Beoordeling van het geschil
3.1 Ingevolge artikel 25, negende lid, van de WIA verlengt het Uwv - voor zover in deze zaak van belang - het tijdvak gedurende welke de verzekerde jegens de werkgever recht heeft op loon op grond van artikel 629 van Boek 7 van het Burgerlijk Wetboek, indien bij de behandeling van de aanvraag en de beoordeling blijkt dat de werkgever zonder deugdelijke grond onvoldoende re-integratie-inspanningen heeft verricht, opdat de werkgever zijn tekortkoming ten aanzien van de re-integratie-inspanningen kan herstellen. Het tijdvak bedoeld in de eerste zin, is ten hoogste 52 weken. Ingevolge artikel 65 van de WIA beoordeelt het Uwv - voor zover in deze zaak van belang - of de werkgever in redelijkheid heeft kunnen komen tot de re-integratie-inspanningen, die zijn verricht.
3.2 Bij deze beoordeling hanteert het Uwv het beleid neergelegd in de Beleidsregels beoordelingskader poortwachter (Regeling van 3 december 2002, Stcrt. 2002, 236, laatstelijk gewijzigd bij Regeling van 17 oktober 2006, Stcrt. 2006, 224; hierna: de Beleidsregels) en de daarbij behorende bijlage "Kader voor inzet en beoordeling van re-integratie-inspanningen" (hierna: het Kader). Het Kader betreft het hiervoor onder 2.1 genoemde, door Vitalis overgelegde stuk. De Beleidsregels en het Kader zijn beleidsregels in de zin van titel 4.3 van de Awb. Ingevolge artikel 4:84 van de Awb is een bestuursorgaan gehouden overeenkomstig zijn beleidsregels te handelen, tenzij dat voor een of meer belanghebbenden gevolgen zou hebben die wegens bijzondere omstandigheden onevenredig zijn in verhouding tot de met de beleidsregel te dienen doelen. 3.3 Blijkens de eerste paragraaf van het Kader verricht het Uwv voorafgaande aan de beoordeling van het recht op uitkering de zogenaamde poortwachterstoets. In dit kader beoordeelt het Uwv allereerst of er een voldoende re-integratieresultaat is bereikt, en als dat niet zo is of werkgever en werknemer samen gedurende de eerste twee jaar van ziekte voldoende inspanningen hebben verricht om de functionele mogelijkheden zo veel mogelijk te vergroten en de bestaande arbeidsmogelijkheden zo goed mogelijk te benutten in het eigen bedrijf of bij een ander bedrijf. Na een positief oordeel over de geleverde inspanningen wordt het recht op uitkering beoordeeld; na een negatief oordeel wordt de beoordeling van het recht op uitkering opgeschort en loopt de loondoorbetalingsplicht van de werkgever maximaal 52 weken door totdat de vereiste re-integratie-inspanningen hebben plaatsgevonden.
3.4 In dit geval staat vast dat tegen het einde van de verplichte loondoorbetalingsperiode geen sprake was van een bevredigend re-integratieresultaat, aangezien werkneemster op dat moment niet werkte. Het geschil spitst zich toe op de vraag of Vitalis gedurende de eerste twee jaar van de ziekte zonder deugdelijke grond onvoldoende inspanningen heeft verricht met het oog op de re-integratie van werkneemster bij een ander bedrijf (het zogenaamde tweede spoor).
3.5 Op grond van de vierde paragraaf van het Kader zal, indien het Uwv het resultaat niet bevredigend acht, bij de beoordeling worden ingezoomd op datgene wat door de werkgever daadwerkelijk ondernomen is. Volgens de vijfde paragraaf van het Kader ligt het voor de hand dat werkgever en werknemer zich in eerste instantie inspannen om de werknemer - eventueel met aanpassingen - zijn eigen functie te laten oppakken. Mocht dit niet mogelijk zijn, dan ligt het in de lijn om te zoeken naar ander passend werk binnen het bedrijf. Hervattingsmogelijkheden bij een andere werkgever komen pas aan de orde als hervatting in eigen of passend werk binnen het bedrijf niet meer mogelijk is. Bij langdurig verzuim mag, zeker ter gelegenheid van de evaluatie aan het einde van het eerste ziektejaar (opschudmoment), van werkgever en werknemer worden verwacht dat zij - naast eventueel nog lopende re-intergratie-activiteiten gericht op herplaatsing in het eigen bedrijf - uitdrukkelijk de mogelijkheden van werkhervatting bij een andere werkgever bezien, indien op dat moment nog niet tot gedeeltelijke werkhervatting in het eigen bedrijf is gekomen en er ook geen uitzicht is dat dit op korte termijn zal gebeuren. Re-integratie-activiteiten met het oog op werk bij een andere werkgever kunnen slechts achterwege blijven als er nog concreet perspectief bestaat op hervatting in het eigen bedrijf.
3.6 Naar het oordeel van de rechtbank verliep de terugkeer van werkneemster in haar eigen functie gedurende het eerste jaar van de ziekte redelijk voorspoedig. Op 14 mei 2007 vond de evaluatie aan het einde van het eerste ziektejaar plaats. Werkneemster werkte op dat moment 18 uren per week in haar eigen functie, zij het dat haar werkzaamheden enigszins waren aangepast en haar loonwaarde daardoor nog beneden de 50% lag. Ook in de maanden die daarna volgden zette de hervatting van de eigen functie zich geleidelijk voort. Op 11 september 2007 was werkneemster ingeschakeld in arbeid met een loonwaarde 50% van het loon vóór de ziekte. Hieruit volgt dat ten tijde van het opschudmoment sprake was van een gedeeltelijke werkhervatting in het eigen bedrijf. Bovendien bestond op dat moment naar het oordeel van de rechtbank nog concreet perspectief op verdere hervatting in de eigen functie en een bevredigend re-integratieresultaat. In dit kader acht de rechtbank van belang dat op grond van paragraaf 3 van het Kader ook sprake is van een bevredigend resultaat wanneer betrokkene tegen het einde van de verplichte loondoorbetalingsperiode is ingeschakeld in arbeid met een loonwaarde van tenminste 65% van het loon vóór de ziekte. Daarom bestond ten tijde van het opschudmoment, gelet op het beleid van het Uwv, nog geen aanleiding de mogelijkheden van werkhervatting bij een andere werkgever te bezien. Ditzelfde geldt voor de periode tussen 14 mei 2007 en 11 september 2007.
3.7 In de weken na 11 september 2007 verslechterde de arbeidsituatie van werkneemster aanzienlijk en werd al snel duidelijk dat terugkeer in de eigen functie waarschijnlijk niet haalbaar was. Dit is bevestigd in een in opdracht van Vitalis op 1 november 2007 door arbeidsdeskundige R. Wiegman van SALTO opgesteld rapport. Wiegman was echter van mening dat binnen het eigen bedrijf voldoende passende functies aanwezig waren. De rechtbank is van oordeel dat Vitalis voldoende voortvarend op deze nieuwe ontwikkeling heeft gereageerd door werkneemster op 2 oktober 2007 eerst mondeling en daarna op 22 november 2007 en 8 januari 2008 ook schriftelijk een aantal andere functies binnen het eigen bedrijf aan te bieden. De rechtbank is, mede gelet op het deskundigenoordeel van arbeidsdeskundige A. Suk van het Uwv van 25 februari 2008, van oordeel dat ten minste een aantal van de aangeboden functies binnen het eigen bedrijf passend was voor werkneemster en dat binnen het eigen bedrijf genoeg passende of passend te maken functies waren. Hieruit volgt naar het oordeel van de rechtbank dat ook na 11 september 2007 nog concreet perspectief bestond op hervatting binnen het eigen bedrijf. Daarom bestond ook toen, gelet op het beleid van het Uwv, nog geen aanleiding de mogelijkheden van werkhervatting bij een andere werkgever te bezien. Het feit dat werkneemster heeft aangegeven niet meer te willen terugkeren bij Vitalis en stelt dat haar huisarts van mening is dat terugkeer in de werksituatie bij Vitalis slecht is voor haar gezondheid, doet daaraan niet af. Het feit dat werkneemster niet wenst terug te keren bij Vitalis maakt niet dat de aangeboden functies niet passend zijn of dat Vitalis de mogelijkheden van werkhervatting bij een andere werkgever dient te bezien. Behalve in de enkele verwijzing van werkneemster naar het standpunt van haar huisarts, valt in het dossier geen enkele steun te vinden voor de conclusie dat de gezondheidstoestand van werkneemster (of het volgens haar bestaande arbeidsconflict) in de weg stond aan re-integratie in een andere passende functie binnen Vitalis. Het Uwv heeft zich ook niet op het standpunt gesteld dat dit het geval is.
3.8 Gelet op hetgeen de rechtbank hiervoor heeft overwogen, is zij van oordeel dat de Beleidsregels geen grond bieden voor het oordeel dat Vitalis ten onrechte de mogelijkheden van werkhervatting bij een andere werkgever niet of onvoldoende heeft onderzocht. Hieruit volgt dat het Uwv niet overeenkomstig de Beleidsregels heeft gehandeld door Vitalis een loondoorbetalingsverplichting op te leggen wegens het nalaten van het inzetten van een tweede spoor traject. Naar het oordeel van de rechtbank is geen sprake van bijzondere omstandigheden die afwijking van de Beleidsregels kunnen rechtvaardigen.
3.9 Het voorgaande brengt de rechtbank tot de conclusie dat het beroep gegrond is en het bestreden besluit dient te worden vernietigd wegens strijd met artikel 4:84 van de Awb. Het Uwv dient met inachtneming van deze uitspraak een nieuw besluit te nemen op het bezwaarschrift van Vitalis van 14 juli 2008.