De beoordeling
4.1 De rechtbank stelt het navolgende voorop. Onder het in werking getreden deel van de Paspoortwet en de PUN, zoals deze golden ten tijde van het bestreden besluit, heeft de aanvraag en verstrekking van een paspoort tot gevolg dat vier vingerafdrukken van de aanvrager worden opgeslagen in de gemeentelijke administratie waar het paspoort wordt aangevraagd. Twee afdrukken worden in een chip op het paspoort opgenomen. De afdrukken kunnen uitsluitend worden gebruikt ter uitvoering van de Paspoortwet. Dit houdt in dat bij de afgifte van een volgend paspoort (wegens het verlopen van de termijn waarvoor het paspoort geldig is verklaard, danwel na verlies of diefstal) kan worden teruggegrepen op de eerder afgegeven vingerafdrukken, ter vaststelling en verificatie van de identiteit van de aanvrager. Verder strekt het huidige wettelijke kader niet. De door eiser genoemde verstrekking aan derden, zoals de officier van justitie en de AIVD, is nu (nog) niet aan de orde. Dit betreft het nog niet in werking getreden deel van de Paspoortwet, artikel 4b. Dit geldt eveneens voor de opname van vingerafdrukken in een nationaal, centraal administratiesysteem, nu ook dit ingevolge artikel 65, derde lid, van de Paspoortwet afhankelijk gesteld is van de inwerkingtreding van onderdelen die thans nog geen werking hebben. Nu de aanvraag van eiser niet kan leiden tot deze gevolgen, valt de toetsing hiervan buiten omvang van het geding en behoeven deze onderdelen geen bespreking.
4.2 Omtrent de vraag of op grond van de door eiser aangehaalde verdragsrechtelijke bepalingen in verbinding met artikel 94 van de Grondwet de onder 3.2 tot en met 3.5 weergegeven wetgeving geen toepassing vindt, overweegt de rechtbank als navolgt.
4.3 Het beroep van eiser op artikel 3 van het UVRM kan reeds niet slagen, omdat deze bepaling niet kan worden aangemerkt als een ieder verbindende bepaling als bedoeld in artikel 94 Grondwet.
4.4 De rechtbank is van oordeel dat met de hiervoor onder rechtsoverwegingen 3.2 tot en met 3.5 weergegeven wetgeving een inbreuk wordt gemaakt op het recht op privé-leven van eiser en andere burgers (zie de uitspraak van het Europees Hof voor de Rechten van de Mens (hierna: EHRM) van 4 december 2008, 30562/04 en 30566/04, LJN: BH1813).
4.5 Artikel 8 van het EVRM voorziet in de mogelijkheid van inmenging in het recht op privéleven voor zover daarin bij wet is voorzien. Dit houdt mede in dat de wettelijke regeling voldoende toegankelijk en voorzienbaar moet zijn (zie het arrest van het EHRM, Doerga tegen Nederland, van 27 april 2004, LJN: AP1460). Tevens moet de beperking in een democratische samenleving noodzakelijk zijn in het belang van de nationale veiligheid, de openbare veiligheid of het economisch welzijn van het land, het voorkomen van wanordelijkheden en strafbare feiten, de bescherming van de gezondheid of de goede zeden of voor de bescherming van de rechten en vrijheden van anderen. Volgens vaste rechtspraak is inmenging slechts noodzakelijk als sprake is van een dringende maatschappelijke behoefte en indien de inmenging proportioneel is met het te beschermen belang (zie het arrest van het EHRM, Berrehab tegen Nederland, van 21 juni 1988, NJ 1988, 746). Bij de vaststelling of een inbreuk nodig is in een democratische samenleving heeft de overheid beoordelingsruimte ("margin of appreciation").
4.6 De rechtbank stelt vast dat met de vastlegging van de opslag en afname van vingerafdrukken in de Paspoortwet en de PUN is voldaan aan de eis dat de beperking van het recht op privéleven bij wet is voorzien, en dat deze wetgeving toegankelijk en voorzienbaar is. Met het moeten afstaan en het gebruik van vingerafdrukken, als geregeld in het hier ter toetsing voorliggende wettelijke kader, is voorts het in artikel 8 EVRM vermelde belang van bescherming van de openbare orde en veiligheid gediend.
4.7 De rechtbank is verder van oordeel dat de nationale wetgever zijn beoordelingsmarge niet heeft overschreden door uit te gaan van een dringende maatschappelijke behoefte en de inmenging proportioneel te achten met het te beschermen belang.
4.8 Getuige de wetsgeschiedenis heeft de wetgever zijn oordeel doen steunen op onderzoek door (onder meer) TNO, die een frauderisicoanalyse heeft uitgevoerd. Voorts heeft intensief beraad plaatsgevonden met betrokken deskundigen van onder meer de CRI, BVD en de Koninklijke Marechaussee. Uit de frauderisicoanalyse van TNO is onder meer naar voren gekomen dat binnen het oude uitgifteproces look-alike fraude als risicofactor moest worden beschouwd. Dit risico werd mede veroorzaakt doordat gepersonaliseerde documenten in de oude vorm slechts een beperkte bescherming boden tegen misbruik door anderen. Ten aanzien van de gepersonaliseerde documenten zijn enkele risico’s onderkend. Geconstateerd is onder meer dat de opeenstapeling van beveiligingskenmerken een belemmering kan vormen voor de effectiviteit van de controle van de documenten. Uit het beraad met CRI, BVD en de Koninklijke Marechaussee over de beveiligingseisen van de nieuwe generatie reisdocumenten is verder voortgekomen dat hoge eisen aan het aanvraag- en uitgifteproces dienen te worden gesteld, gezien het toenemend belang van de identiteitsvaststellende functie van reisdocumenten in het maatschappelijk verkeer. Het proces van identiteitsvaststelling in het kader van de afgifte, maar ook bij controle, is daarbij essentieel geacht voor het betrouwbaar houden van het Nederlandse reisdocument. In dit licht zou de introductie van biometrie een belangrijke stap vooruit kunnen betekenen (Kamerstukken II, 25 764, nr. 7, p. 2 en 3). Uit de wetsgeschiedenis blijkt voorts dat met de gewijzigde paspoortwetgeving een meer effectief en betrouwbaar aanvraag- en uitgifteproces van reisdocumenten wordt gecreëerd, met het oog op het voorkomen van identiteitsfraude, hetzij bij het aanvragen van een nieuw reisdocument, hetzij bij het gebruik van het reisdocument. Uit onderzoeken en proefprojecten kwam onder andere naar voren dat de vingerscan het meest geschikte biometrische kenmerk is voor de bestrijding van look-alike fraude. (Kamerstukken II, 31 324 (R1844), nr. 3, p. 2 en 21).
4.9 Hoewel de kamerstukken zien op het wettelijke kader zoals dat uiteindelijk in zijn totaliteit is beoogd, waarover de rechtbank thans geen oordeel velt, hebben de aangehaalde passages tevens betrekking op het in werking getreden kader. De rechtbank is van oordeel dat op grond hiervan de wetgever het bestaan van een dringende maatschappelijke behoefte heeft kunnen aannemen. De rapporten waar eiser naar verwijst doen hier niet aan af. Bovendien hebben de adviezen en meningen van de door eiser aangehaalde deskundigen veelal betrekking op de opname van vingerafdrukken in een (niet aan de orde zijnd) nationaal, centraal administratiesysteem.
4.10 Aangaande de door eiser gestelde onveiligheid en technische risico's van de afname en opslag overweegt de rechtbank als volgt. Allereerst wijst de rechtbank op de waarborgen met betrekking tot de beveiliging die zijn neergelegd in de artikelen 90 tot en met 95 van de PUN. Voorts worden de vingerafdrukken versleuteld opgeslagen in de decentrale administratie middels het Reisdocumenten Aanvraag en Archief Station (RAAS), zodat enkel een geautoriseerde gebruiker toegang krijgt tot de gegevens (Kamerstukken II, 31 324 (R1844), nr. 3. p. 18). Ten aanzien van de beveiliging van de zogenaamde RFID-chip overweegt de rechtbank dat (zowel in binnen- en buitenland) testen zijn gedaan met deze chip en dat hieruit (onder meer) blijkt dat het niet mogelijk is om gegevens in chips die gesloten zijn te veranderen (Kamerstukken II, 25 764, nr. 30, p. 3). Ook kunnen vingerafdrukken enkel uitgelezen worden door daartoe geautoriseerde apparatuur van bevoegde instanties en is de chip beveiligd tegen kopiëren en vervalsen van de inhoud van de chip (Kamerstukken II 25 764, nr. 26, p. 2-3). Van falende beveiligingsmaatregelen is de rechtbank niet gebleken, en evenmin heeft eiser dit voldoende aannemelijk gemaakt, ook niet ten aanzien van het transport van de biometrische gegevens naar de fabrikant en de aanmaak van de identiteitsbewijzen. De verwijzing van eiser naar stukken waaruit de zorg van vele deskundigen zou blijken, leidt niet tot het oordeel dat sprake is van een onverantwoorde beveiliging van het systeem. Daarbij zij wederom opgemerkt dat deze stukken veelal zien op het totale wettelijke kader zoals dat is beoogd, en niet op het kader dat hier ter toetsing voorligt.
4.11 Ten aanzien van het betoog van eiser dat het gevaar bestaat dat de huidige regelgeving mogelijk zal leiden tot gebruik van vingerafdrukken voor andere doeleinden dan met de wetgeving is beoogd (function creep) en het gevaar voor datamining is de rechtbank van oordeel dat dit in het huidige kader geen rol speelt, nu daarin het gebruik van vingerafdrukken wettelijk is beperkt tot het aanvraag- en afgifteproces van reisdocumenten en van een centrale reisdocumentenadministratie thans geen sprake is. Bovendien maakt het nog in werking te treden wettelijk kader het niet mogelijk dat (in het kader van opsporing) de officier van justitie toegang krijgt tot deze administratie, maar zal enkel sprake zijn van verstrekken van gegevens. Van datamining is geen sprake (Kamerstukken II 31 324 (R1844), nr. 5, p. 18).
4.12 Gelet op bovenstaande is de rechtbank concluderend van oordeel dat de wetgever met de beperking van het recht op privéleven door de decentrale opslag en het gebruik van vingerafdrukken van burgers zoals vastgelegd in het hier van toepassing zijnde wettelijke kader, niet buiten de grenzen van haar beoordelingsvrijheid is getreden en dat geen sprake is van strijd met artikel 8 van het EVRM. De onder 3.2 tot en met 3.5 genoemde wet- en regelgeving is gelet op bovenstaande eveneens niet in strijd met artikel 17 van het IVBPR. Ten overvloede overweegt de rechtbank dat door een wijziging van de PUN met ingang van 23 juni 2011 (Staatscourant 2011, nr. 11123) de vingerafdrukken enkel nog tijdelijk worden bewaard in de reisdocumentenadministratie tot het moment dat de uitreiking van het identiteitsdocument, dan wel de reden voor het niet uitreiken daarvan, in het reisdocumentenstation is geregistreerd. Dat deze wijziging verband houdt met het, naar de rechtbank begrijpt, tijdelijk stoppen van de opslag van vingerafdrukken, omdat het gebruik van vingerafdrukken voor doeleinden van verificatie en identiteitsvaststelling door de huidige techniek nog niet mogelijk is zonder een te hoog percentage gevallen waarin een 'misser' wordt aangegeven bij een rechtmatige houder van het reisdocument (Kamerstukken II, 25 764, nr. 48, p. 4), doet aan voorgaande niet af. Niet gezegd kan worden dat met de afname en opslag van vingerafdrukken op een chip op het identiteitsdocument niet langer grote belangen zijn gediend, waaronder het beschermen van reisdocumenten tegen toekomstig frauduleus gebruik.
4.13 Ten aanzien van de eerst ter zitting ingenomen stelling van eiser dat ook de verplichte afgifte van een gelaatscan (foto) in strijd is met voornoemde verdragsbepalingen, overweegt de rechtbank op grond van bovenstaande dat de wetgever ook in dit verband niet is getreden buiten haar beoordelingsvrijheid en dat geen sprake is van strijd met artikel 8 van het EVRM en artikel 17 van het IVBPR. Bovendien blijkt uit de stukken in het geheel niet dat eiser bij de aanvraag heeft geweigerd een gelaatscan af te geven en is dit evenmin ten grondslag gelegd aan het bestreden besluit.
4.14 Uit het voorgaande volgt dat verweerder bij de beoordeling van de aanvraag het bepaalde in de Paspoortwet en de PUN omtrent de afgifte van vingerafdrukken niet buiten toepassing diende te laten. Gelet op artikel 39, eerste lid van de PUN, was verweerder daarom gehouden de aanvraag buiten behandeling te laten, nu eiser geen vingerafdrukken wil afstaan. Het door eiser gestelde omtrent het besluiten in strijd met het zorgvuldigheids- en evenredigheidsbeginsel faalt. Gelet op het dwingendrechtelijke karakter van artikel 39, eerste lid, van de PUN, is bij de toepassing ervan geen plaats voor een belangenafweging, als bedoeld in artikel 3:4, eerste lid, van de Awb, waarin de nadelige gevolgen voor eiser worden meegenomen. Evenmin is er om die reden strijd met het evenredigheidsbeginsel, als bedoeld in artikel 3:4, tweede lid, van de Awb. Verweerder heeft terecht de voor eiser nadelige gevolgen niet meegewogen in het bestreden besluit, zodat verweerder op dit punt ook niet is tekortgeschoten in de zorgvuldige voorbereiding van het besluit, als bedoeld in artikel 3:2 Awb. Nu een schending van de algemene beginselen van behoorlijk bestuur niet aan de orde is, kan reeds daarom van de door eiser bepleite contra legem werking van deze beginselen geen sprake zijn.
4.15 Uit het voorgaande volgt dat het beroep van eiser ongegrond is. Voor een proceskostenveroordeling bestaat geen aanleiding.