Beoordeling van het geschil
3.1 Ook de derde bouwaanvraag is ingediend ter legalisering van het pand. Het pand is inmiddels gesloopt. De rechtbank is van oordeel dat eiser zijn procesbelang bij een inhoudelijke beoordeling van het bestreden besluit heeft behouden. Daartoe overweegt de rechtbank dat eiser heeft gesteld dat hij schade heeft geleden ten gevolge van de afwijzing van de bouwaanvraag en dat de rechtbank dit op voorhand niet volstrekt onaannemelijk acht.
3.2 Op grond van artikel 4:6, eerste lid, van de Awb is de aanvrager gehouden nieuw gebleken feiten of veranderde omstandigheden te vermelden, indien na een geheel of gedeeltelijk afwijzende beschikking een nieuwe aanvraag wordt gedaan. Ingevolge het tweede lid kan het bestuursorgaan, wanneer geen nieuw gebleken feiten of veranderde omstandigheden worden vermeld, de aanvraag zonder toepassing te geven aan artikel 4:5 afwijzen onder verwijzing naar zijn eerdere afwijzende beschikking.
3.3 Het is vaste rechtspraak van de Afdeling bestuursrechtspraak van de Raad van State (ABRvS) dat, indien na een eerder afwijzend besluit een besluit van gelijke strekking wordt genomen, door het instellen van beroep tegen het laatste besluit niet kan worden bereikt dat de bestuursrechter dat besluit toetst, als ware het een eerste afwijzing. Slechts indien en voor zover in de bestuurlijke fase nieuw gebleken feiten of veranderde omstandigheden zijn aangevoerd, dan wel uit het aldus aangevoerde kan worden afgeleid dat zich een relevante wijziging van het recht heeft voorgedaan, kunnen dat besluit, de motivering ervan en de wijze waarop het tot stand is gekomen door de bestuursrechter worden getoetst. Onder nieuw gebleken feiten of veranderde omstandigheden moeten worden begrepen feiten of omstandigheden die na het eerdere besluit zijn voorgevallen of die niet vóór dat besluit konden en daarom behoorden te worden aangevoerd, alsmede bewijsstukken van al eerder gestelde feiten of omstandigheden die niet vóór het nemen van het eerdere besluit konden en daarom behoorden te worden overgelegd. Is hieraan voldaan, dan is niettemin geen sprake van feiten of omstandigheden die een hernieuwde rechterlijke toetsing rechtvaardigen, indien op voorhand is uitgesloten dat hetgeen alsnog is aangevoerd of overgelegd aan het eerdere besluit kan afdoen. De rechtbank verwijst in dit kader bijvoorbeeld naar een uitspraak van de ABRvS van 6 augustus 2008 (gepubliceerd op rechtspraak.nl onder LJN BD9448).
3.4 Voor het antwoord op de vraag of de derde bouwaanvraag moet worden aangemerkt als een herhaalde aanvraag, waarbij voor de rechter het beperkte toetsingskader van artikel 4:6 van de Awb geldt, is van belang of het eerste en het tweede bouwplan in essentie gelijk zijn aan het derde bouwplan. Bij die vergelijking komt naar vaste rechtspraak van de ABRvS mede betekenis toe aan de gronden waarop de bouwvergunning voor het eerste en het tweede bouwplan is geweigerd. De rechtbank verwijst in dit kader opnieuw naar de voormelde uitspraak van de ABRvS van 6 augustus 2008.
3.5 De rechtbank is van oordeel dat sprake is van een herhaalde aanvraag, omdat het eerste en het tweede bouwplan in essentie gelijk zijn aan het derde bouwplan. Verweerder heeft geweigerd bouwvergunning te verlenen voor het eerste en het tweede bouwplan op de grond dat deze bouwplannen voorzien in het bouwen van een pand waarvan de gevel en het dak het bouwvlak overschrijden. Daarnaast heeft verweerder geweigerd vrijstelling te verlenen voor het eerste en het tweede bouwplan op de grond dat deze bouwplannen in strijd zijn met de "Uitgangspunten voor bebouwing". In het derde bouwplan is de gevel van het pand gewijzigd, waardoor de gevel van het pand het bouwvlak niet langer overschrijdt. Het dak van het pand is in het derde bouwplan echter niet gewijzigd, waardoor dit het bouwvlak nog steeds in dezelfde mate overschrijdt. In het bestemmingsplan is geen bepaling opgenomen op grond waarvan daken of dakgoten in dit kader buiten beschouwing worden gelaten. Dit betekent naar het oordeel van de rechtbank dat nog steeds sprake is van een even grote overschrijding van het bouwvlak. Verder is de rechtbank van oordeel dat de wijziging van de voorgevel geen relevante invloed heeft op de beantwoording van de vraag of het bouwplan past binnen de "Uitgangspunten voor bebouwing". Ook het derde bouwplan is evident in strijd met deze uitgangspunten.
3.6 Eiser heeft betoogd dat niet langer sprake is van een overschrijding van de grenzen van het bouwvlak, omdat de dakgoot geen gebruiksfunctie heeft en daarom volgens vaste rechtspraak buiten beschouwing moet worden gelaten. De rechtbank volgt dit betoog niet. De door eiser genoemde vaste rechtspraak is de rechtbank niet bekend. Bovendien steekt niet alleen de dakgoot, maar ook het dak ruim een meter uit over de grenzen van het bouwvlak. Zoals hiervoor is overwogen is in het bestemmingsplan niet bepaald dat daken of dakgoten in dit kader buiten beschouwing worden gelaten.
3.7 De rechtbank is niet gebleken van nieuw gebleken feiten of veranderde omstandigheden in de zin van artikel 4:6 van de Awb.
3.8 Dit brengt de rechtbank tot de conclusie dat verweerder de derde bouwaanvraag terecht met toepassing van artikel 4:6, tweede lid, van de Awb heeft afgewezen onder verwijzing naar zijn besluiten van 8 mei 2008 en 6 mei 2009. Dit betekent dat het beroep ongegrond is.