Beoordeling van het geschil
3.1 In dit geding moet worden beoordeeld of het bestreden besluit terecht en op goede gronden is genomen.
3.2 Ingevolge artikel 49 WRO, zoals dit sinds 1 september 2005 luidt, kennen burgemeester en wethouders, voor zover blijkt dat een belanghebbende ten gevolge van een vrijstelling, als bedoeld in artikel 19 WRO schade lijdt of zal lijden, welke redelijkerwijs niet of niet geheel te zijnen laste behoort te blijven en waarvan de vergoeding niet of niet voldoende door aankoop, onteigening of anderszins is verzekerd, hem op zijn verzoek een naar billijkheid te bepalen schadevergoeding toe.
3.3 In het kader van artikel 49 WRO dient in dit geval het vrijstellingsbesluit van 7 juni 2005 te worden vergeleken met het voorheen geldende planologische regime ingevolge het bestemmingsplan 'Veenwouden-kom', waarbij in aanmerking moet worden genomen de maximale invulling van de planologische mogelijkheden, ongeacht of realisering ervan heeft of zou hebben plaatsgevonden.
3.4 De rechtbank stelt voorop dat SAOZ is te beschouwen als een deskundige op het gebied van planschade en dat verweerder in beginsel op het advies van januari 2007 en het nadere advies van 29 augustus 2007 mocht afgaan. Dit is slechts anders indien zou moeten worden geoordeeld dat dit advies onzorgvuldig tot stand is gekomen of dat daaraan anderszins ernstige gebreken kleven.
3.5 Ten aanzien van de door SAOZ vastgestelde schade als gevolg van de in rechtsoverweging 2.1 genoemde factoren heeft verweerder zich naar het oordeel van de rechtbank kunnen baseren op de bevindingen van het SAOZ. Niet gebleken is dat het advies van SAOZ ten aanzien van genoemde aspecten onzorgvuldig tot stand is gekomen dan wel anderszins zodanige gebreken bevat dat zij niet aan de besluitvorming ten grondslag had kunnen worden gelegd.
3.6 De rechtbank is evenwel van oordeel dat verweerder ten aanzien van de overkapping die aan de zijkant van het nieuwe supermarktgebouw is geplaatst, en waar eiseres aan de achterzijde van haar woning zicht op heeft, niet zonder meer heeft mogen afgaan op het rapport van SAOZ. Gebleken is dat deze kap is bedoeld om vrachtwagens in te laten rijden die de supermarkt komen bevoorraden en dat deze overkapping deel uitmaakt van het gebouw. Ter zitting is namens eiseres uiteengezet dat de kap aan de voor- en achterzijde open is en dat het geluid dat de vrachtwagens produceren aanzienlijk is. Daarbij komt, aldus eiseres, dat door SAOZ geen rekening is gehouden met de omstandigheid dat de vrachtwagens achteruit vanaf de [straatnaam] naar de laad- en losplaats onder de overkapping rijden en dat dit laden en lossen gedurende zes dagen per week al vanaf 03.00 uur met zekere regelmaat plaatsvindt. Bovendien weerkaatst de kap het zonlicht in de ochtenduren recht in haar huis. Tevens ervaart eiseres de overkapping als een lelijk bouwwerk. De rechtbank stelt vast dat SAOZ ten aanzien van de overlast die eiseres van de overkapping zou kunnen ondervinden slechts heeft opgemerkt dat door de afstand van de overkapping tot het huis van eiseres - ongeveer 12 meter - de hiervan afkomstige geluiden zich deels kunnen verspreiden, zodat de invloed voor eiseres beperkt is. Naar het oordeel van de rechtbank heeft SAOZ ten onrechte geen onderzoek verricht naar de aard van het geluid tijdens het laden en lossen en de tijdstippen waarop dat geluid wordt geproduceerd. Evenmin is gebleken dat voldoende onderzoek is verricht naar het nadelige effect van de weerkaatsing van het zonlicht op de overkapping in de richting van de achtergevel van de woning van eiseres. Het rapport van SAOZ bevat naar het oordeel van de rechtbank op dit onderdeel zodanige gebreken dat verweerder dit niet aan het besluit ten grondslag had mogen leggen. Verweerder had zich naar aanleiding van de bezwaren van eiseres ervan moeten vergewissen of de klachten van eiseres ten aanzien van de overkapping reëel waren en zich daar expliciet over moeten uitspreken. Nu verweerder dat heeft nagelaten, ontbeert het bestreden besluit op dit onderdeel dan ook aan een draagkrachtige motivering.
3.7 Voor zover eiseres erover klaagt dat het niet realistisch is om in de planvergelijking uit te gaan van de maximale mogelijkheden die het bestemmingsplan biedt, in het bijzonder de bouw van drie bouwlagen, overweegt de rechtbank dat volgens vaste jurisprudentie van de Afdeling bestuursrechtspraak van de Raad van State (bijvoorbeeld in de uitspraak met nummer LJN AZ5201) niet van belang is wat onder de gelding van een planologisch regime in feite is gerealiseerd, maar hetgeen op grond van dat regime maximaal kon worden gerealiseerd, tenzij dit met aan zekerheid grenzende waarschijnlijkheid uitgesloten moet worden geacht. De rechtbank is van oordeel dat van dat laatste niet is gebleken.
3.8 Voor zover eiseres heeft aangevoerd dat uit het taxatierapport van Dijkstra blijkt dat de schade € 30.000,= bedraagt is de rechtbank van oordeel dat in deze rapportage ten onrechte niet is uitgegaan van de maximale invulling van de planologische mogelijkheden die het geldende bestemmingsplan biedt. Verweerder heeft de conclusies van deze rapportage dan ook naast zich neer kunnen leggen.
3.9 Gelet op hetgeen hiervoor onder 3.6 is overwogen zal de rechtbank het beroep gegrond verklaren. Het bestreden besluit komt voor vernietiging in aanmerking wegens strijd met artikel 7:12 lid 1 Awb. Verweerder dient met inachtneming van deze uitspraak een nieuw besluit te nemen op het bezwaarschrift van eiseres.
3.10 Gelet op het bovenstaande en op het bepaalde in artikel 8:74 Awb dient de gemeente Dantumadeel het door eiseres gestorte griffierecht van € 143,= aan haar te vergoeden.
3.11 Nu van proceskosten aan de zijde van eiseres niet is gebleken, ziet de rechtbank voor een proceskostenveroordeling geen aanleiding.