Beoordeling van het geschil
3.1 Ingevolge artikel 49 van de WRO, zoals dit artikel luidde ten tijde hier van belang en voor zover hier van belang, kent burgemeester en wethouders, voor zover blijkt dat een belanghebbende ten gevolge van een besluit omtrent vrijstelling als bedoeld in artikel 19 van de WRO schade lijdt of zal lijden, welke redelijkerwijs niet of niet geheel te zijnen laste behoort te blijven en waarvan de vergoeding niet of niet voldoende door aankoop, onteigening of anderszins is verzekerd, hem op aanvraag een naar billijkheid te bepalen schadevergoeding toe.
3.2 Bij de beoordeling van een aanvraag om planschadevergoeding dient te worden bezien of sprake is van een wijziging van het planologische regime waardoor een belanghebbende in een nadeliger positie is komen te verkeren, ten gevolge waarvan hij schade lijdt of zal lijden. Hiertoe dient een vergelijking te worden gemaakt tussen de beweerdelijk schadeveroorzakende planologische maatregel en het voordien geldende planologische regime. Daarbij is niet de feitelijke situatie van belang, doch hetgeen op grond van de planologische regimes maximaal kon worden gerealiseerd, ongeacht de vraag of verwezenlijking daadwerkelijk heeft plaatsgevonden. Dit uitgangspunt geldt evenzeer voor de vaststelling van de eventuele waardevermindering. Slechts wanneer realisering van de maximale mogelijkheden van het planologische regime met een aan zekerheid grenzende waarschijnlijkheid kan worden uitgesloten, kan daarin aanleiding worden gevonden om te oordelen dat van voormeld uitgangspunt moet worden afgeweken.
3.3 Ten aanzien van het oude planologische regime overweegt de rechtbank het volgende. Ingevolge het ter plaatse geldende bestemmingsplan "[woonplaats]-Kom, correctieve en partiële herziening" (hierna: het bestemmingsplan) rust op het gedeelte van het bouwperceel waarop het appartementencomplex is geprojecteerd de bestemming "maatschappelijke doeleinden". Gebouwen mogen ingevolge de planvoorschriften, voor zover in deze zaak van belang, slechts worden gebouwd binnen het op de plankaart aangegeven bebouwingsvlak. Op dit gedeelte van het bouwperceel kon op een afstand van ongeveer vijf meter van [eiser]'s woonperceel bebouwing met een maximale oppervlakte van 800 m² worden opgericht ten behoeve van religieuze-, medische-, sociale-, culturele-, onderwijs- en overheidsinstellingen en wonen. Ingevolge het op de plankaart aangegeven bebouwingsvlak kon deze bebouwing ingevolge het bestemmingsplan zowel op een afstand van ongeveer vijf meter (aan de zuidwestelijke zijde) naast de tuin van het woonperceel als op een afstand van ongeveer vijf meter (aan de noordwestelijke zijde) achter de tuin van het woonperceel worden opgericht. Met gebruikmaking van de op artikel 15 van de WRO gebaseerde vrijstellingsmogelijkheid neergelegd in artikel 5, vierde lid, onderdeel a, onder 4, van de planvoorschriften kon ingevolge het bestemmingsplan het gedeelte van deze bebouwing dat het dichtst bij het woonperceel van [eiser] is gelegen een maximale bouwhoogte van 12,60 meter hebben en het gedeelte van de bebouwing dat het verst van het woonperceel van [eiser] is gelegen een maximale bouwhoogte van 8,40 meter. Met gebruikmaking van de op artikel 15 van de WRO gebaseerde vrijstellingsmogelijkheid neergelegd in artikel 5, vierde lid, onderdeel a, onder 3, van de planvoorschriften konden op dit gedeelte van het bouwperceel vier woningen worden gerealiseerd. Het overige gedeelte van het bouwperceel, waarop op grond van de vrijstelling bijgebouwen (garages en bergingen) en parkeerplaatsen (kunnen) worden gerealiseerd, heeft ingevolge het bestemmingsplan de bestemmingen "wonen" en "water". Zoals de rechtbank hiervoor heeft geconstateerd heeft het geschil geen betrekking op dit gedeelte van het bouwperceel.
3.4 Ten aanzien van het nieuwe planologische regime overweegt de rechtbank het volgende. De vrijstelling maakt op het bouwperceel een appartementengebouw, bestaande uit negen appartementen in twee woonlagen, met een oppervlakte van ongeveer 580 m² planologisch mogelijk. De vrijstelling maakt mogelijk dat het gedeelte van het gebouw dat het dichtst bij het woonperceel van [eiser] is gelegen een bouwhoogte heeft van ongeveer 10,50 meter en dat het gedeelte van het gebouw dat het verst van het woonperceel van [eiser] is gelegen een bouwhoogte heeft van ongeveer 11,50 meter. Voorts maakt de vrijstelling mogelijk dat het appartementengebouw over een strook van ongeveer zeven meter ongeveer 1,80 meter buiten het bebouwingsvlak wordt gebouwd, waardoor de afstand tussen het appartementencomplex en het woonperceel ongeveer drie meter wordt.
3.5 De rechtbank is van oordeel dat de verhoging van het aantal toegestane wooneenheden onder het nieuwe planologische regime niet lijdt tot een toename van de overlast ten opzichte van het oude planologische regime. Daartoe overweegt de rechtbank dat het bouwperceel ingevolge het bestemmingsplan de bestemming "maatschappelijke doeleinden" heeft op grond waarvan (een groot deel van) het bouwperceel gebruikt kan worden voor (onder meer) culturele- en onderwijsinstellingen. Van een dergelijk gebruik kan naar het oordeel van de rechtbank een hogere gebruiksintensiteit en daardoor meer overlast worden verwacht dan van vijf extra wooneenheden.
3.6 De rechtbank is voorts van oordeel dat het feit dat onder het nieuwe regime het gedeelte van het appartementencomplex dat het verst van het woonperceel is gelegen een grotere bouwhoogte mag hebben dan onder het oude regime maximaal was toegestaan, niet leidt tot planologisch nadeel. Daartoe overweegt de rechtbank dat dit gedeelte van het appartementencomplex, ondanks de grotere bouwhoogte, bij volledige realisering van de bebouwingsmogelijkheden van het oude planologische regime vanaf het woonperceel niet zichtbaar zou zijn geweest.
3.7 Ten aanzien van de door [eiser] geclaimde aantasting van zijn privacy overweegt de rechtbank het volgende. De rechtbank is van oordeel dat onder het oude planologische regime niets eraan in de weg stond dat de eerste verdieping van de vier toegestane woningen zou worden gebruikt voor hoofdbewoning. In de in artikel 1, aanhef en onder m, van de planvoorschriften gegeven definitie van woning, noch elders in het bestemmingsplan zijn in dat kader beperkingen gesteld. Hieruit volgt dat de door de vrijstelling geboden mogelijkheid tot het realiseren van een wooneenheid op de eerste verdieping van het appartementencomplex direct ten westen van het woonperceel ten opzichte van het oude planologische regime op zich geen aantasting van de privacy met zich meebrengt.
3.8 De rechtbank is echter van oordeel dat de privacy van [eiser] onder het nieuwe planologische regime wel meer wordt aangetast dan onder het oude regime mogelijk was, doordat de vrijstelling mogelijk maakt dat het appartementencomplex ter hoogte van de achtertuin over een strook van ongeveer 7 meter ongeveer 1,80 meter buiten de grenzen van het bebouwingsvlak en dat daardoor een wooneenheid ongeveer 1,80 meter dichter bij die achtertuin kan worden gerealiseerd dan onder het oude regime mogelijk was.
3.9 Anders dan het college in navolging van Maandag Planschadeadvies meent, wordt deze planologische verslechtering naar het oordeel van de rechtbank niet gecompenseerd doordat op grond van het bouwplan (waarvoor de vrijstelling is verleend) het gedeelte van het bebouwingsvlak dat is gelegen achter het woonperceel niet wordt bebouwd. Daartoe overweegt de rechtbank dat ook ten aanzien van het nieuwe planologische regime bepalend is wat onder dat regime maximaal kan worden gerealiseerd, ongeacht de vraag of verwezenlijking daadwerkelijk heeft plaatsgevonden. Dit is slechts anders wanneer realisering van de maximale mogelijkheden van het nieuwe planologische regime met een aan zekerheid grenzende waarschijnlijkheid kan worden uitgesloten. De rechtbank is van oordeel dat in dit geval niet met aan zekerheid grenzende waarschijnlijkheid kan worden uitgesloten dat het gedeelte van het bebouwingsvlak dat is gelegen achter het woonperceel in de toekomst niet alsnog zal worden bebouwd. Het enkele feit dat het bouwplan voor het appartementencomplex (waarvoor de vrijstelling is verleend) voorziet in een ingetekende terreininrichting (terreinschets) acht de rechtbank daarvoor onvoldoende, te meer omdat deze terreinschets ten aanzien van de gronden die direct achter het perceel van [eiser] zijn gelegen niet meer inhoudt dan de aanduiding "privé tuin" en in de vrijstelling niet expliciet naar deze terreinschets wordt verwezen. De door het college aangehaalde uitspraak van de rechtbank Assen, wat daar ook van zij, maakt het oordeel van de rechtbank niet anders, aangezien deze uitspraak betrekking heeft op een andere situatie. In het desbetreffende geval betrof het de vraag of het, mede gelet op de inrichtingsschets behorend bij de verleende vrijstelling, waarschijnlijk was dat de ingevolge het bestemmingsplan maximaal toegestane bouwhoogte, welke groter was dan de bouwhoogte op grond van het bouwplan en de inrichtingsschets, later alsnog gerealiseerd zou worden. Dit betreft naar het oordeel van de rechtbank een wezenlijk andere situatie dan de onderhavige, aangezien het in dit geval niet gaat om het bouwplan zelf, maar enkel om de daarbij behorende terreinschets. De kans dat in de toekomst zal worden afgeweken van een dergelijke terreinschets acht de rechtbank aanzienlijk groter dan de kans dat de bouwhoogte van een reeds (gedeeltelijk) gerealiseerd bouwwerk later (in afwijking van het oorspronkelijke bouwplan) wordt verhoogd. Ook overigens heeft de rechtbank in de jurisprudentie geen steun kunnen vinden voor het standpunt van het college dat een terreinschets voldoende basis biedt voor het oordeel dat het later alsnog realiseren van de maximale mogelijkheden van het nieuwe planologische regime met een aan zekerheid grenzende waarschijnlijkheid kan worden uitgesloten. Ook het feit dat de intentie is uitgesproken om de huidige situatie in het bestemmingsplan vast te leggen, zoals ter zitting namens het college is verklaard, brengt de rechtbank niet tot een ander oordeel, omdat dit (op dit moment) de realisatie van de maximale mogelijkheden van het nieuwe planologische regime evenmin met een aan zekerheid grenzende waarschijnlijkheid uitsluit.
3.10 Op grond van het voorgaande is de rechtbank van oordeel dat het college onvoldoende heeft gemotiveerd waarom [eiser] ten gevolge van de vrijstelling geen schade lijdt of zal lijden. De namens het college ter zitting gemaakte opmerking dat het de vraag is of het voor een redelijk denkend koper uitmaakt dat een klein stukje buiten het bebouwingsvlak wordt gebouwd acht de rechtbank evenmin een voldoende motivering, omdat deze vraag door het college niet (gemotiveerd) is beantwoord. Dit betekent dat het beroep gegrond is en het bestreden besluit dient te worden vernietigd wegens strijd met artikel 3:46 van de Awb. Het college dient met inachtneming van deze uitspraak een nieuw besluit te nemen op de aanvraag van [eiser] van 28 juni 2007.