Beoordeling van het geschil
2.1 Ten aanzien van het betoog van [de besloten vennootschap] dat eerst op 3 oktober 2008 een aanvraag voor een reguliere bouwvergunning is ingediend, zodat op de onderhavige bouwaanvraag de Wet ruimtelijke ordening (Wro) van toepassing is, overweegt de rechtbank het volgende. Blijkens de datumstempel op het aanvraagformulier is dit formulier op 29 mei 2008 door het college ontvangen. Dit wordt bevestigd door de ontvangstbevestiging van 3 juni 2008. De rechtbank acht niet aannemelijk dat in eerste instantie een bouwvergunning eerste fase is aangevraagd en dat eerst op 3 oktober 2008 een aanvraag voor een reguliere bouwvergunning is ingediend. Daartoe overweegt zij dat op het aanvraagformulier is aangekruist dat een reguliere bouwvergunning wordt aangevraagd en dat het college ter zitting heeft ontkend dat eerst een bouwvergunning eerste fase is ingediend. Gelet op het voorgaande, dient de vermelding "onderwerp: 1e fase bouwvergunning" in de ambtelijke adviezen van 5 september 2008 en 13 januari 2009 te worden aangemerkt als een verschrijving. De rechtbank is van oordeel dat het feit dat de bouwaanvraag eerst op 6 oktober 2008 namens de vergunninghouder is ondertekend, er niet aan afdoet dat deze aanvraag reeds op 29 mei 2008 en dus voor de inwerkingtreding van de Wro door het college is ontvangen. Uit de namens het college ter zitting afgelegde verklaring blijkt dat de relevante bouwtekeningen in oktober 2008 zijn gemaakt, omdat deze na de indiening van de aanvraag op 29 mei 2008 nog enigszins zijn gewijzigd. Dit brengt de rechtbank tot de conclusie dat ingevolge artikel 9.1.10 van de Invoeringswet Wro op de onderhavige vrijstellingen het recht van toepassing is zoals dat gold voor de inwerkingtreding van de Wro. Dit betekent dat de artikelen 15, eerste lid, en 19, tweede lid, van de WRO van toepassing zijn.
2.2 In artikel 44, eerste lid, van de Woningwet is - voor zover in deze zaak van belang -bepaald dat de reguliere bouwvergunning alleen mag en moet worden geweigerd wegens strijd met het bestemmingsplan. Ingevolge het ter plaatse geldende bestemmingsplan "Havenkwartier" (hierna: het bestemmingsplan) rust op het perceel de bestemming "bedrijfs-/woondoeleinden". Op de kaart is in het bouwvlak aangegeven dat het maximale bebouwingspercentage van het perceel 80% bedraagt. Op de kaart is in het bouwvlak aangegeven dat sprake is van bouwklasse B. Ingevolge het op de kaart opgenomen bouwschema geldt voor bouwklasse B een maximale bouwhoogte van 10,00 meter. Voor bouwklasse D geldt een maximale bouwhoogte van 16,00 meter.
2.3 Vaststaat dat het bouwplan in strijd is met artikel 6, lid B, onder 1, onderdelen a, b en d, van de planvoorschriften behorende bij het bestemmingsplan. Deze strijdigheid betreft het bouwen van het woongebouw buiten het bouwvlak (onderdeel a), het overschrijden van de (voor)gevelbouwgrens (onderdeel b) en het overschrijden van de voor bouwklasse B maximaal toegestane bouwhoogte (onderdeel d). Om desondanks medewerking te kunnen verlenen aan het bouwplan heeft het college krachtens artikel 15, eerste lid, aanhef en onder a, van de WRO, gelezen in samenhang met artikel 17, tweede, vierde en achtste lid, van de planvoorschriften vrijstelling verleend.
2.4 De rechtbank stelt vast dat het college in het bestreden besluit ten onrechte heeft opgemerkt dat de hoogte van het woongebouw aan de voorzijde 13,8 meter en aan de achterzijde 10,8 meter bedraagt. Hoewel in de bouwtekeningen de indruk wordt gewekt dat het peil van het bouwwerk anderhalve meter boven het straatniveau ligt, blijkt uit deze stukken duidelijk dat de hoogte van het woongebouw, inclusief schoorstenen, aan de voorzijde ongeveer 15,8 meter en aan de achterzijde ongeveer 14,2 meter bedraagt. Gelet op het feit dat de welstandscommissie Hûs & Hiem en Adema Architecten, de opstellers van de in het kader van de bouwaanvraag opgestelde zonnestudie (hierna: Adema), beschikten over deze bouwtekeningen, ziet de rechtbank geen aanleiding voor het oordeel dat deze instanties in hun advies zijn uitgegaan van een onjuiste bouwhoogte. De rechtbank ziet ook overigens geen aanleiding om te oordelen dat Adema is uitgegaan van onjuiste gegevens.
2.5 Nu de hoogte van het woongebouw, inclusief de schoorstenen, niet meer bedraagt dan de voor bouwklasse D geldende maximale bouwhoogte van 16,00 meter, is het college bevoegd krachtens artikel 17, aanhef en tweede lid, van de planvoorschriften vrijstelling te verlenen voor de overschrijding van de voor bouwklasse B geldende maximale bouwhoogte, mits het straat- en bebouwingsbeeld hierdoor niet onevenredig wordt verstoord. Ook aan de in artikel 17, aanhef en vierde lid, van de planvoorschriften neergelegde bevoegdheid vrijstelling te verlenen van de bestemmingsplanbepalingen en toe te staan dat de bouwgrenzen worden overschreden, is de voorwaarde verbonden dat het straat- en bebouwingsbeeld hierdoor niet onevenredig wordt verstoord. De rechtbank is, anders dan eisers, van oordeel dat het straat- en bebouwingsbeeld noch door de grotere bouwhoogte, noch door de overschrijding van de bouwgrenzen onevenredig wordt verstoord. De rechtbank is van oordeel dat het college zich terecht op het standpunt heeft gesteld dat het woongebouw past in de omgeving, omdat dit gebouw door de kleurverschillen in de gevels en de afwisseling van de hoogte van het dak een verticale verhouding en massa heeft, die past binnen de verhoudingen van de binnenstad van Harlingen, alsmede omdat de grootte van het woongebouw aansluit bij het naastgelegen appartementengebouw, de 20e eeuwse straatwand en de nieuwe ontwikkelingen aan de overzijde van de Havenweg. Het enkele feit dat het bouwwerk vrij massaal is, zoals eisers stellen, maakt niet dat sprake is van een onevenredige aantasting van het straat- en bebouwingsbeeld. Het college stelt terecht dat niet alleen moet worden gekeken naar de achter het woongebouw gelegen woningen, maar ook naar de rest van de omgeving. In die omgeving zijn meerdere grote gebouwen aanwezig en door de vormgeving van het woongebouw lijkt het te bestaan uit verschillende afzonderlijke gebouwen. In dit kader acht de rechtbank tevens van belang dat het woongebouw aan de achterzijde minder hoog wordt dan aan de voorzijde, waardoor het beter aansluit bij de achterliggende bebouwing.
2.6 Voorts staat vast dat het bouwplan in strijd is met artikel 6, lid B, onder 1, onderdeel c, van de planvoorschriften. Deze strijdigheid betreft het overschrijden van het bebouwingspercentage van het bouwvlak van het bouwperceel. Om desondanks medewerking te kunnen verlenen aan het bouwplan heeft het college krachtens artikel 19, tweede lid, van de WRO vrijstelling verleend. Ingevolge artikel 19, tweede lid, van de WRO kunnen burgemeester en wethouders, voor zover in deze zaak van belang, vrijstelling verlenen van het bestemmingsplan in door gedeputeerde staten, in overeenstemming met de inspecteur, aangegeven categorieën van gevallen. Het college van gedeputeerde staten van Fryslân heeft een lijst van gevallen vastgesteld, gepubliceerd in het provinciaal blad op 13 februari 2007 (hierna: de vrijstellingenlijst), op grond waarvan het college met toepassing van artikel 19, tweede lid, van de WRO vrijstelling kan verlenen voor (onder meer) het binnen de bebouwde kom bouwen van woningen ter invulling van open plekken en op andere locaties binnen de bebouwde kommen, mits dit blijkens de ruimtelijke onderbouwing milieuhygiënisch passend is en geen onevenredige afbreuk wordt gedaan aan de ruimtelijke en sociale structuur en de gebruiksmogelijkheden van aangrenzende gronden en gebouwen ter plaatse. Het aantal te bouwen woningen moet in overeenstemming zijn met een actueel gemeentelijk woonplan, dat de instemming van de provincie heeft (categorie B.2, onder d, van de vrijstellingenlijst).
2.7 De rechtbank ziet geen aanleiding om te twijfelen aan de stelling van het college dat het gemeentelijke woonplan nog ruimte biedt voor 557 niet geplande woningen. Voorts volgt de rechtbank [de besloten vennootschap] niet in haar betoog dat het bouwplan onevenredige afbreuk doet aan de ruimtelijke en sociale structuur en de gebruiksmogelijkheden van aangrenzende gronden en gebouwen ter plaatse. Gelet op het feit dat de bouwlocatie is gelegen in de binnenstad, is de rechtbank van oordeel dat de ruimte die overblijft tussen het woongebouw en de achtergelegen woningen aanvaardbaar is. Uit de zonnestudie van Adema kan worden afgeleid dat geen sprake is van een onaanvaardbare toename van de schaduwwerking ten opzichte van de maximale bebouwingsmogelijkheden van het bestemmingsplan. Voorts verwijst de rechtbank in dit kader naar hetgeen zij hiervoor onder 2.5 heeft overwogen ten aanzien van de vraag of sprake is van een onevenredige aantasting van het straat- en bebouwingsbeeld. Deze overwegingen zijn in dit kader van overeenkomstige toepassing.
2.8 Bij het verlenen van vrijstelling krachtens artikel 19, tweede lid, van de WRO is hetgeen in artikel 19, eerste lid, van de WRO is bepaald met betrekking tot een goede ruimtelijke onderbouwing van overeenkomstige toepassing. Ingevolge het eerste lid kan ten behoeve van de verwezenlijking van een project vrijstelling worden verleend van het geldende bestemmingsplan, mits dat project is voorzien van een goede ruimtelijke onderbouwing. Onder een goede ruimtelijke onderbouwing wordt bij voorkeur een gemeentelijk, intergemeentelijk of regionaal structuurplan verstaan. Indien er geen structuurplan is of wordt opgesteld, wordt bij de ruimtelijke onderbouwing in elk geval ingegaan op de relatie met het geldende bestemmingsplan, dan wel wordt er gemotiveerd waarom het te realiseren project past binnen de toekomstige bestemming van het betreffende
gebied.
2.9 De rechtbank is van oordeel dat het bouwplan is voorzien van een goede ruimtelijke onderbouwing. Daartoe overweegt zij dat volgens vaste rechtspraak van de Afdeling bestuursrechtspraak van de Raad van State (ABRvS) aan de ruimtelijke onderbouwing van een project minder zware eisen kunnen worden gesteld, naarmate de inbreuk van dat project op het bestaande planologische regime geringer is. De rechtbank verwijst in dit kader bijvoorbeeld naar een uitspraak van de ABRvS van 20 mei 2009 (gepubliceerd op rechtspraak.nl onder LJN BI4490). In dit geval is de ruimtelijke onderbouwing neergelegd in de notitie "Ruimtelijke onderbouwing ten behoeve van het realiseren van een appartementengebouw aan de Havenweg te Harlingen", waarin onder meer wordt verwezen naar de notitie "Probleemanalyse en planmotivatie". Voorts verwijst het college in dit kader naar de "Nota van uitgangspunten Harlingen-Havenkwartier". In deze stukken wordt onder meer ingegaan op de relatie van het bouwplan met het geldende bestemmingsplan. Vaststaat dat het bouwen van een woongebouw op het perceel in overeenstemming is met het bestemmingsplan. Voorts geldt, gelet op hetgeen de rechtbank hiervoor heeft overwogen, dat voor de overschrijding van de bouwhoogte, het bouwvlak en de (voor)gevelbouwgrens binnenplanse vrijstellingen kunnen worden verleend en dat enkel vrijstelling krachtens artikel 19, tweede lid, van de WRO nodig is vanwege de overschrijding van het op de plankaart aangegeven bebouwingspercentage. Gelet op de betrekkelijk geringe inbreuk op het geldende planologische regime, valt niet in te zien dat het realiseren van het bouwplan in strijd is met de uitgangspunten van het bestemmingsplan en de toekomstige ruimtelijke ontwikkeling van het gebied, zoals door het college wordt voorgestaan. Naar aanleiding van het betoog van [de besloten vennootschap] dat een bodemonderzoek en een archeologisch onderzoek ontbreken, heeft het college erop gewezen dat aan de bouwvergunning de voorschriften zijn verbonden dat voor aanvang van de werkzaamheden een onderzoeksrapport ten aanzien van de bodemgesteldheid moet worden ingediend ter goedkeuring en dat de graafwerkzaamheden dienen te worden begeleid door een deskundige op het gebied van de monumentenzorg. De rechtbank is van oordeel dat hetgeen [de besloten vennootschap] in dit kader heeft aangevoerd geen aanleiding geeft voor het oordeel dat door middel van deze voorschriften niet voldoende is voorzien in de bescherming van mogelijk aanwezige archeologische waarden en het garanderen van de kwaliteit van de bodem. De rechtbank verwijst in dit kader naar een uitspraak van de ABRvS van 29 april 2009 (gepubliceerd op rechtspraak.nl onder LJN BI2653).
2.10 Het verlenen van vrijstelling krachtens de artikelen 15 en 19, tweede lid, van de WRO betreft een discretionaire bevoegdheid. Dit betekent dat het college in dit kader een belangenafweging dient te maken. De rechtbank dient het resultaat van deze belangenafweging terughoudend te toetsen. In dat kader overweegt de rechtbank het volgende. De verleende vrijstellingen hebben geen betrekking op de breedte van het woongebouw, zodat hetgeen [eiser] heeft aangevoerd met betrekking tot de afstand tussen het woongebouw en het naastgelegen appartementengebouw, waarin hij woonachtig is, niet kan worden betrokken bij de belangenafweging in het kader van de verleende vrijstellingen en daarom ook geen aanleiding kan zijn de aangevraagde bouwvergunning te weigeren. Ten aanzien van hetgeen eisers hebben aangevoerd met betrekking tot de verkeersveiligheid, de mogelijke verkeersaantrekkende werking van het woongebouw en daaruit voortvloeiende parkeeroverlast, geldt dat voor de ontsluiting van het woongebouw via het Schapestraatje en voor het oprichten van een appartementengebouw op zich geen vrijstelling is vereist. De rechtbank acht niet aannemelijk dat het aantal verkeersbewegingen en de parkeerdruk door het verlenen van vrijstelling voor een appartementengebouw met grotere afmetingen dan ingevolge het bestemmingsplan is toegestaan, significant zal toenemen. Bovendien leiden de grotere afmetingen ertoe dat onder het woongebouw juist meer parkeerplaatsen gerealiseerd kunnen worden. Gelet op feit dat ingevolge het bestemmingsplan op het perceel een appartementengebouw is toegestaan en gelet op de afstand tussen het appartementengebouw en de achtergelegen woningen, acht de rechtbank niet aannemelijk dat de privacy van de bewoners van die woningen onevenredig zal worden aangetast ten gevolge van het bouwplan. Gelet op de in het dossier aanwezige zonnestudie, is de rechtbank van oordeel dat het bouwplan niet leidt tot een onaanvaardbare toename van schaduwhinder of vermindering van lichtinval ten opzichte van de maximale bebouwingsmogelijkheden van het bestemmingsplan. Daarbij acht de rechtbank mede van belang dat de bouwlocatie is gelegen in de binnenstad van Harlingen, waar enige beperking van de privacy en de lichtinval en enige schaduwhinder verwacht kunnen worden. Het college heeft in redelijkheid een zwaar gewicht kunnen toekennen aan de omstandigheid dat de wens om een woongebouw te bouwen dat dieper en hoger is dan ingevolge het bestemmingsplan is toegestaan, is ingegeven doordat het wenselijk is voldoende parkeerruimte onder het gebouw te creëren om daarmee extra parkeerdruk in de omgeving te voorkomen en doordat het om markttechnische redenen noodzakelijk is voldoende ruime appartementen te creëren. Gelet op het voorgaande is de rechtbank van oordeel dat het college de belangen van vergunninghouder in redelijkheid zwaarder heeft kunnen laten wegen dan de belangen van eisers.
2.11 Ten aanzien van het betoog van de belangenvereniging dat het college geen vrijstelling had mogen verlenen, omdat het project direct grenst aan een beschermd stadsgezicht, overweegt de rechtbank dat uit de gedingstukken blijkt dat het perceel geen deel uitmaakt van het gebied dat is aangewezen als beschermd stadsgezicht en dat tussen dat gebied en het perceel nog de bebouwing aan weerszijden van de Westerstraat ligt, zodat het perceel daar evenmin direct aan grenst. Hieruit volgt dat deze beroepsgrond niet kan slagen.
2.12 Ten aanzien van het betoog van de belangenvereniging dat het college niet bevoegd is voor één en hetzelfde bouwplan zowel een aantal binnenplanse vrijstellingen, als vrijstelling krachtens artikel 19, tweede lid, van de WRO te verlenen, overweegt de rechtbank dat geen rechtsregel zich verzet tegen het gebruiken van verschillende vrijstellingsbevoegdheden met betrekking tot hetzelfde bouwplan.
2.13 Ten aanzien van het betoog van [de besloten vennootschap] dat de door [de besloten vennootschap] en de gemeente op 8 oktober 2004 gesloten samenwerkingsovereenkomst in de weg staat aan het verlenen van vrijstelling, overweegt de rechtbank dat deze belemmering niet een zo evident karakter heeft dat ze aan de verlening van vrijstelling in de weg staat. Ter beantwoording van de vraag of zich in dit geval een belemmering voordoet, dient eerst uitleg te worden gegeven aan de tussen [de besloten vennootschap] en de gemeente gesloten privaatrechtelijke overeenkomst en daartoe is de burgerlijke rechter de eerst aangewezene. [de besloten vennootschap] heeft de gemeente gedagvaard voor de burgerlijke rechter, maar deze procedure loopt nog. De rechtbank verwijst in dit kader naar een uitspraak van de ABRvS van 23 september 2009 (gepubliceerd op rechtspraak.nl onder LJN BJ8290).
2.14 De rechtbank is voorts van oordeel dat [de besloten vennootschap] aan de samenwerkingsovereenkomst evenmin het gerechtvaardigd vertrouwen heeft kunnen ontlenen dat aan een bouwplan als het onderhavige geen planologische medewerking zou worden verleend. Daartoe overweegt de rechtbank dat de overeenkomst niet kan worden aangemerkt als een concrete, ondubbelzinnige toezegging dat in een geval als het onderhavige geen vrijstelling zal worden verleend.
2.15 Het beroep van [eiseres] en de belangenvereniging op het vertrouwensbeginsel slaagt evenmin. Aan de uitspraken die het college in het verleden heeft gedaan ten aanzien van de bouwhoogte en bouwdiepte op de locatie in geding, wat daar ook van zij, kon niet het vertrouwen worden ontleend dat in de toekomst op die locatie nooit hoger of dieper gebouwd zou gaan worden dan het bestemmingsplan toelaat. In dit kader acht de rechtbank van belang dat het bestemmingsplan de mogelijkheid kent binnenplanse vrijstelling te verlenen voor een grotere bouwhoogte en bouwdiepte.
2.16 Het voorgaande brengt de rechtbank tot de conclusie dat de beroepen ongegrond zijn.