw feit dat navordering rechtvaardigt.
3.3 Verweerder betoogt daarentegen dat de primitieve aanslagregeling zorgvuldig heeft plaatsgevonden en dat de ingediende aangifte IB/PVV 2007 geen aanleiding gaf voor het instellen van een nader onderzoek.
3.4 Met betrekking tot de onderzoeksplicht van verweerder overweegt de rechtbank dat bij het vaststellen van de primitieve aanslag als uitgangspunt heeft te gelden dat de inspecteur in beginsel mag afgaan op de aangifte van een belastingplichtige en mag uitgaan van de juistheid van de gegevens die een belastingplichtige bij zijn aangifte heeft verstrekt. De inspecteur is slechts gehouden een nader onderzoek in te stellen indien hij, na met een normale zorgvuldigheid kennis te hebben genomen van de inhoud van de aangifte, aan de juistheid van enig daarin opgenomen gegeven in redelijkheid behoort te twijfelen dan wel indien er bijzondere omstandigheden zijn die hem reden geven aan de juistheid van de ingediende aangifte te twijfelen (vergelijk onder andere Hoge Raad 7 december 2007, nr. 43 489, V-N 2007/58.14).
3.5 De rechtbank is van oordeel dat de aangifte IB/PVV 2007 van eiser verweerder geen aanleiding hoefde te geven om een nader onderzoek in te stellen. Hierbij speelt mede een rol dat de aangifte een verzorgde indruk maakte. De rechtbank is van oordeel dat verweerder bij het regelen van de aanslag, zonder vragen te stellen over een eventueel privégebruik van de [auto], geen ambtelijk verzuim heeft begaan dat aan navordering in de weg staat. Eisers grief faalt.
3.6 Uit artikel 3.20, eerste en tweede lid, van de Wet inkomstenbelasting 2001 (tekst 2007) volgt dat geen bijtelling wegens privé-gebruik van de auto plaatsvindt indien uit een rittenregistratie of anderszins blijkt dat met de auto op jaarbasis voor niet meer dan 500 kilometer privé is gereden. Uit het woord "blijkt" volgt dat eiser overtuigend dient aan te tonen dat hij in het onderhavige jaar de hem ter beschikking gestelde auto in totaal niet meer dan 500 kilometers voor privé-doeleinden heeft gebruikt. Ingevolge het vierde lid van voornoemd artikel kunnen bij ministeriele regeling regels worden gesteld waaraan een rittenregistratie moet voldoen of regels worden gesteld over het anderszins laten blijken dat de auto op jaarbasis voor niet meer dan 500 kilometer voor privé-doeleinden wordt gebruikt.
3.7 Bij de stukken bevindt zich een rittenregistratie met betrekking tot de [auto] die eiser in 2007 tot zijn beschikking heeft gehad. In de periode 24 juli tot en met 21 augustus 2007 is de [auto] blijkens de rittenregistratie verhuurd. Vaststaat dat de [auto] tijdens deze periode door het gezin van eiser is gebruikt voor een vakantie in Frankrijk en dat tijdens deze periode 3910 kilometer is gereden (zie 1.6). Naar het oordeel van de rechtbank zijn deze vakantiekilometers met het gezin aan te merken als privékilometers zodat meer dan 500 kilometer privégebruik met de aan eiser ter beschikking gestelde auto heeft plaatsgevonden. Dat de auto tijdens de vakantie aan zijn partner zou zijn verhuurd - wat daar overigens ook van zij - maakt dit oordeel niet anders, nu eiser als lid van het gezin in die periode feitelijk (mede) van de auto gebruik maakte. De rechtbank is van oordeel dat het beroep van eiser reeds hierom faalt. De rechtbank wijst eiser er bovendien op dat de rittenregistratie eventuele andere door eiser privé gereden kilometers niet uitsluit nu deze verhuld kunnen worden doordat van de in die rittenstaten vermelde verhuurkilometers slechts totalen zijn vermeld en geen afzonderlijke ritten zijn genoteerd. Eiser heeft ook geen ander bewijs bijgebracht om zijn stelling te onderbouwen dat in de kilometrages die zijn vermeld bij de verhuurritten geen kilometers zijn begrepen die voor privé-doeleinden zijn gereden. Een en ander leidt de rechtbank tot het oordeel dat eiser niet heeft doen blijken dat hij de ter beschikking gestelde [auto] op jaarbasis voor niet meer dan 500 km voor privé-doeleinden heeft gebruikt. Aan de beoordeling van de vermeende onzakelijkheid van de gestelde verhuur komt de rechtbank dan niet toe.
3.8 Indien met betrekking tot een belasting welke bij wege van aanslag wordt geheven aan opzet of grove schuld van de belastingplichtige is te wijten dat de aanslag tot een te laag bedrag is vastgesteld of anderszins te weinig belasting is geheven, vormt dit ingevolge artikel 67e van de AWR een vergrijp ter zake waarvan de inspecteur hem, gelijktijdig met de vaststelling van de navorderingsaanslag, een boete kan opleggen van ten hoogste 100% van het bedrag van de navorderingsaanslag voor zover dat bedrag als gevolg van de opzet of de grove schuld van de belastingplichtige niet zou zijn geheven.
3.9 Verweerder heeft onder toepassing van de paragrafen 25, tweede lid en 27 van het BBBB aan eiser een vergrijpboete opgelegd van 25% wegens aan hem toegedichte grove schuld.
3.10 Op verweerder rust de bewijslast aannemelijk te maken dat het aan grove schuld van eiser is te wijten dat te weinig belasting wordt geheven in de zin van artikel 67e van de AWR. Grove schuld dient te worden opgevat als een in laakbaarheid aan opzet grenzende mate van verwijtbaarheid dat mede grove onachtzaamheid omvat. Naar het oordeel van de rechtbank blijkt uit de stukken van het geding dat eiser op de hoogte is van de regeling omtrent het privégebruik auto. Hij houdt immers van zijn tot het ondernemingsvermogen behorende [auto] kilometers bij in een overzicht en vermeldt of er zijns inziens sprake is van zakelijke kilometers, privékilometers of verhuurkilometers. Hij geeft daarbij naar oordeel van de rechtbank, echter een verkeerde voorstelling van zaken door de kilometers met een privékarakter, te weten de vakantiekilometers, niet aan te merken als privékilometers. Eiser moet zich ervan bewust zijn geweest dat deze kilometers, waarbij hij (mede) gebruiker van de auto was, als privékilometers waren aan te merken. Eiser heeft door deze handelswijze naar oordeel van de rechtbank dermate lichtvaardig gehandeld, dat gesproken kan worden van grove onachtzaamheid. Verweerder heeft, naar het oordeel van de rechtbank, in zoverre dan ook terecht een boete van 25% bepleit (zie onder 1.10), welke de rechtbank onder de gegeven omstandigheden passend en geboden acht.
3.11 Nu verweerder op het bezwaar tegen de beschikking inzake heffingsrente niet afzonderlijk uitspraak heeft gedaan, gaat de rechtbank ervan uit dat in de onderhavige uitspraak op bezwaar ook de beslissing ligt besloten om de beschikking inzake heffingsrente te handhaven. De rechtbank ziet geen aanleiding om af te wijken van verweerders beslissing om de beschikking heffingsrente te handhaven. Hierbij wijst de rechtbank eiser erop dat het bedrag van de heffingsrente het bedrag van de navorderingsaanslag volgt.
3.12 Gelet op het vorenoverwogene dienen de beroepen ongegrond te worden verklaard.