Beoordeling van het geschil
3.1 Artikel 31, eerste lid, van de Wet op de loonbelasting 1964 (tekst 2005; hierna; de Wet) luidt: "In afwijking in zoverre van het overigens bij of krachtens deze wet bepaalde, wordt de belasting over de in het tweede lid genoemde en bedoelde bestanddelen van het loon (eindheffingsbestanddelen) geheven van de inhoudingsplichtige naar het in het derde lid aangegeven tarief." Het tweede lid van dat artikel luidt (voor zover hier van belang): "Eindheffingsbestanddelen zijn: bestanddelen van het loon waarover de verschuldigde belasting niet is betaald, in verband waarmee aan de inhoudingsplichtige een naheffingsaanslag wordt opgelegd, behoudens: (..) voor zover de inhoudingsplichtige verzoekt, onder verstrekking van de daartoe noodzakelijke gegevens, met betrekking tot dat loon het eerste lid niet toe te passen".
3.2 De rechtbank constateert dat de gemachtigde van eiseressen ter zitting desgevraagd heeft verklaard dat een verzoek als hiervoor - onder 3.1 - namens eiseressen niet is gedaan.
3.3 Daarmee ligt in het onderhavige geval de vraag voor of de bestreden correcties, zoals hiervoor - onder 2.4 - genoemd, bestanddelen van het loon vormen waarover de verschuldigde belasting niet is betaald, in verband waarmee aan de inhoudingsplichtige een naheffingsaanslag is opgelegd.
3.4 Ter zake van de hiervoor - onder 3.3 - opgeworpen vraag rust de bewijslast, naar het oordeel van de rechtbank, op verweerder, die immers stelt dat sprake is van meer belaste loonbestanddelen dan door eiseressen in de desbetreffende aangiften is aangegeven.
3.5 Naar het oordeel van de rechtbank is verweerder met hetgeen hij in de gedingstukken en ter zitting naar voren heeft gebracht in deze bewijslast niet geslaagd.
3.6 In zijn arrest van 14 maart 2008, nr. 39 866, onder meer gepubliceerd in V-N 2008/14.5, heeft de Hoge Raad onder meer overwogen: "Voor zover middel 2, dat opkomt tegen het onder b vermelde oordeel, ervan uitgaat dat de Inspecteur de naheffingsaanslagen heeft gebaseerd op de resultaten van de steekproef, miskent het dat de Inspecteur aan de naheffingsaanslagen ten grondslag heeft gelegd dat belanghebbende geen of althans onvoldoende gegevens heeft verstrekt omtrent de woonplaats van haar Britse werknemers zodat de kostenvergoedingen in beginsel moesten worden geacht tot het loon te behoren. Het Hof heeft de Inspecteur hierin gevolgd. Dat de Inspecteur de naheffingsaanslagen heeft vastgesteld naar bedragen lager dan die van de kostenvergoedingen, berust op een zijnerzijds gemaakte schatting van de vermoedelijke omvang van het deel van de kostenvergoedingen waarvoor kan worden aangenomen dat daarover geen loonbelasting behoefde te worden ingehouden, welke schatting de Inspecteur heeft gebaseerd op de uitkomst van de steekproef en de extrapolatie daarvan. Het in dat kader en op die wijze nader bepalen door de inspecteur van een van de werkgever na te heffen bedrag brengt voor hem niet de verplichting mee het nageheven bedrag onder te verdelen in bedragen per werknemer aan wie een kostenvergoeding is verstrekt. Zulk een onderverdeling zou een onderzoek vergen dat van de inspecteur, gegeven het feit dat hij in een geval als het onderhavige niet de bewijslast heeft met betrekking tot de gegevens waarop het onderzoek zich zou moeten richten, niet kan worden gevergd. Het middel, dat van een andere opvatting uitgaat, faalt derhalve. (..) Middel 3 komt op tegen het hiervoor onder c vermelde oordeel. Het middel strekt er kennelijk toe te betogen dat de resultaten van de over 1996 uitgevoerde steekproef niet zonder meer geëxtrapoleerd kunnen worden naar de jaren 1993 tot en met 1995. Dat betoog is op zichzelf genomen niet onjuist. Een dergelijke extrapolatie van het resultaat van een steekproef naar andere tijdvakken is in beginsel slechts verantwoord indien er voldoende grond is om aan te nemen dat de desbetreffende tijdvakken een constant beeld vertonen wat betreft de van belang zijnde feitelijke situatie. Het middel miskent evenwel dat, zoals hiervoor in 3.3.2 is overwogen, de Inspecteur de belastbaarheid van de kostenvergoedingen niet heeft gebaseerd op (extrapolatie van) de resultaten van de steekproef over 1996, maar daaraan ten grondslag heeft gelegd dat belanghebbende geen of althans onvoldoende gegevens heeft verstrekt omtrent de woonplaats van haar Britse werknemers. De Inspecteur heeft niettemin, zoals ook hiervoor in 3.2.2 is overwogen, een deel van de kostenvergoedingen onbelast gelaten op grond van een zijnerzijds gemaakte schatting van de vermoedelijke omvang van het deel van de kostenvergoedingen waarvoor kan worden aangenomen dat daarover geen loonbelasting verschuldigd is, welke schatting de Inspecteur heeft gebaseerd op de uitkomst van de steekproef en de extrapolatie daarvan. Ook al zouden de resultaten van de steekproef niet kunnen bijdragen aan het bewijs van de omvang van de kostenvergoedingen waarover in de jaren 1993 tot en met 1995 ten onrechte geen loonbelasting is ingehouden, dat betekent niet dat de Inspecteur die resultaten niet kon bezigen ter motivering van zijn betwisting van de stellingen van belanghebbende noch dat hij die resultaten buiten beschouwing diende te laten bij zijn schatting van die omvang. Op belanghebbende bleef immers de last rusten te bewijzen dat de over die jaren verstrekte kostenvergoedingen ten onrechte in de belastingheffing zijn betrokken. Het middel faalt derhalve.".
3.7 De rechtbank oordeelt dat in het onderhavige geval, waarin de bewijslast ten aanzien van de in de bestreden naheffingsaanslagen begrepen overige correcties rust op verweerder, verweerder daarin niet kan slagen met enkel (de extrapolatie van) het resultaat van een steekproef naar andere jaren, en naar andere inhoudingsplichtigen. Zoals de Hoge Raad - in het kader van een steekproef bij slechts één inhoudingsplichtige - heeft overwogen in het hiervoor - onder 3.7 - aangehaalde arrest, is een extrapolatie naar andere jaren in beginsel slechts verantwoord indien er voldoende grond is om aan te nemen dat de desbetreffende tijdvakken een constant beeld vertonen voor wat betreft de van belang zijnde feitelijke situatie. Naar het oordeel van de rechtbank, doet zich in dat opzicht ten deze geen uitzonderingssituatie voor. Ten aanzien van de aanwezigheid van een constant beeld in vorenbedoelde zin heeft verweerder, tegenover de gemotiveerde betwisting daarvan, onvoldoende gesteld, laat staan aannemelijk gemaakt. Sterker nog: de gemachtigde van verweerder heeft desgevraagd ter zitting verklaard dat het er naar zijn mening niet toe doet of in de andere jaren een met de hiervoor - onder 2.4 - bedoelde geconstateerde fouten vergelijkbare problematiek speelt. Het vorenoverwogene klemt temeer daar extrapolatie van de resultaten van de steekproef in casu meerdere - voor de loonbelasting zelfstandig aangifteplichtige - inhoudingsplichtigen betreft, terwijl uit de gedingstukken en het verhandelde ter zitting bovendien niet is gebleken op welke van de vijf gecontroleerde inhoudingsplichtigen de in de steekproef gesignaleerde fouten betrekking hebben. Voor zover verweerder met de steekproeven, waarvan de rechtbank, gelet op het vorenoverwogene, de beoordeling van de juiste uitvoering daarvan in het midden kan laten, op dit punt met een (begin van een) bewijsvermoeden heeft willen komen, is dat vermoeden, naar het oordeel van de rechtbank, door eiseressen met hetgeen zij naar voren hebben gebracht voldoende ontzenuwd. De rechtbank overweegt voorts nog dat verweerders betoog dat in een geval als het onderhavige van een inhoudingsplichtige op dit punt een actieve(re) houding mag worden verwacht, in die zin dat het na de gehouden steekproef in het geval van extrapolatie van de resultaten daarvan op de weg van de inhoudingsplichtige zou liggen de juistheid van de daarop gebaseerde correcties door middel van een integrale controle te weerleggen, miskent dat dit in feite ertoe zou leiden dat de op verweerder rustende bewijslast zou omkeren, zonder dat sprake is van dermate aanzienlijke gebreken dat niet van een vereiste aangifte, dan wel niet van een betrouwbare boekhouding, gesproken zou kunnen worden. Dat is, naar de rechtbank oordeelt, in strijd met het bepaalde in artikel 27e AWR, waarin omkering (en verzwaring) van de bewijslast nu juist wel aan dermate ernstige gebreken in aangifte of boekhouding wordt voorbehouden.
3.8 De op de bovenbedoelde correcties kunnen, gelet op het vorenoverwogene niet in stand blijven.
3.9 Ten aanzien van de afdrachtvermindering lage lonen, rust de bewijslast dat de afdrachtvermindering terecht en tot het juiste bedrag is gevraagd op eiseressen. Eiseressen hebben, naar het oordeel van de rechtbank, met hetgeen zij in de gedingstukken te dien aanzien naar voren hebben gebracht het bewijsvermoeden in het leven geroepen dat - in verband met de vanaf 2003 bij eiseressen nieuw in gebruik genomen software - 20% teveel afdrachtvermindering lage lonen is gevraagd. Dit vermoeden is door verweerder niet ontzenuwd met zijn enkele stelling dat de bedoelde afdrachtvermindering voor - in plaats van de niet in geschil zijnde 20% - 30% ten onrechte zou zijn geclaimd, laat staan dat hij zulks aannemelijk maakt, nu hij ter zitting heeft verklaard dat het bedoelde percentage van 30 op een schatting berust. Het gelijk is ook in zoverre aan de zijde van eiseressen.
3.10 Voor deze situatie verschillen partijen, naar zij eenparig ter zitting hebben verklaard, niet van mening over de cijfermatige gevolgen voor de opgelegde naheffingsaanslagen en boetebeschikkingen. De naheffingsaanslagen opgelegd over het onderhavige tijdvak dienen dan ook te worden verminderd tot op de volgende bedragen aan enkelvoudige belasting:
[C] BV: € 400;
[B] BV: € 34.224;
[A] BV: € 82.198;
[E] BV: € 9.784 en
[D] BV: € 6.558.
Met betrekking tot de opgelegde boetes kwamen partijen ter zitting - voor het geval het gelijk aan de zijde van eiseressen is - overeen dat de opgelegde vergrijpboetes moeten worden verminderd tot nihil, terwijl ter zake van de in stand gelaten correcties een verzuimboete van 10% moet worden opgelegd. Naar de rechtbank begrijpt, hebben partijen in deze afspraak de omstandigheid verdisconteerd dat de redelijke termijn van artikel 6, tweede lid, van het Europese Verdrag voor de Rechten van de Mens is overschreden. De rechtbank heeft geen redenen partijen niet in hun standpunten te volgen.
3.11 Ter zake van de mede in geschil zijnde beschikkingen heffingsrente overweegt de rechtbank dat dienaangaande geen afzonderlijke grieven zijn aangevoerd, zodat de bedoelde beschikkingen overeenkomstig de verminderde naheffingsaanslagen dienen te worden verminderd.
3.12 Gelet op het vorenoverwogene dient het beroep gegrond te worden verklaard.