Motivering
Feiten
Op grond van de stukken van het geding en het verhandelde ter zitting staat het volgende vast:
2.1 Eiseres vormt samen met haar dochtermaatschappijen [X] B.V., [Y]Vastgoed B.V. en [Z] B.V. een fiscale eenheid voor de vennootschapsbelasting. De activiteiten van de vennootschappen behelzen de fabricage van producten voor de grootkeuken, keuken, interieurbouw en industrie.
2.2 De activiteiten zijn omstreeks 1985 gestart in een pand gelegen aan [a-straat Noord] 6 te [plaats]. In 1994 heeft eiseres een woning verworven aan [a-straat Noord] 7. Deze beide onroerende zaken zijn in 2001 verkocht.
2.3 Vanaf medio 2000 heeft [Y]Vastgoed B.V. geïnvesteerd in een nieuw bedrijfspand met ondergrond dat is gelegen aan de [b-straat] 15 te [plaats]. Dit bedrijfspand is
1 januari 2001 in gebruik genomen. Het pand bestaat uit een kantoor-, opslag en productieruimte en is gelegen op een industrieterrein. Van de totale oppervlakte van
3.450 m2 wordt circa 2.850 m2 gebruikt als opslag- en productieruimte.
2.4 Ultimo 2001 was in de grond en terreinen aan de [b-straat] 15 € 92.061 geïnvesteerd. Hierop is een vervangingsreserve groot € 86.579 in mindering gebracht zodat de fiscale boekwaarde € 5.480 beloopt. In de opstallen was ultimo 2001 € 1.327.324 geïnvesteerd. Hiervan was 50 procent ofwel € 663.662 beschikbaar voor willekeurige afschrijving. Dit bedrag is in de jaren 2000, 2001 en 2002 geheel afgeschreven. Voor de reguliere afschrijving was eveneens € 663.662 beschikbaar. Hierop is in 2001 een vervangingsreserve ad € 262.289 afgeboekt waardoor de afschrijvingsbasis € 401.372 werd.
Over het jaar 2001 is naar tijdsgelang en met toepassing van een percentage van 4 afgeschreven zonder een restwaarde in acht te nemen. Ultimo 2001 beliep de boekwaarde
€ 387.323. Over de jaren 2002 en 2003 is telkenjare 4% van f. 401.372 (€ 16.055) afgeschreven.
2.5 Op verzoek van verweerder heeft een waardedeskundige van de belastingdienst het bedrijfspand met erf en ondergrond aan de [b-straat] 15 te [plaats] getaxeerd. De uitkomst hiervan is neergelegd in een taxatierapport dat zich in kopie onder de stukken bevindt. De deskundige taxeert de waarde in het economische verkeer per 1 januari 2001 op € 1.345.000, waarvan € 91.300 wordt toegerekend aan de grond. De waarde van de opstallen is derhalve getaxeerd op € 1.253.700. De taxateur heeft de restwaarde van de opstallen gesteld op 20% van f. 1.253.700 (€ 250.740). De taxateur heeft daarbij rekening gehouden met de lichte opzet van het geheel en de geconstateerde bouwfouten.
2.6 Eiseres deed voor het jaar 2002 aangifte van een belastbaar bedrag van negatief
€ 42.880. Bij de aanslagregeling heeft verweerder het aangegeven bedrag verhoogd met
€ 5.014 minder afschrijving opstallen en met € 125.370 minder vervroegde afschrijving opstallen.
2.7 Eiseres deed voor het jaar 2003 aangifte van een belastbaar bedrag van
€ 80.826. Bij de aanslagregeling heeft verweerder dit bedrag verhoogd met € 5.014 minder afschrijving op de opstallen en met € 25.049 in verband met het niet in aanmerking nemen van een verlies van het jaar 2002. Eiseres heeft tegen de aanslagen bezwaar ingesteld. Op
7 maart 2006 heeft een hoorgesprek plaatsgevonden waarna verweerder bij de bestreden uitspraken de aanslagen heeft gehandhaafd.
2.8 Onder de stukken bevindt zich een kopie van een verslag van een boekenonderzoek dat in 1993 is ingesteld bij [Q] B.V., de rechtsvoorganger van eiseres. Onderzocht zijn onder meer de aangiften vennootschapsbelasting over de jaren 1988 tot en met 1992. In het verslag is onder meer het volgende vermeld: "Aan het bedrijfspand [a-straat] NZ 5a te [plaats] hebt u in de controleperiode werkzaamheden verricht, die enerzijds dienden ter het instandhouden van het pand en anderzijds als een verbetering van het pand moet worden aangemerkt. (….) De uiteindelijke uitkomst van de verdeling van de uitgaven in onderhouds- en verbeteringskosten zijn door ons, op basis van het advies van R & S als volgt bepaald (….). Daarnaast zijn wij overeengekomen een afschrijvingspercentage op de gebouwen c.q. de verbouwing m.i.v. 1-1-1992 te hanteren van 4% per jaar van de aanschafwaarde. (…..)"