Beoordeling van het geschil
3.1 Ingevolge artikel 27, zevende lid, van de Wet op de loonbelasting 1964 is de inhoudingsplichtige verplicht de in het tijdvak ingehouden belasting op aangifte af te dragen.
3.2 Naar luid van artikel 3, eerste lid, onderdeel c WVA kan de inhoudingsplichtige de over een tijdvak af te dragen loonbelasting en premie voor de volksverzekeringen verminderen, doch niet verder dan nihil, met de afdrachtvermindering onderwijs.
3.3 Ingevolge artikel 14 lid 1 sub d WVA is de afdrachtvermindering onderwijs niet van toepassing met betrekking tot de werknemer die is ingeschreven als student voor het volgen van in voltijdse vorm verzorgd onderwijs.
3.4 De rechtbank is van oordeel dat nu de werknemer waarvoor eiseres de afdrachtvermindering onderwijs wil toepassen in de onderhavige jaren staat ingeschreven als voltijdsstudent bij de [hogeschool], eiseres geen recht heeft op deze afdrachtvermindering. De wettelijke regeling van artikel 14 lid 1 sub d WVA, noch de totstandkomingsgeschiedenis van dit artikel biedt naar het oordeel van de rechtbank enig aanknopingspunt voor een andersluidend oordeel. Gelet op het voorgaande is de rechtbank van oordeel dat eiseres voor de onderhavige jaren voor haar werknemer, [zoon], geen recht heeft op afdrachtvermindering onderwijs op grond van artikel 14 lid 1 sub d. Nu eiseres' beroep op het recht van afdrachtvermindering onderwijs ter zitting is beperkt tot de afdrachtvermindering op grond van voormeld artikel en de rechtbank ook de overige in artikel 14 WVA vermelde situaties niet van toepassing acht, oordeelt de rechtbank dat eiseres voor onderhavige jaren de af te dragen LB/PVV niet mag verminderen met de afdrachtvermindering onderwijs.
3.5 Wat betreft eiseres' grief dat verweerder bij het opleggen van de naheffingsaanslag ten onrechte € 3.885,--, vanwege niet te verrekenen afdrachtvermindering in de zin van de WVA heeft nageheven, oordeelt de rechtbank dat eiseres dit niet of althans onvoldoende aannemelijk heeft gemaakt. Overigens overweegt de rechtbank dat gelet verweerders berekeningen in zijn verweerschrift er op dit punt geen sprake is van een rekenfout.
3.6 Ten aanzien van eiseres' subsidiaire stellingen overweegt de rechtbank als volgt. Daargelaten of er in de jaren 1996 tot en met 1998 een aan eiseres toekomend recht zou bestaan op afdrachtvermindering, kan op grond van de systematiek van de Algemene wet inzake rijksbelastingen (AWR) een afdrachtvermindering van jaren buiten die welke in de onderhavige naheffingsaanslag zijn geformaliseerd, niet worden verrekend met die naheffingsaanslag. In het kader van eiseres' beroep op opgewekt vertrouwen c.q. een gemaakte afspraak overweegt de rechtbank dat eiseres, tegenover de gemotiveerde betwisting door verweerder, niet aannemelijk heeft gemaakt dat verweerder, bij monde van controle-medewerker [getuige], heeft toegezegd dat het recht op toepassing van afdrachtvermindering onderwijs voor de jaren 1996 tot en met 1998 alsnog mag worden verrekend met onderhavige naheffingsaanslag. Ter zitting heeft getuige [getuige] verklaard: "Ik heb niet toegezegd dat één en ander met elkaar verrekend kan worden. Dat weet ik heel zeker".
De rechtbank oordeelt voorts dat eiseres ook op grond van de door haar ingediende stukken niet aannemelijk heeft gemaakt dat verweerder enige toezegging op dit punt heeft gedaan. Hetgeen [getuige] in zijn brief van 12 juli 2004 heeft geschreven is naar het oordeel van de rechtbank evenmin een toezegging, reeds omdat [getuige] daar uitdrukkelijk schrijft dat "u over de nageheven kalenderjaren aanspraak kunt maken op de afdrachtvermindering lage lonen" en eiseres verrekening voorstaat van andere dan de nageheven kalenderjaren.
Wat betreft eiseres' beroep op het Besluit van de Staatsecretaris van Financiën van 25 maart 1991, nr. DB 89/735, overweegt de rechtbank dat dit besluit ziet op toepassing van ambtshalve te verlenen verminderingen of teruggaven ingevolge artikel 65 AWR. Voor zover dit beroep van eiseres ziet op de jaren 1996 tot en met 1998 oordeelt de rechtbank dat deze jaren niet tot de naheffingsperiode waarop de in geschil zijnde naheffingsaanslag ziet, behoren, zodat een eventuele in geschil zijnde ambtshalve vermindering in die jaren ook niet tot deze procedure hoort. Voor zover eiseres heeft bedoeld dat ten onrechte artikel 65 AWR niet is toegepast in de naheffingsperiode, waarop de in geschil zijnde naheffingsaanslag ziet, oordeelt de rechtbank dat dienaangaande geen beroep openstaat.
3.7 In het kader van de beoordeling van de verzuimboete is de rechtbank van oordeel dat bij eiseres geen sprake is van afwezigheid van alle schuld, mede gelet op de omstandigheid dat tot eiseres' onderneming een belastingadvieskantoor behoort en eiser derhalve had kunnen en behoren te weten dat afdrachtvermindering onderwijs op grond van artikel 14 lid 1 sub d WVA niet van toepassing is, wanneer de werknemer als voltijdsstudent staat ingeschreven bij een hogeschool. Eiseres' grief dat de boete moet komen te vervallen omdat de naheffingsaanslag op onjuiste gronden is opgelegd, treft geen doel, nu de rechtbank heeft geoordeeld dat de naheffingsaanslag terecht is opgelegd. Daarenboven kan eiseres noch aan hetgeen [getuige] in zijn brief van 12 juli 2004 heeft vermeld, noch aan de door haar in het geding gebrachte stukken, geen toezegging, noch (het begin van) een pleitbaar standpunt ontlenen. Het is daarom aan eiseres' (grove) onachtzaamheid te wijten dat zij de afdrachtvermindering onderwijs heeft geclaimd en dat daardoor te weinig belasting is afgedragen, zodat sprake is van een geval van (grove) schuld.
3.8 De rechtbank is op grond van het arrest van de Hoge Raad van 22 april 2005, nr. 37 984, gepubliceerd in onder meer VN 2005/22.6, gehouden ambtshalve te onderzoeken of inbreuk is gemaakt op de garantie van artikel 6, eerste lid, EVRM dat een beboete recht heeft op behandeling van zijn zaak binnen een redelijke termijn. Daarbij heeft de Hoge Raad geoordeeld dat, behoudens bijzondere omstandigheden, de berechting van een boetezaak door de rechtbank niet binnen een redelijke termijn geschiedt als de rechtbank niet binnen twee jaar nadat die termijn is aangevangen, uitspraak doet en dat in voorkomend geval overschrijding van de redelijke termijn behoort te leiden tot vermindering van de boete, afhankelijk van de mate waarin de redelijke termijn is overschreden.
3.9 De rechtbank stelt vast dat de mededeling van verweerder van zijn voornemen een verzuimboete op te leggen op 12 juli 2004 is geweest. Sindsdien zijn meer dan twee jaren verstreken, terwijl bijzondere omstandigheden ontbreken die een overschrijding van die termijn rechtvaardigen. Derhalve is de redelijke termijn als bedoeld in artikel 6, eerste lid, EVRM met meer dan 12 maanden overschreden. Op grond van het arrest van de Hoge Raad van 17 juni 2008, gepubliceerd in onder meer NTFR 2008/1321, is het uitgangspunt dat bij een verlaging van een opgelegde boete ingevolge een overschrijding van de redelijke termijn met meer dan twaalf maanden wordt gehandeld naar bevind van zaken. De rechtbank acht in het onderhavige geval geen bijzondere omstandigheden aanwezig die een verdere verlaging dan 10% van verzuimboete rechtvaardigen. Dit betekent dat de verzuimboete wordt verminderd met € 144,-- tot € 1.298,--. Deze boete acht de rechtbank passend en geboden.
3.10 Ingevolge artikel 30f, tweede lid AWR wordt met betrekking tot de loonbelasting rente - heffingsrente - berekend ingeval een naheffingsaanslag wordt vastgesteld vanwege de omstandigheid dat de verschuldigde belasting meer beloopt dan die welke is aangegeven, tenzij die naheffingsaanslag het gevolg is van een vrijwillige verbetering van de aangifte, welke wordt gedaan binnen drie maanden na het einde van het kalenderjaar of het boekjaar waarop de nageheven belasting betrekking heeft. Heffingsrente wordt in rekening gebracht over het positieve bedrag van de belastingaanslag, aldus het bepaalde in de artikelen 30g en 30h van de AWR.
3.11 Uit de wetsgeschiedenis blijkt dat de berekening van heffingsrente, zowel het in rekening brengen als het vergoeden, is bedoeld ter compensatie van niet genoten rente door de belastingplichtige dan wel de Schatkist. Het in rekening brengen is uitdrukkelijk niet bedoeld als een sanctie. Wanneer heffingsrente in rekening wordt gebracht heeft de belastingplichtige gedurende de periode waarover de heffingsrente wordt berekend de mogelijkheid gehad om over dat geld rente te ontvangen bij een bank. Gedurende die periode behoorde het belastingbedrag eigenlijk toe aan de Schatkist en heeft de Schatkist daarom gedurende die periode geen rente over dat bedrag kunnen ontvangen. Ter compensatie wordt heffingsrente in rekening gebracht aan belastingplichtige. Eiseres' grieven dat geen heffingsrente verschuldigd zou zijn omdat de eerder vermelde afdrachtverminderingen voor de jaren 1996 tot en met 1998 niet zijn verrekend met onderhavige naheffingsaanslag en omdat over een eiseres toekomende teruggaaf omzetbelasting geen heffingsrente is vergoed, missen, wat daar overigens ook van zij, wettelijke grondslag. Gelet op het voorgaande oordeelt de rechtbank dat verweerder terecht heffingsrente in rekening heeft gebracht.
3.12 Dat de in rekening gebrachte heffingsrente conform de wettelijke bepalingen is vastgesteld, heeft eiseres niet bestreden. De rechtbank is ook niet gebleken dat verweerder deze heffingsrente tot een te hoog bedrag heeft berekend.
3.13 het voorgaande leidt tot de slotsom dat het beroep gegrond verklaard dient te worden.