Beoordeling van het geschil
3.1 Ingevolge artikel 10 van de Ffw is het verboden dieren, behorende tot een beschermde inheemse diersoort, opzettelijk te verontrusten.
Ingevolge artikel 11 van de Ffw is het verboden nesten, holen, of andere voortplantings- of vaste rust- of verblijfplaatsen van dieren, behorende tot een beschermde inheemse diersoort, te beschadigen, te vernielen, uit te halen, weg te nemen of te verstoren.
Ingevolge artikel 112, eerste lid, van de Ffw is de minister bevoegd tot toepassing van bestuursdwang ter handhaving van het bij of krachtens deze wet bepaalde.
3.2 De rechtbank overweegt dat verweerder het verzoek om handhavend op te treden terecht heeft opgevat als zijnde gericht op vleermuizen. In de e-mail van Van der Werf is een duidelijk verband gelegd tussen het verzoek en het door Van Oosten uitgebrachte vleermuizenrapport. Hoewel in de e-mail van 20 december 2007 ook melding gemaakt wordt van watervogels die voorkomen in het gebied, is ten aanzien van die vogels geen expliciet verzoek tot handhaving gedaan.
3.3 Voor zover eiseres met haar beroep beoogt verontrusting van de in (de bomen van) het Rasterhoffpark levende vleermuizen te voorkomen, merkt de rechtbank op dat dit doel niet meer kan worden bereikt, omdat de kapwerkzaamheden inmiddels zijn voltooid. In zoverre heeft verweerder het beroep van eiseres terecht niet-ontvankelijk verklaard.
3.4 Het beroep van eiseres is voorts gericht op het voorkomen van verdere verstoring van vleermuizen. Nu de werkzaamheden aan het hotel nog niet voltooid zijn en eiseres met haar beroep een oordeel van de rechtbank wil krijgen over de vraag of met die werkzaamheden in strijd met de Ffw wordt gehandeld, ziet de rechtbank in zoverre voldoende aanleiding voor een inhoudelijke beoordeling van het besluit van verweerder.
3.5 Het verbod van artikel 11 van de Ffw ziet onder meer op de verstoring van vaste rust- en verblijfplaatsen van dieren, behorende tot een beschermde inheemse diersoorten (als de vleermuis). Vast staat dat in het plangebied diverse vleermuizensoorten voorkomen, maar dat zich in het plangebied geen vaste rust- of verblijfplaatsen bevinden. Foerageergebied wordt volgens vaste jurisprudentie niet gerekend tot een vaste rust- of verblijfplaats.
Van overtreding van artikel 11 Ffw is echter ook sprake indien de functionaliteit van de vaste rust- of verblijfplaats wordt aangetast. Dit is bijvoorbeeld het geval als een ingreep de verbinding vernietigt tussen de voortplantingsplaats en het foerageergebied en er niet voldoende alternatieve migratieroutes en/of foerageerplaatsen overblijven.
3.6 Uit het door Altenburg & Wymenga uitgevoerde onderzoek blijkt dat geen noemenswaardige verstoring van vliegroutes zal plaatsvinden. Er is sprake van een kans op verstoring van de noordelijke vliegroute van meervleermuizen, maar die route is van marginale betekenis voor de soort. Verder zijn er aanpassingen mogelijk, mitigerende maatregelen, die de verstoring minimaliseren. Het gaat hier onder meer om snelheidsbeperkende maatregelen voor het autoverkeer, versterking van de begroeiing langs de vliegroutes en maatregelen om lichtverstoring te beperken of te voorkomen. Hetgeen door eiseres is aangevoerd geeft geen aanleiding tot twijfel aan de conclusies van Altenburg & Wymenga. Voorts heeft verweerder zich voldoende vergewist van de zorgvuldigheid van het verrichte onderzoek. Eiseres heeft de conclusies van Altenburg & Wymenga niet - bijvoorbeeld aan de hand van een tegenrapport - betwist en zij heeft de rechtbank er niet van kunnen overtuigen dat aanvullend onderzoek noodzakelijk is.
3.7 Ten aanzien van het foerageergebied overweegt de rechtbank het volgende. Uit het onderzoek dat is uitgevoerd door Altenburg & Wymenga blijkt dat de plannen om het hotel te realiseren consequenties hebben voor het foerageergebied van bepaalde soorten vleermuizen, maar dat voldoende alternatief foerageergebied aanwezig blijft. Uit het onderzoeksrapport blijkt dat de verkleining van het oppervlak aan foerageergebied als gevolg van de bouw van het hotel gering is in vergelijking tot de totale oppervlakte aan beschikbaar foerageergebied voor de genoemde soorten in het plangebied. Daarnaast worden door de natuurontwikkeling in het zuidelijk deel van het plangebied foerageermogelijkheden voor vleermuizen vergroot. Ten slotte zijn er mitigerende maatregelen mogelijk om lichtverstoring van bestaande foerageergebieden te voorkomen. Het standpunt van eiseres dat het compensatiegebied niet zou voldoen als alternatief foerageergebied volgt de rechtbank niet. Eiseres baseert zich op een veronderstelling en heeft niet aannemelijk gemaakt dat het rapport van Altenburg & Wymenga op dit punt zodanige onjuistheden bevat of leemten in kennis vertoont, dat verweerder zich hierop niet heeft mogen baseren.
3.8 De rechtbank komt tot de conclusie dat verweerder terecht tot het oordeel is gekomen dat wat betreft vleermuizen geen overtreding heeft plaatsgevonden of zal plaatsvinden van het verbod neergelegd in artikel 11 van de Ffw. Er was daarom geen aanleiding voor verweerder om handhavend op te treden. Het beroep van eiseres moet dan ook ongegrond verklaard worden. De rechtbank ziet geen aanleiding voor het uitspreken van een proceskostenveroordeling.