Beoordeling van het geschil
3.1 Ingevolge artikel 25, eerste lid, van de Algemene wet inzake rijksbelastingen (hierna: de wet) (tekst 2003) dient de inspecteur binnen een jaar na ontvangst van het bezwaarschrift uitspraak op bezwaar te doen. In het onderhavige geval heeft gemachtigde van eiseres op 1 december 2003 bezwaar gemaakt tegen de naheffingsaanslag omzetbelasting 2000. In zijn brief van 4 januari 2008 heeft de gemachtigde vervolgens beroep ingesteld tegen het niet tijdig doen van uitspraak op bezwaar. Op grond van artikel 6:2 jo art 6:12 van de Algemene wet bestuursrecht (hierna: Awb) acht de rechtbank eiseres ontvankelijk in haar beroep en verklaart zij het beroep gericht tegen het uitblijven van de uitspraak op bezwaar gegrond. Artikel 6:20 lid 4 van de Awb brengt met zich mee dat het beroep wordt geacht mede te zijn gericht tegen de uitspraak van 9 april 2008, die door verweerder pas is gedaan nadat door eiseres reeds beroep was ingediend.
3.2 Ten aanzien van de na te heffen omzetbelasting overweegt de rechtbank als volgt. Op grond van artikel 52 van de wet zijn ondernemers gehouden van hun vermogenstoestand en van alles betreffende hun bedrijf naar de eisen van dat bedrijf op zodanige wijze een administratie te voeren en de daartoe behorende boeken, bescheiden en andere gegevensdragers op zodanige wijze te bewaren, dat te allen tijde hun rechten en verplichtingen, alsmede de voor de heffing van belasting overigens van belang zijnde gegevens, hieruit duidelijk blijken. Als niet volledig is voldaan aan de verplichtingen van artikel 52 van de wet, vindt volgens artikel 27 e van de wet in de beroepsfase omkering en verzwaring van de bewijslast plaats, hetgeen inhoudt dat de rechtbank het beroep ongegrond verklaart, tenzij gebleken is dat en in hoeverre de uitspraak op bezwaar onjuist is.
3.3 Uit artikel 52 van de wet volgt onder andere dat ondernemers die hun omzet grotendeels in contanten realiseren zijn gehouden een kasadministratie bij te houden.
Naar het oordeel van de rechtbank was de verplichting tot het voeren van een kasadministratie in het onderhavige geval zeker van toepassing, nu onweersproken is komen vast te staan dat eiseres haar gehele omzet in contanten ontving, aangezien binnen haar onderneming andere vormen van betaling niet tot de mogelijkheden behoorden. Met het oog op deze omstandigheid sluit de rechtbank zich tevens aan bij de stelling van verweerder dat in casu hoge kwaliteitseisen aan de kasadministratie dienden te worden gesteld.
3.4 Eiseres hield haar kasadministratie bij op de wijze zoals hiervoor omschreven bij punt 1.11. Zij voerde aan de hand van de Z-aanslagen op de kassa de ontvangsten in de computer in en deze werden per week in het grootboek verwerkt. Bij controle door verweerder bleek dat de kassarollen, met daarop de gegevens van de individuele transacties en eventuele correcties daarop, door eiseres niet zijn bewaard. Tevens zijn bij de controle geen vastleggingen aangetroffen van het feitelijk aanwezige kassaldo. Namens eiseres is niet aangevoerd dat dergelijke tellingen van de kas werden gedaan, zodat het ervoor moet worden gehouden dat niet met enige regelmaat werd nagegaan of er aansluiting bestond tussen het boekhoudkundig kassaldo en het feitelijk aanwezige kassaldo. Naar het oordeel van de rechtbank is enerzijds door het ontbreken van de kassarollen en anderzijds door het ontbreken van vastleggingen inzake het feitelijke kassaldo controle achteraf op de volledigheid van de omzet niet mogelijk.
3.5 Daar komt bij dat uit bijlage 2 bij het controlerapport, zoals vermeld bij punt 1.12, volgt dat er verschillende momenten zijn geweest dat eiseres meer contant geld heeft uitgegeven dan waarover zij volgens haar administratie feitelijk kon beschikken. Tevens heeft eiseres in de maand februari voor huishoudelijke uitgaven slechts over een, in verhouding tot de bedragen die haar de rest van het jaar ter beschikking stonden, laag bedrag kunnen beschikken. Omdat door of namens eiseres geen argumenten zijn aangevoerd of bewijsstukken zijn ingebracht om deze ongerijmdheden te verklaren, komt de rechtbank tot de conclusie dat eiseres over meer ontvangsten heeft kunnen beschikken dan die welke in de kasadministratie zijn opgenomen. Daarmee staat vast dat de administratie materiële gebreken vertoont.
3.6 Op grond van het hiervoor bij punt 3.4 en 3.5 overwogene luidt het oordeel van de rechtbank dat in dit geval sprake is van een zodanige wijze van administreren, gepaard gaand met het niet voldoen aan de bewaarverplichting, dat niet gezegd kan worden dat een administratie is gevoerd waaruit de rechten en verplichtingen duidelijk blijken in de zin van artikel 52 van de wet.
3.7 Door gemachtigde van eiseres wordt bestreden dat de kasadministratie onbetrouwbaar zou zijn, omdat alle inkomsten en uitgaven in zijn visie goed en volledig zijn geadministreerd. Uit de overwegingen hiervoor bij punt 3.4 en 3.5 volgt reeds dat de rechtbank dit standpunt van gemachtigde niet deelt.
3.8 Gelet op de hierboven weergegeven feiten en omstandigheden, volgt de rechtbank verweerder in zijn stelling dat sprake is van zodanige gebreken in de kasadministratie dat deze rechtvaardigen dat op grond van artikel 27 e van de wet op eiseres de bewijslast komt te rusten om overtuigend aan te tonen dat de naheffingsaanslag tot een te hoog bedrag is vastgesteld.
3.9 De rechtbank heeft in haar oordeel zoals weergegeven bij punt 3.6 niet betrokken verweerders stelling dat, gelet op beschikbare branche-gegevens van cafetaria's, het brutowinstpercentage van eiseres over het jaar 2000 te laag zou zijn geweest. Door gemachtigde van eiseres is namelijk aangevoerd dat verweerder van onjuiste gegevens is uitgegaan door cijfers voor cafetaria's te hanteren, terwijl de onderneming van eiseres, hoewel genaamd [cafetaria], een snackbar betrof. Daarbij is door de gemachtigde tevens aangevoerd dat de samenstelling van de omzet van eiseres aanzienlijk afweek van de samenstelling van de omzet van de referentiebedrijven. Verweerder heeft daarmee, tegenover de aldus gemotiveerde betwisting door eiseres, naar het oordeel van de rechtbank niet aannemelijk gemaakt dat het brutowinstpercentage van eiseres over het jaar 2000 betekenend afweek van hetgeen landelijk in de desbetreffende branche gebruikelijk was.
3.10 Omdat de kasadministratie geen deugdelijke grondslag kon vormen om het bedrag van de verschuldigde omzetbelasting te bepalen, heeft verweerder een theoretische omzetberekening opgesteld. De rechtbank acht de wijze waarop verweerder de in aanmerking te nemen omzet over het jaar 2000 heeft herrekend een reële benadering van de werkelijk genoten omzet. Deze herrekening heeft namelijk plaatsgevonden op basis van de binnen de onderneming aanwezige gegevens, te weten de aanwezige inkoopfacturen en de door eiseres verstrekte verkoopprijzen, daarbij rekening houdend met weggooi- en weggeefpercentages en een zekere foutmarge.
Namens eiseres is aangevoerd dat de door verweerder gehanteerde winstmarges te hoog zijn, gezien de aard van de onderneming en de landelijke cijfers. Naar het oordeel van de rechtbank kunnen deze argumenten eiseres niet baten, nu de gehanteerde winstmarges zijn ontleend aan gegevens binnen de onderneming zelf.
3.11 De rechtbank acht eiseres met hetgeen zij heeft aangevoerd, zoals hiervoor omschreven bij punt 3.5, niet geslaagd in de op haar rustende (verzwaarde) bewijslast als bedoeld bij punt 3.6.
3.12 Ook indien eiseres in haar stelling zou worden gevolgd dat geen verzwaring en omkering van de bewijslast dient plaats te vinden, acht de rechtbank de correcties zoals deze uit de theoretische omzetberekening voortvloeien, door verweerder voldoende aannemelijk gemaakt. De rechtbank baseert dit op de omstandigheid dat de correcties zijn berekend aan de hand van de door eiseres gehanteerde verkoopprijzen en de aangetroffen inkoopfacturen en tevens op de omstandigheid dat het bedrag van die inkopen tussen partijen niet in geschil is.
3.13 Uit het voorgaande volgt dat de naheffingsaanslag naar het oordeel van de rechtbank niet te hoog is vastgesteld. Het beroep is in zoverre ongegrond.
3.14 Ten aanzien van de boete overweegt de rechtbank als volgt. Gelet op alle feiten en omstandigheden is naar het oordeel van de rechtbank in het onderhavige geval sprake van een zodanige wijze van administreren, in combinatie met het niet voldoen aan de bewaarverplichting , dat in verband daarmee sprake is van het willens en wetens niet doen van een juiste aangifte. De rechtbank acht een boete van 50% daarom in beginsel passend en geboden.
3.15 Ingevolge het arrest van de Hoge Raad van 18 januari 2008, nummer 41.832, BNB 2008/165, dient bij de beoordeling van een vergrijpboete ervan te worden uitgegaan dat de feitelijk geheven belasting de verschuldigde belasting is, ook als de hoogte daarvan is komen vast te staan met toepassing van de zogenoemde omkering van de bewijslast. Bij de vraag of een opgelegde vergrijpboete, gelet op de omstandigheden van het geval, een passende en geboden sanctie is, zal de rechter volgens de Hoge Raad in zijn overwegingen moeten betrekken dat de hoogte van de belasting is komen vast te staan met toepassing van de zogenoemde omkering van de bewijslast.
3.16 Naar het oordeel van de rechtbank leidt in de onderhavige situatie de omstandigheid dat de grondslag van de vergrijpboete is vastgesteld op basis van artikel 27e van de AWR niet tot de gevolgtrekking dat de boete moet worden verminderd. De rechtbank komt tot dit oordeel omdat de inspecteur zich bij het vaststellen van de omzetcorrecties heeft gebaseerd op gegevens van eiseres zelf.
3.17 De boete dient echter wel te worden verminderd vanwege het feit dat deze door verweerder onjuist is berekend (zie punt 2.3), en tevens wegens schending van de redelijke termijn als bedoeld in artikel 6, eerste lid, van het Europees Verdrag voor de rechten van de mens (hierna: EVRM). Zoals vermeld bij punt 1.9 heeft verweerder bij uitspraak op bezwaar de boete reeds met 10% verminderd wegens schending van de redelijke termijn. Verweerder heeft daarbij echter de oorspronkelijk opgelegde boete ad € 1.733 met 10% verlaagd, zonder rekening te houden met verlaging van de boetegrondslag ad € 654 door verlaging van de omzetcorrectie die uit de uitspraak voortvloeit. De boete is in ieder geval daardoor te hoog vastgesteld.
3.18 Daarnaast ziet de rechtbank in de gegeven omstandigheden aanleiding om de boete wegens schending van de redelijke termijn verder te verminderen dan verweerder reeds bij uitspraak op bezwaar heeft gedaan. De Hoge Raad heeft in zijn arrest van 22 april 2005, nummer 37.984, BNB 2005/337, geoordeeld dat berechting van een boetezaak door de rechtbank niet binnen redelijke termijn geschiedt als de rechtbank niet binnen twee jaar nadat die termijn is aangevangen, uitspraak doet en dat in voorkomend geval overschrijding van de redelijke termijn behoort te leiden tot vermindering van de boete, afhankelijk van de mate waarin de redelijke termijn is overschreden. In het arrest van 19 december 2008, nummer 42763, V-N 2008/62.7 geeft de Hoge Raad vervolgens voor belastingzaken nadere invulling aan de uitgangspunten inzake de redelijke termijn.
3.19 De rechtbank betrekt de bij punt 3.18 opgenomen arresten in haar overwegingen en constateert dan eerst dat in het onderhavige geval het tijdsverloop tussen aankondiging van de boete in september 2003 en deze uitspraak meer dan vijf en een half jaar bedraagt. De rechtbank stelt vervolgens vast dat van de totale behandeltermijn een periode van tweeëneenhalf jaar aan verweerder is toe te rekenen doordat hij, naar ter zitting is komen vast te staan, gedurende deze periode niets aan de behandeling van het bezwaarschrift heeft gedaan. Onder deze omstandigheden is naar het oordeel van de rechtbank op grond van artikel 6, eerste lid, EVRM een verdergaande vermindering geboden dan de 10% waarmee verweerder bij uitspraak op bezwaar reeds rekening heeft gehouden.
3.20 Op grond van het hiervoor bij punt 3.14 tot en met 3.19 overwogene acht de rechtbank in het onderhavige geval vermindering van de boete, daarbij uitgaand van de grondslag zoals vastgesteld bij uitspraak op bezwaar, met 50% passend en geboden. De rechtbank verklaart het beroep in zoverre gegrond en stelt de boete vast op 50% x 50% x € 2.813 = € 703.