Beoordeling van het geschil
3.1 Ingevolge artikel 6:12, eerste lid, Awb is het beroep gericht tegen het niet tijdig nemen van een besluit dan wel het niet tijdig bekendmaken van een van rechtswege verleende beschikking, niet aan een termijn gebonden. Ingevolge het vierde lid van voormeld wetsartikel is het beroep niet-ontvankelijk indien het beroepschrift onredelijk laat is ingediend.
3.2 Uit de wetsgeschiedenis van het hiervoor vermelde artikel blijkt voorts:
'De term 'onredelijk laat' beoogt te voorkomen dat een bezwaar of beroep nog ontvankelijk is nadat de belanghebbende zolang heeft stilgezeten dat eenieder erop mocht vertrouwen dat hij van beroep zou afzien. Zonder deze bepaling zou de termijn voor bezwaar en beroep tegen het niet beslissen op een aanvraag geen einde nemen. Wanneer gezegd kan worden dat het bezwaar of beroep onredelijk laat is, zal van de omstandigheden afhangen. Het zal echter niet vlug worden aangenomen: men kan de belanghebbende in het algemeen niet verwijten dat hij stilzit omdat hij erop vertrouwt dat het bestuur nog wel zal voldoen aan zijn verplichting een besluit te nemen.
Het vorenstaande geldt uiteraard ook voor de fiscale procedures. Nu de termijn waarbinnen op een bezwaarschrift in belastingzaken moet worden beslist op 12 maanden is gesteld, zal men het beroep van de belastingplichtige niet onredelijk laat oordelen indien hij nog geruime tijd daarna op een beslissing van het bestuur blijft wachten.' (MvA, Kamerstukken II 1990/91, 21 221, nr. 5, punt 2.173)
3.3 Ter zitting heeft de gemachtigde van eiseres bevestigd dat zij degene was die tegen het einde van 2010, voor het eerst heeft geconstateerd dat eiseres reeds een bezwaarschrift had ingediend, waarop verweerder nog geen beslissing had genomen. Tevens heeft zij verklaard dat ook de opsteller van de brief van 4 januari 2006 ([A]) zich tijdens het overleg met verweerder over de onderliggende kwestie in 2007, niet heeft gerealiseerd dat hij een bezwaarschrift heeft ingediend.
3.4 Gelet op het voorgaande stelt de rechtbank vast dat er bij eiseres, dan wel haar professionele gemachtigde(n), tot omstreeks eind 2010 niet de bewustheid aanwezig was dat er sprake was van een ingediend bezwaarschrift, zodat, naar het oordeel van de rechtbank, evenmin gesproken kan worden van 'wachten' op de uitspraak op dat vermeende bezwaarschrift of 'vertrouwen' op de komst daarvan. De rechtbank is dan ook voorts van oordeel dat eiseres' argumenten waarom zij niet eerder een beroep tegen het uitblijven van een uitspraak op bezwaar heeft ingediend, niet valide zijn, omdat van enige bewustheid waarom wel of geen beroep is ingediend, geen sprake kan zijn. De rechtbank is veeleer van oordeel dat het overleg met verweerder, een klachtenprocedure en de procedure bij de Nationale Ombudsman wijzen op pogingen van eiseres om een ambtshalve vermindering van een aanslag te verkrijgen, waartegen zij geen formele rechtsingang (meer) open zag staan.
3.5 Uit het voorgaande leidt de rechtbank af dat eiseres tussen de indiening van het vermeende bezwaarschrift en diens beroepschrift van 1 april 2011, voorafgegaan door de onder 1.9 vermelde brief van 11 maart 2011, met betrekking tot dat vermeende bezwaarschrift dermate lang uitsluitend heeft stilgezeten, dat eenieder er op mocht vertrouwen dat zij van beroep zou afzien. Dit komt, naar het oordeel van de rechtbank, voor eiseres' rekening. Immers als bij eiseres al de bewustheid ontbrak dat er een bezwaarschrift was ingediend, hoe zou dan verweerder, bij gemotiveerde betwisting dat er sprake is van een bezwaarschrift, verweten kunnen worden, dat hij geen uitspraak op bezwaar heeft gedaan. Ook eiseres' grief dat ook verweerder lang gewacht zou hebben met het opleggen van een aanslag kan, naar het oordeel van de rechtbank, niet tot een ander oordeel leiden. Gelet op het vorenoverwogene komt de rechtbank tot de conclusie dat eiseres' beroep in de zin van artikel 6:2, aanhef en onderdeel b, onredelijk laat is ingediend en derhalve niet-ontvankelijk is.
3.6 Nu de rechtbank reeds op deze gronden tot het oordeel komt dat het beroep niet-ontvankelijk is, komt zij niet toe aan de behandeling van de vraag of eiseres bij brief van 4 januari 2006 daadwerkelijk een bezwaarschrift heeft ingediend.