Beoordeling van het geschil
3.1 In het arrest van de Hoge Raad van 28 april 2008, nr. 43.995, BNB 2008/174, heeft de Hoge Raad het volgende geoordeeld: “Bij een waardering als complex wordt van de desbetreffende onroerende zaken de waarde bepaald met als uitgangspunt dat deze na de beste voorbereiding als één geheel worden verkocht aan de meest biedende partij, die de onroerende zaken vervolgens direct en in volle omvang in gebruik kan nemen. Deze complexwaarde wordt bepaald ingeval de verkoop van de onroerende zaken als complex meer opbrengt dan de verkoop van de afzonderlijke onderdelen. Gelijk de Hoge Raad heeft beslist in onder meer zijn arrest van 18 november 1959, nr. 14 109, BNB 1960/4, en zijn arrest van 13 november 1996, nr. 31 491, BNB 1997/10, is min of meer duurzame zelfbewoning een omstandigheid welke de waarde in het economische verkeer van een woning kan beïnvloeden en waarmee derhalve bij het bepalen van die waarde rekening dient te worden gehouden. Ingeval een woning als zojuist bedoeld behoort tot een complex van onroerende zaken dat als zodanig wordt gewaardeerd, is er slechts reden voor het in aanmerking nemen van min of meer duurzame zelfbewoning bij die tot het complex behorende onroerende zaken die op het moment van staking van de onderneming min of meer duurzaam voor woondoeleinden werden gebruikt.”.
3.2 Voor de beantwoording van de vraag of bij de bepaling van de stakingswinst rekening mag worden gehouden met een waardedrukkende factor wegens zelfbewoning op het achterhuis, de jongveestal en de paardenstal, moet derhalve beoordeeld worden of op het moment van staking voor deze objecten sprake is van min of meer duurzame zelfbewoning. Daarbij overweegt de rechtbank in algemene zin dat bij complexen als de onderhavige uitsluitend in dat geval een waardedruk wegens zelfbewoning dient te worden toegepast. De rechtbank deelt dan ook niet eisers opvatting dat het moet gaan om ‘min of meer voor woondoeleinden gebruiken’, maar benadrukt dat het criterium luidt 'min of meer duurzaam voor woondoeleinden gebruiken’. Naar het oordeel van de rechtbank heeft daarbij te gelden dat het gebruiken voor privé-doeleinden niet hetzelfde is als het min of meer duurzaam gebruiken voor woondoeleinden. Bij woondoeleinden gaat het naar het oordeel van de rechtbank om de vraag of de opstal tot woning dient danwel dienstbaar is aan het feitelijk wonen.
3.3 Op eiser rust de last om aannemelijk te maken dat op het moment van staking het achterhuis, de jongveestal en de paardenstal min of meer duurzaam voor woondoeleinden gebruikt worden.
3.4 Ten aanzien van het achterhuis heeft eiser gesteld dat deze in 2002 voor het laatst voor de onderneming is gebruikt. Verweerder heeft dit gemotiveerd betwist en heeft tevens foto's bijgevoegd van het achterhuis. Op deze foto's staan een veekar, en een betonmolen afgebeeld die volgens verweerder tot de bedrijfsuitoefening behoren. Uit de foto's blijkt eveneens dat de stal zich nog in vrijwel oorspronkelijke staat bevindt met een grotendeels intacte houten palenafscheiding voor het vee inclusief drinktroggen, een lage zolder en een gedeeltelijke roostervloer. De rechtbank trekt hieruit de conclusie dat het achterhuis nog was ingericht als stal, en daarmee naar aard en inrichting niet specifiek is ingericht voor woondoeleinden. Het stallen van diverse zaken als een grasmaaier en een fiets heeft weliswaar een privé-element in zich, echter gelet op het feit dat in deze ruimte ook zaken zijn gestald waarvan de rechtbank het aannemelijk acht dat deze op het moment van staken dienstbaar waren aan de bedrijfsuitoefening, maakt dat deze opstal niet duurzaam (exclusief) voor woondoeleinden wordt gebruikt.
3.5 Ten aanzien van de jongveestal overweegt de rechtbank het volgende. In de loop van 2004 werd de jongveestal niet meer gebruikt voor het stallen van vee omdat het vee door eiser is verkocht. Met verweerder is de rechtbank van oordeel, dat sprake is van gewijzigd gebruik vooruitlopend op het uiteindelijke stakingsmoment. Het stakingsmoment is 31 december 2005, circa anderhalf jaar ná de gewijzigde ingebruikname. Dit neemt niet weg, dat het gewijzigde gebruik samenhangt met de voorgenomen staking. Het is een onderdeel van het afbouwen van de ondernemingsactiviteiten, ten gevolge waarvan de jongveestal niet meer in de onderneming wordt gebruikt, maar beschikbaar kwam voor een andere aanwending. De privébeslissing om de jongveestal te gaan gebruiken als opslagplaats voor de door eiser hobbymatig gehouden antieke werktuigen, maakt nog niet dat de jongveestal voor woondoeleinden wordt gebruikt. De jongveestal kan apart van het woonhuis en op andere wijze worden gebruikt zonder dat het woongenot daarmee anders dan in ondergeschikte mate wordt beperkt. De rechtbank ontleent steun voor deze opvatting aan Gerechtshof Leeuwarden 16 januari 2009, nr. 147/07, LJN BH03 ,V-N 2009/18.1.1 en Gerechtshof 's-Hertogenbosch 28 juni 2007, nr. 06/00144, LJN BB5976, V-N 2007/55.18. Daarmee is de jongveestal niet dienstbaar aan het feitelijk wonen en is voor het in aanmerking nemen van enige waardedruk vanwege zelfbewoning op de jongveestal naar het oordeel van de rechtbank dan ook geen aanleiding.
3.6 Ten aanzien van de paardenstal overweegt de rechtbank als volgt. De paardenstal, die los ligt van de woning, wordt al langere tijd voor het houden van privépaarden van eiser gebruikt (1.5). De rechtbank overweegt dat, ook al zou de paardenstal na het stakingsmoment als aanhorigheid van de woning moeten worden beschouwd in het kader van de eigenwoningregeling, dat op zichzelf onvoldoende is om een waardedruk wegens zelfbewoning in aanmerking te nemen. De paardenstal, die in het verleden is gebruikt in de onderneming, heeft door eiser een aanwending gekregen ten behoeve van (tot zijn privé vermogen behorende) paarden. Dat maakt echter nog niet dat de paardenstal daarmee min of meer duurzaam voor woondoeleinden bestemd is en slechts om die reden kan, bij een tot een complex behorende opstal dat ook als onderdeel van het complex is gewaardeerd, een waardedruk wegens zelfbewoning in aanmerking genomen worden. Ook voor de paardenstal geldt dat deze apart en op andere wijze kan worden gebruikt zonder dat het woongenot daarmee anders dan in ondergeschikte mate wordt beperkt. Daarmee is de paardenstal niet dienstbaar aan het feitelijk wonen en is er derhalve geen reden om een waardedruk wegens zelfbewoning op de paardenstal toe te passen.
3.7 Ingevolge artikel 30f, eerste lid, van de Algemene wet inzake rijksbelastingen (AWR), wordt met betrekking tot de inkomstenbelasting heffingsrente berekend ingeval een voorlopige aanslag, een aanslag of een navorderingsaanslag wordt vastgesteld. Uit de parlementaire geschiedenis van artikel 30f van de AWR blijkt van een beleid van de belastingdienst om binnen drie maanden na de indiening van de aangifte IB/PVV in elk geval een voorlopige aanslag IB/PVV vast te stellen. Indien een inspecteur niet handelt in overeenstemming met deze gedragslijn, verzet het zorgvuldigheidsbeginsel zich ertegen dat die inspecteur meer heffingsrente in rekening brengt dan in een geval waarin hij die gedragslijn wel volgt (zie HR 25 september 2009, nr. 07/13362, BNB 2009/295). Indien de inspecteur voor het opleggen van een definitieve aanslag nader onderzoek instelt kan dat ertoe leiden dat aan het licht komt dat de aangifte een onjuistheid bevat. De correctie van een onjuistheid, zoals de verweerder in het onderhavige geval heeft gedaan, leidt dan tot het berekenen van heffingsrente over het bedrag van de correctie. De stelling van eiser, dat de heffingsrente beperkt dient te worden tot drie maanden na het indienen van de aangifte IB/PVV, berust op een onjuiste lezing van voornoemd arrest van de Hoge Raad. De in rekening gebrachte heffingsrente is een gevolg van de omstandigheid dat eiser een onjuiste aangifte IB/PVV heeft gedaan (zie ook HR 25 februari 2011, nr. 09/03966, V-N 2011/13.12).
3.8 Gelet op het vorenoverwogene dient het beroep ongegrond te worden verklaard.