Beoordeling van het geschil
2.1 De rechtbank ziet aanleiding eerst ambtshalve te beoordelen of Jumbo en FNS belanghebbenden zijn in de zin van de Awb.
2.2 Ingevolge artikel 7:1, eerste lid, van de Awb, in samenhang gelezen met artikel 8:1, eerste lid, van die wet, kan uitsluitend een belanghebbende tegen een besluit bezwaar maken. Ingevolge artikel 1:2, eerste lid, van de Awb wordt onder belanghebbende verstaan degene wiens belang rechtstreeks bij een besluit is betrokken.
2.3 In navolging van hetgeen de rechtbank in haar uitspraak van 9 juni 2011 in het kader van de beroepen van Jumbo en FNS terzake de bouwvergunning eerste fase heeft overwogen, oordeelt de rechtbank dat het college Jumbo en FNS evenzeer ten onrechte heeft ontvangen in hun bezwaren tegen het besluit om de bouwvergunning tweede fase te verlenen. Daartoe overweegt de rechtbank het volgende.
2.3.1 In de uitspraak van 9 juni 2011 heeft de rechtbank vastgesteld dat Jumbo nog geen supermarkt in Franeker exploiteert. Wel is Jumbo sinds enige jaren huurder van één van de panden van de oude Plus supermarkt aan de Sjaardemastraat 9 te Franeker. Jumbo wil op die plek een winkel met een vloeroppervlakte van 1500 m² realiseren. Dit plan kan echter niet gerealiseerd worden, omdat zij niet de beschikkingsmacht heeft over alle daarvoor benodigde gronden. Naar vaste rechtspraak van de Afdeling bestuursrechtspraak van de Raad van State (AbRS), zie bijvoorbeeld haar uitspraak van 4 november 2005 (LJN AU5846), is een voornemen zonder begin van uitvoering onvoldoende om aan te nemen dat sprake is van een voldoende concreet belang dat rechtstreeks bij het besluit is betrokken. Naar het oordeel van de rechtbank is een (al jaren geleden afgesloten) huurovereenkomst evenmin voldoende om een dergelijk begin van uitvoering aan te nemen. Nu feitelijk geen Jumbo wordt geëxploiteerd in Franeker en ook niet is gebleken van een begin van uitvoering daarvan, is de rechtbank van oordeel dat Jumbo niet als belanghebbende in de zin van artikel 1:2 van de Awb bij de in geding zijnde bouwvergunning kan worden aangemerkt.
2.3.2 De rechtbank stelt verder vast dat FNS eigenaar en verhuurder is van het pand dat Jumbo huurt. Gelet hierop heeft FNS naar het oordeel van de rechtbank slechts een afgeleid
- en geen rechtstreeks geraakt - belang bij de in geding zijnde bouwvergunning. FNS ondervindt namelijk eventuele gevolgen van dat besluit slechts via de contractuele relatie met Jumbo. FNS is dan ook niet als belanghebbende in de zin van artikel 1:2, eerste lid, van de Awb aan te merken.
2.4 Gelet op voorgaande overwegingen komt de rechtbank tot de conclusie dat de beroepen van Jumbo en FNS gegrond moeten worden verklaard en dat het bestreden besluit op bezwaar moet worden vernietigd. De rechtbank zal zelf in de zaak voorzien door de bezwaren van Jumbo en FNS alsnog niet-ontvankelijk te verklaren.
2.5 Met toepassing van artikel 8:75, eerste lid, van de Awb veroordeelt de rechtbank het college in de proceskosten. Overeenkomstig het bepaalde in het Besluit proceskosten worden de proceskosten van Jumbo en FNS, elk afzonderlijk, vastgesteld op € 437,00 ter zake van door een derde beroepsmatig verleende rechtsbijstand (beroepschrift 1 punt; gewicht van de zaak: gemiddeld; waarde per punt € 437,00).