Beoordeling van het geschil
3.1 Op grond van artikel 8:81, eerste lid, van de Awb kan de voorzieningenrechter van de rechtbank die bevoegd is of kan worden in de hoofdzaak, op verzoek een voorlopige voorziening treffen indien onverwijlde spoed, gelet op de betrokken belangen, dat vereist.
Ten aanzien van de ontvankelijkheid van het verzoek overweegt de voorzieningenrechter dat niet is gebleken van beletselen om de Stichting te kunnen ontvangen. De Stichting is als vergunninghouder partij in het geding en voorts is genoegzaam aangetoond dat de Stichting in verband met de voorgenomen aanvang van de bouwwerkzaamheden een spoedeisend belang heeft bij de gevraagde voorlopige voorziening.
3.2 Indien het verzoek om een voorlopige voorziening wordt gedaan terwijl beroep bij de rechtbank is ingesteld, kan de voorzieningenrechter op grond van artikel 8:86, eerste lid, van de Awb onmiddellijk uitspraak doen in de hoofdzaak, indien hij van oordeel is dat na de zitting nader onderzoek redelijkerwijs niet kan bijdragen aan de beoordeling van de zaak. Naar het oordeel van de voorzieningenrechter is dit het geval. De voorzieningenrechter zal gelet op het vorenstaande tevens uitspraak doen in de hoofdzaak. De voorzieningenrechter heeft hierbij in aanmerking genomen dat geen andere beroepen van omwonenden tegen de verleende kapvergunning aanhangig zijn en voorts dat [X] zijn standpunt in het beroep naar voren heeft kunnen brengen en voor de behandeling van het verzoek om een voorlopige voorziening is uitgenodigd. Daarbij is hij tevens gewezen op de mogelijkheid van kortsluiting.
3.3 De voorzieningenrechter dient als eerste te beoordelen of [X] als belanghebbende bij de verleende kapvergunning kan worden aangemerkt.
3.3.1 Ingevolge artikel 1:2, eerste lid, van de Awb wordt onder belanghebbende verstaan: degene wiens belang rechtstreeks bij een besluit is betrokken.
3.3.2 De woning van [X] en het perceel waarop de woning zich bevindt, ligt op circa 95 meter van de te kappen bomen en de te kappen bomen bevinden zich deels uit het zich van [X] achter de geplande nieuwbouw. Aan de hand van de overgelegde en ter zitting getoonde foto's is naar het oordeel van de voorzieningenrechter echter voldoende gebleken dat [X] wel zicht heeft op een aantal van de te kappen bomen. Tussen zijn woning en perceel en de geplande nieuwbouw bevindt zich geen bebouwing en, anders dan door het college is betoogd, is de voorzieningenrechter van oordeel dat het zicht op de te kappen bomen, zeker in de winter, niet geheel wordt ontnomen door de bomensingel rondom het perceel. De stelling van het college dat het hier gaat om het kappen van bomen in een zeer bosrijk gebied doet niet af aan het zicht dat [X] heeft op de bomen. [X] kan daarmee aangemerkt worden als belanghebbende als bedoeld in artikel 1:2, eerste lid, van de Awb bij het besluit van 25 november 2008.
3.4 Ingevolge artikel 4.3.2 van de APV, voor zover thans van belang, is het verboden een houtopstand zonder vergunning van het college te vellen of te doen vellen. Ingevolge artikel 4.3.3a, eerste lid, van de verordening kan het college de vergunning weigeren op grond van de natuur-, en milieuwaarde van de houtopstand, de landschappelijke, beeldbepalende of cultuurhistorische waarde alsmede de waarde van de houtopstand voor stads- en dorpsschoon en de waarde voor recreatie en leefbaarheid van de houtopstand. Ingevolge het tweede lid wordt behoudens uitzonderingsgevallen vergunning geweigerd voor monumentale bomen. Het derde lid voorziet in de mogelijkheid om de boomwaarde te hanteren als motivering voor de weigering of het onder voorwaarden verlenen van een vergunning.
3.5 Het standpunt van [X] dat geen kapvergunning kan worden verleend zolang de procedures rond de verleende bouwvergunning en vrijstelling nog niet zijn afgerond deelt de voorzieningenrechter niet. Uit vaste jurisprudentie van de Afdeling bestuursrechtspraak van de Raad van State (zie bijvoorbeeld de uitspraak van de voorzieningenrechter van 28 januari 2008, LJN: BC3574) blijkt dat de bepalingen uit de APV het toetsingskader vormen voor de toetsing van aanvragen om een kapvergunning en dat eventuele procedures over de bouwvergunning en vrijstelling hiervan in beginsel losstaan. In de APV van de gemeente Smallingerland is ook geen koppeling gemaakt tussen de bouwvergunning/vrijstelling en de kapvergunning en is bijvoorbeeld niet de voorwaarde gesteld dat van een kapvergunning ten behoeve van een specifiek bouwplan alleen gebruik gemaakt kan worden als er een onherroepelijke bouwvergunning/vrijstelling ligt.
3.5 Het college heeft de kapvergunning verleend gelet op de wezenlijke belangen die gemoeid zijn met de realisatie van het behandelcentrum voor jeugdigen. De voorzieningenrechter dient te beoordelen of het college bij afweging van de bij de kapverordening betrokken belangen deze in redelijkheid heeft kunnen verlenen.
3.6 Het door [X] aangevoerde biedt geen grond voor het oordeel dat het college in redelijkheid het belang bij het kappen van de bomen niet zwaarder heeft kunnen laten wegen dan dat bij het behouden daarvan. De voorzieningenrechter neemt hierbij in aanmerking dat de Stichting groot belang heeft bij de realisatie van het behandelcentrum en dat daarmee eveneens een maatschappelijk belang gemoeid is. Voorts is de noodzaak voor de kap van de bomen in verband met de nieuwbouw voldoende duidelijk; de bomen staan op plaatsen waar gebouwd gaat worden. Niet gebleken is dat beeldbepalende bomen zullen worden gekapt of dat afbreuk zal worden gedaan aan de parkachtige inrichting van het perceel. Het perceel bevindt zich in een bosrijke omgeving en op het perceel zelf blijven nog veel bomen staan, terwijl de te kappen bomen zullen worden herplant.
3.7 De voorzieningenrechter komt tot de conclusie dat de verleende kapvergunning in stand kan blijven en dat het hiertegen door [X] ingediende beroep ongegrond moet worden verklaard.
3.8 Nu beslist is in de hoofdzaak is er geen aanleiding meer tot het treffen van een voorlopige voorziening. De voorzieningenrechter tekent hierbij aan dat een redelijke uitleg van de voorwaarde in de kapvergunning, zoals hiervoor weergegeven onder 1.2, met zich meebrengt dat de vergunning (ook) geacht wordt definitief te zijn op het moment waarop beslist is op het beroep.
3.9 De voorzieningenrechter ziet geen aanleiding voor het uitspreken van een proceskostenveroordeling