Beoordeling van het geschil
3.1 Ter zitting heeft de vergunninghouder de vraag opgeworpen of [A] en [B] wel als belanghebbende bij het bestreden besluit aangemerkt kunnen worden, gelet op de afstand tussen hun woningen en de projectlocatie. Daarnaast heeft de vergunninghouder zich afgevraagd of [B] de procedure van haar overleden echtgenoot [naam overleden echtgenoot B] wel rechtsgeldig heeft overgenomen. Dienaangaande overweegt de rechtbank als volgt.
3.2 Ingevolge artikel 1:2, eerste lid, van de Awb wordt onder belanghebbende verstaan degene wiens belang rechtstreeks bij een besluit is betrokken. Om als belanghebbende in de zin van de Awb te kunnen worden aangemerkt, dient een natuurlijk persoon een voldoende objectief en actueel, eigen en persoonlijk belang te hebben dat hem in voldoende mate onderscheidt van anderen en dat rechtstreeks wordt geraakt door het bestreden besluit. Vast staat dat [A] en [B] in de directe omgeving van de projectlocatie wonen. Zelfs indien echter de vergunninghouder gevolgd zou moeten worden in haar stelling dat [A] geen zicht op de voorgenomen uitbreidingen heeft en dat [B] waarschijnlijk geen zicht op deze uitbreidingen heeft, kan niet gezegd worden dat zij geen, althans op voorhand te waarlozen, ruimtelijke gevolgen van het voorziene project zullen ondervinden (vgl. www.rechtspraak.nl, LJN: BP0510). [A] en [B] worden daarom rechtstreeks in hun belangen geraakt door het bestreden besluit, zodat zij belanghebbende bij dat besluit zijn.
3.3 Op 13 mei 2008 heeft mr. Ter Huurne namens [naam overleden echtgenoot B] zijn zienswijze gegeven op het voornemen van het college om ten behoeve van het project vrijstelling en bouwvergunning te verlenen. De rechtbank ziet geen aanleiding om aan te nemen dat deze zienswijze destijds niet mede namens [B] is ingediend. Van het overnemen van de door [naam overleden echtgenoot B] geïnitieerde procedure door [B], zoals de vergunninghouder suggereert, is naar het oordeel van de rechtbank dus geen sprake. De vraag of sprake is van een rechtsgeldige overname van de procedure kan dus onbesproken blijven.
3.4 Vast staat dat op het perceel volgens het vigerende bestemmingsplan een koekfabriek is toegestaan. Het project is alleen voor wat betreft het op het perceel toegestane bebouwingspercentage en enige bouwvoorschriften (hoogte) in strijd met het vigerende bestemmingsplan. Ook staat vast dat voor de realisatie van het project een vrijstelling op grond van artikel 19, eerste lid, van de WRO benodigd is, alvorens een bouwvergunning afgegeven kan worden.
3.5 Ingevolge artikel 19, eerste lid, van de WRO kan de gemeenteraad, behoudens het gestelde in het tweede en derde lid, ten behoeve van de verwezenlijking van een project vrijstelling verlenen van het geldende bestemmingsplan, mits dat project is voorzien van een goede ruimtelijke onderbouwing en vooraf van gedeputeerde staten de verklaring is ontvangen, dat zij tegen het verlenen van vrijstelling geen bezwaar hebben. Onder een goede ruimtelijke onderbouwing wordt bij voorkeur een gemeentelijk of intergemeentelijk structuurplan verstaan. Indien er geen structuurplan is of wordt opgesteld, wordt bij de ruimtelijke onderbouwing in elk geval ingegaan op de relatie met het geldende bestemmingsplan, dan wel wordt er gemotiveerd waarom het te realiseren project past binnen de toekomstige bestemming van het betreffende gebied. De gemeenteraad kan de in de eerste volzin bedoelde vrijstellingsbevoegdheid delegeren aan burgemeester en wethouders.
3.6 De rechtbank oordeelt dat het bouwplan door middel van het rapport van 27 juni 2008 van Oranjewoud is voorzien van een goede ruimtelijke onderbouwing als bedoeld in artikel 19, eerste lid, van de WRO. Ook overigens is voldaan aan de eisen die gesteld worden aan de toepassing van artikel 19, eerste lid, van de WRO. [A] heeft weliswaar aangevoerd dat het project zich niet verhoudt tot het Streekplan Fryslân, maar zij heeft deze stelling niet nader onderbouwd. De rechtbank ziet daarom geen aanleiding om te twijfelen aan de juistheid van de door de provincie Fryslân afgegeven verklaring van geen bezwaar.
3.7 De vrijstellingsbevoegdheid van artikel 19, eerste lid, van de WRO is discretionair van aard. Dit betekent dat de bestuursrechter de beslissing van het college om voor de realisering van het bouwplan vrijstelling te verlenen terughoudend moet toetsen. Aan de orde is of het college, na afweging van de betrokken, waaronder de woonbelangen van [A] en [B], maar ook de bedrijfseconomische belangen van de vergunninghouder bij een uitbreiding van haar bedrijf, in redelijkheid vrijstelling kon verlenen.
3.8 De gemachtigde van de vergunninghouder heeft ter zitting aangegeven dat de geluidsniveaus op de woning van [B] niet zijn bezien, omdat die niet maatgevend zijn. Wel zijn de geluidsniveaus van de woningen van haar twee buren dichterbij de koekfabriek, aan [adressen], bezien. Voor de woning aan [adres] worden al aan de gebruikelijke richtwaarden voor "rustige woonwijk, weinig verkeer" van 45, 40 en 35 dB(A) voor respectievelijk de dagperiode, de avondperiode en de nachtperiode voldaan. Dit betekent dat voor de woning van [B] een nog lager en dus acceptabel geluidsniveau aan de orde is. Dit geldt ook voor de Lmax, de zogenoemde piekniveaus, op de woning van [B]. De rechtbank is van oordeel dat met deze uiteenzetting aannemelijk is gemaakt dat de realisering van het project voor [B] niet leidt tot een onaanvaardbare aantasting van haar woon- en leefklimaat. Voor [A] ligt de situatie echter anders. De gemachtigde van de vergunninghouder heeft ter zitting aangegeven dat voor de woning van [A] op 1 dB(A) na in de dagperiode het vooromschreven gebruikelijke geluidsniveau voor "rustige woonwijk, weinig verkeer" is vergund, in het kader van de milieuvergunning, namelijk 46 dB (A), en wordt gehaald. Voor wat betreft de Lmax is voor de woning van [A] gedurende de dagperiode 73 dB(A) vergund. De gemachtigde van de vergunninghouder heeft verder desgevraagd verklaard dat vanwege de toename van het aantal verkeersbewegingen overdag sprake zal zijn van een verdubbeling van de maximale geluidspiek. De rechtbank is, gelet hierop van oordeel dat onvoldoende is komen vast te staan dat met name vanwege de toename van de geluidspieken voor [A] (nog) sprake is van een aanvaardbaar woon- en leefklimaat, ook indien in aanmerking wordt genomen dat de benodigde maatregelen, vastgelegd in een protocol ten behoeve van vrachtwagenchauffeurs, genomen zullen worden. Bovendien heeft het college de te treffen maatregelen niet als voorwaarde verbonden aan de verleende vrijstelling. De rechtbank is dan ook van oordeel dat het college bij het bestreden besluit onvoldoende zorgvuldig de woonbelangen van [A] heeft afgewogen. Het bestreden besluit kan niet in stand blijven wegens strijd met artikel 3:2 van de Awb en vertoont in zoverre gebreken.
3.9 Aangezien het naar het oordeel van de rechtbank niet onaannemelijk is dat het college de thans gebrekkige belangenafweging in zoverre kan aanvullen en dat deze (alsnog) zorgvuldig en deugdelijk tot stand komt, ziet de rechtbank aanleiding om het college met toepassing van artikel 8:51a, eerste lid, van de Awb in de gelegenheid te stellen het geconstateerde gebrek te (laten) herstellen. Het college wordt in de gelegenheid gesteld zijn belangenafweging terzake van het geluidsaspect nader en goed onderbouwd te motiveren. Daarbij zal het college de bezwaren aangaande geluidsoverlast in het kader van de belangafweging desnoods dienen te bezien in het licht van de vraag of aan de woning van [A] geluidsisolerende maatregelen dienen te worden getroffen. De rechtbank bepaalt de termijn waarbinnen de gebreken kunnen worden hersteld op twaalf weken, te rekenen vanaf de dag van verzending van deze uitspraak. De rechtbank wijst het college op de verplichtingen die voortvloeien uit artikel 8:51b, eerste en tweede lid, van de Awb. De rechtbank verzoekt het college haar binnen twee weken te laten weten of zij gebruik maakt van de mogelijkheid de gebreken te (laten) herstellen. Conform het bepaalde in artikel 8:51b, derde lid, van de Awb, staat het [A] vrij om binnen een termijn van vier weken nadat het college de gebreken heeft hersteld, schriftelijk hun zienswijze over de wijze waarop de gebreken zijn hersteld, naar voren te brengen.