Beoordeling van het geschil
3.1 De rechtbank is van oordeel dat het primaire standpunt van verweerder, dat het beroep niet-ontvankelijk is, omdat verweerder volledig is tegemoetgekomen aan het bezwaarschrift en eiseres daarbij een teruggaaf heeft verleend tot het door haar in bezwaar verlangde bedrag, niet slaagt, omdat geen rechtsregel zich ertegen verzet dat eiseres haar stellingen in beroep uitbreidt als zij financieel belang heeft bij die uitbreiding. Tussen partijen is niet in geschil dat bij eiseres een dergelijk financieel belang aanwezig is. Op grond hiervan is de rechtbank van oordeel dat het primaire standpunt van verweerder dient te worden verworpen.
3.2 Ingevolge artikel 15, zesde lid, van de Wet op de omzetbelasting 1968 (Wet OB) worden - voor zover hier van belang - bij ministeriële regeling nadere regels gesteld omtrent de aftrek van belasting, ingeval goederen en diensten door de ondernemer mede worden gebruikt anders dan voor belaste handelingen. De delegatieregeling is nader uitgewerkt in - voor zover hier van belang - de artikelen 11 tot en met 14 van de Uitvoeringsbeschikking omzetbelasting 1968 (UB).
3.3 Ingevolge artikel 14 UB wordt het afstoten van goederen welke de ondernemer in zijn bedrijf heeft gebruikt, niet beschouwd als een handeling die voor de berekening van de aftrek bij hem in aanmerking komt. De rechtbank is daarbij van oordeel dat de wetgever, overeenkomstig het arrest van de Hoge Raad van 10 augustus 2007, nr. 43169, LJN AZ3758, begrippen in de nationale wetgeving uitlegt conform doel en strekking van de Europese regelgeving. Hieruit leidt de rechtbank af dat het begrip "goederen" in artikel 14 UB uit moet worden gelegd als "investeringsgoederen" als bedoeld in artikel 19 van de Zesde richtlijn.
3.4 Het HvJ EG overweegt in zijn arrest van 6 maart 2008, C-98/07, BNB 2008/219 - voor zover hier van belang - in rechtsoverweging (r.o.) 22:
"De in dit lid bedoelde elementen moeten voor de berekening van het verhoudingsgetal buiten beschouwing worden gelaten, opdat deze elementen de werkelijke betekenis van de bedrijfsuitoefening niet verkeerd weerspiegelen, te weten voor zover dergelijke elementen geen uitvloeisel zijn van de bedrijfsuitoefening van de belastingplichtige. Dit is het geval bij de verkoop van investeringsgoederen en van slechts incidenteel uitgevoerde handelingen met betrekking tot onroerende goederen of de financiering; met andere woorden de handelingen die ten opzichte van de totale omzet van het bedrijf slechts van secundaire of toevallige betekenis zijn. Deze handelingen worden overigens slechts buiten beschouwing gelaten indien zij niet tot de gebruikelijke bedrijfswerkzaamheden van de belastingplichtige behoren."
Vervolgens overweegt hij in r.o. 24 - voor zover hier van belang -:
"Met de bepalingen van artikel 19, lid 2, van de Zesde richtlijn heeft de gemeenschapswetgever de omzet uit de verkoop van goederen van de berekening van het pro rata dus willen uitsluiten wanneer deze verkoop ongebruikelijk is vergeleken met de gewone activiteiten van de betrokken belastingplichtige en het gebruik van goederen of diensten met een gemengde bestemming bij deze verkoop dus niet evenredig hoeft te zijn aan de erdoor gegenereerde omzet. (…)".
En in r.o. 25:
"Bijgevolg kan het begrip 'investeringsgoederen welke door de belastingplichtige in het kader van zijn onderneming worden gebruikt' in de zin van artikel 19, lid 2, van de Zesde richtlijn niet die goederen omvatten waarvan de verkoop voor de betrokken belastingplichtige een gebruikelijke economische activiteit vormt. Voor de betrokkene maken de verwerving en vervolgens de verkoop van dergelijke goederen immers het gewone gebruik van goederen en diensten met een gemengde bestemming noodzakelijk. Aangezien deze verkoop een gebruikelijke en belaste activiteit van de belastingplichtige vormt, moet de daarop betrekking hebbende omzet worden opgenomen in de berekening van het pro rata voor de toepassing van de aftrek opdat dit pro rata zo goed mogelijk weergeeft voor welk gedeelte de goederen en diensten met een gemengde bestemming voor deze activiteiten worden gebruikt. (…)".
3.5 Uit de overwegingen in 3.4 leidt de rechtbank af dat de omzet uit de verkoop van de woningwetwoningen niet in de noemer van de pro rata breuk dient te worden meegenomen als sprake is verkoop van investeringsgoederen die niet behoort tot de gebruikelijke bedrijfsactiviteiten van eiseres.
3.6 Naar het oordeel van de rechtbank rust op eiseres - nu zij een teruggaaf vraagt van omzetbelasting die op aangifte is voldaan - de last aannemelijk te maken dat zij aan het gestelde onder 3.4 en 3.5 voldoet.
3.7 De rechtbank is van oordeel dat eiseres, tegenover de gemotiveerde betwisting door verweerder, niet is geslaagd in de op haar rustende last om aannemelijk te maken dat de verkoop van de woningen niet behoort tot haar gebruikelijke bedrijfsactiviteiten. Daarvoor acht de rechtbank het volgende van belang. Eiseres heeft besloten over te gaan tot verkoop van huurwoningen. Daarvoor heeft eiseres in 2007 een contingent van ongeveer 1.900 woningen aangewezen, gelegen in wijken met oudere huurwoningen. De woningen uit dit contingent zijn bestemd om in de daaropvolgende jaren te worden verkocht. Deze voorgenomen verkopen hebben ten doel uitvoering te geven aan één van de doelstellingen van eiseres, zijnde het verbeteren van de kwaliteit van het wonen in bestaande wijken (zie 1.1), waarbij zij van belang acht dat wel voldoende huurwoningen voor haar doelgroep beschikbaar blijven in de desbetreffende wijken. Bij de beslissing tot verkoop van een woning uit dit contingent houdt eiseres bovendien rekening met de samenstelling van het woningbestand per wijk. Daarnaast houdt eiseres zich in het kader van een strategisch beleid dat past binnen haar doelstellingen bezig met de ontwikkeling van diverse (nieuwbouw)projecten (zie 1.7). Bij de ontwikkeling van deze projecten zijn werknemers van eiseres betrokken die feitelijk werkzaamheden voor deze projecten verrichten. Van deze projectmatig tot stand gekomen nieuwbouwwoningen is een deel bestemd voor de verkoop en een deel voor de verhuur. De opbrengst van de verkochte woningwetwoningen wordt door eiseres aangewend om de onrendabele top van de nieuwe huurwoningen te financieren. Zonder die verkoopopbrengst is een rendabele exploitatie van nieuwe huurwoningen niet mogelijk.
3.8 De rechtbank is op basis van het voorgaande van oordeel dat eiseres niet aannemelijk heeft gemaakt dat sprake is van activiteiten van bijkomende aard die niet tot haar gebruikelijke bedrijfsactiviteiten behoren. De rechtbank hecht daarbij met name belang aan de omstandigheid dat de verkoop van de woningwetwoningen gedurende meerdere jaren plaatsvindt en dat de daarmee gegenereerde opbrengst nodig is ter financiering van de door eiseres gerealiseerde nieuwe huurwoningen. De verkoop van de woningwetwoningen past bovendien binnen de doelstelling van eiseres inzake verbetering van de woonkwaliteit in de wijken. Daarmee zijn deze verkopen niet zo uitzonderlijk, noch ongebruikelijk, dat de omzet die daarmee wordt gegenereerd op die grond buiten de pro rata berekening zou moeten blijven.
3.9 Het standpunt van eiseres dat sprake is van een enorm verstorende werking op de teruggaaf van omzetbelasting doordat het aantal verkochte woningen (zie 1.6) minder bedraagt dan 1% van het totale woningbestand, terwijl de omzet die daarmee gepaard gaat ongeveer 15% bedraagt, leidt de rechtbank niet tot een ander oordeel. De toets aan een eventuele verstorende werking komt, op grond van r.o. 24 van het arrest van HvJ EG van 6 maart 2008, C-98/07, BNB 2008/219 uitsluitend aan de orde als sprake is van handelingen die niet behoren tot de gebruikelijke bedrijfsactiviteiten van eiseres en daarvan is, gelijk de rechtbank heeft geconcludeerd, geen sprake.
3.10 Gelet op het vorenoverwogene is de rechtbank van oordeel dat de omzet uit de verkoop van (woningwet)woningen in de noemer van de pro rata breuk moet worden meegenomen en dient het beroep ongegrond te worden verklaard.