Beoordeling van het geschil
3.1 Uit artikel 8.11, eerste lid, Wet inkomstenbelasting 2001 volgt dat de arbeidskorting geldt voor de belastingplichtige die met tegenwoordige arbeid winst uit onderneming, loon of resultaat uit werkzaamheid geniet.
3.2 Uit de feiten vastgesteld onder 1.4 volgt dat er in het jaar 2006 geen sprake is geweest van het verrichten van tegenwoordige arbeid. Mitsdien voldoet eiser niet aan de onder 3.1 weergegeven voorwaarden om voor toepassing van de arbeidskorting in aanmerking te kunnen komen. De stelling van eiser dat hij gedurende het jaar 2006 inzetbaar bleef voor eventuele calamiteiten kan hieraan naar het oordeel van de rechtbank niet afdoen. De rechtbank wijst in dit verband tevens op de uitspraak van het Gerechtshof te 's-Gravenhage van 17 april 2007 genoemd onder 2.3 waarin is bepaald dat voor de toepassing van de loonheffing inkomsten genoten op grond van de TOR moeten worden aangemerkt als inkomsten uit vroegere arbeid, waarop de groene tabel (waarin geen arbeidskorting is verwerkt) dient te worden toegepast. De Hoge Raad heeft dit oordeel in zijn arrest van 17 april 2009, genoemd onder 2.3, bevestigd.
3.3 Eiser stelt dat hij de inkomsten, gelet op de toelichting bij het aangifteprogramma, terecht onder de inkomsten uit tegenwoordige dienstbetrekking heeft vermeld en dat hij erop mocht vertrouwen dat hij recht had op de door het aangifteprogramma automatisch toegepaste heffingskorting. De rechtbank overweegt, onder verwijzing naar Hoge Raad 9 maart 1988, nr. 24 199, BNB 1988/148 en Hoge Raad 7 december 2001, nr. 36 517, BNB 2002/45, dat niet voor elke uitlating van de belastingadministratie, waardoor bij een belastingplichtige vertrouwen is gewekt, een juiste wetstoepassing moet wijken. Ten aanzien van de toelichting op het aangifteprogramma geldt dat dit slechts is bedoeld als algemene voorlichting ter vergemakkelijking van het invullen en dat dit niet is bedoeld als limitatieve opsomming van onder de categorie inkomsten uit vroegere dienstbetrekking vallende inkomsten. De helpfunctie van het aangifteprogramma vermeldt bovendien dat hieraan geen rechten kunnen worden ontleend. De rechtbank is daarom van oordeel dat aan het beginsel dat de wet juist moet worden toegepast, meer gewicht toekomt. Gelet op BNB 1988/148 is een afwijking van deze regel slechts mogelijk indien de belastingplichtige de onjuistheid niet had behoeven te beseffen en tevens wordt geconfronteerd met het feit dat hij niet alleen de wettelijk verschuldigde belasting heeft te betalen maar daarenboven schade lijdt doordat hij, afgaande op de onjuiste voorlichting, enige handeling heeft verricht of nagelaten. Eiser heeft niet gesteld of aannemelijk gemaakt dat hij enige handeling als bedoeld in voorgenoemd arrest, heeft verricht of nagelaten. Eisers beroep op het vertrouwensbeginsel treft derhalve geen doel. Het feit dat er bij de aankondiging van de afwijking van de aangifte niet is gesproken over de arbeidskorting kan evenmin een beroep op opgewekt vertrouwen doen slagen. Uit artikel 11 van de Algemene Wet inzake Rijksbelastingen volgt dat de inspecteur bij het vaststellen van de aanslag van de aangifte kan afwijken. Naar het oordeel van de rechtbank had eiser uit de voorlopige teruggaaf niet mogen afleiden dat verweerder met betrekking tot de aangifte IB/PVV 2006 al een definitief standpunt heeft ingenomen, waarop door verweerder in een later stadium niet meer zou mogen worden teruggekomen. Ook niet nu er een aankondiging van een afwijking van de aangifte is geweest, waarop later bij de oplegging van de aanslag een nadere afwijking van de aangifte volgt.
3.4 Ten aanzien van de in rekening gebrachte heffingsrente merkt de rechtbank op dat tussen de brief met de aankondiging van de afwijking en de opgelegde definitieve aanslag veertien maanden zijn verstreken. Verweerder heeft gewacht tot een vraagstuk betreffende de TOR was uitgekristalliseerd; het arrest van de Hoge Raad is van 17 april 2009. De dagtekening van de aanslag is 14 oktober 2009. Tussen het arrest van de Hoge Raad en het opleggen van de aanslag zijn zes maanden verstreken.
3.5 Uit Hoge Raad 25 september 2009, 07/13362, gepubliceerd in onder meer BNB 2009/295 volgt dat onder omstandigheden het zorgvuldigheidsbeginsel kan meebrengen dat geen heffingsrente in rekening mag worden gebracht, dan wel dat de berekening van deze rente moet worden beperkt. Uit de wetsgeschiedenis blijkt van een beleid van de Belastingdienst dat erop gericht is om bij belastingen die bij wege van aanslag worden geheven, binnen drie maanden na indiening van de aangifte een definitieve aanslag op te leggen. Als het niet mogelijk is binnen die drie maanden een definitieve aanslag op te leggen, houdt het beleid volgens de wetsgeschiedenis in dat in elk geval een voorlopige aanslag wordt opgelegd op basis van de aangifte. Dit beleid strekt ertoe te voorkomen dat heffingsrente wordt berekend als gevolg van de enkele omstandigheid dat de inspecteur niet binnen een redelijke termijn na de aangifte een belastingaanslag vaststelt. De weergave van dit beleid in de wetsgeschiedenis is algemeen geformuleerd, zodat het ook heeft te gelden indien de belastingplichtige niet om een voorlopige aanslag heeft verzocht. Een inspecteur dient te handelen in overeenstemming met dit beleid, tenzij sprake is van bijzondere omstandigheden die meebrengen dat de overschrijding van de termijn van drie maanden niet aan de Belastingdienst te wijten is. Indien een inspecteur niet volgens het beleid handelt, verzet het zorgvuldigheidsbeginsel zich ertegen dat hij meer heffingsrente in rekening brengt dan in een geval waarin hij die gedragslijn wel volgt.
3.6 Verweerder heeft na ontvangst van de door eiser ingediende aangifte een voorlopige aanslag opgelegd conform deze aangifte. Bij het vaststellen van de definitieve aanslag is verweerder van de ingediende aangifte afgeweken.
3.7 De rechtbank acht de termijn tussen het moment waarop alle elementen voor het opleggen van de belastingaanslag, zijnde 7 augustus 2008 (zie onder 1.7), bekend waren, en de datum van het vaststellen van de definitieve aanslag op 14 oktober 2009 (zie onder 1.9) onnodig lang. Wanneer verweerder er voor kiest om in afwachting van nadere jurisprudentie het opleggen van een definitieve aanslag vooralsnog achterwege te laten, dan brengt naar het oordeel van de rechtbank het zorgvuldigheidsbeginsel in het onderhavige geval met zich mee dat verweerder een nadere voorlopige aanslag oplegt. Ook nu eiser hier, gelet op het onder 1.8 vermelde, niet om heeft verzocht.
3.8 Gelet op het vorenoverwogene, ziet de rechtbank aanleiding het in rekening gebrachte bedrag aan heffingsrente gedeeltelijk te verminderen rekening houdend met de driemaandstermijn voor het opleggen van de aanslag, over de periode tussen 7 november 2008 (drie maanden na 7 augustus 2008) en 14 oktober 2009.
3.9 Gelet op het vorenoverwogene dient het beroep gegrond te worden verklaard.