Omzetbelasting, primair
4.1 Op grond van artikel 4, vijfde lid, van de Zesde Richtlijn wordt een gemeente niet als belastingplichtige aangemerkt voor de werkzaamheden of handelingen die zij als overheid verricht. Een gemeente handelt als overheid wanneer zij activiteiten verricht in het kader van het specifiek voor haar geldende juridisch regime, met uitsluiting van de activiteiten die zij onder dezelfde juridische voorwaarden als particuliere economische subjecten verricht. Aangezien de wetgever aan het begrip "ondernemer" in de Wet op de omzetbelasting 1968 (hierna: Wet OB) geen andere betekenis heeft willen geven dan de Zesde Richtlijn aan het begrip "belastingplichtige", handelt een gemeente voor zover zij optreedt als overheid evenmin als ondernemer. Bij een publiekrechtelijk lichaam als eiseres moet derhalve een onderscheid worden gemaakt tussen een overheidssfeer enerzijds en een ondernemerssfeer anderzijds.
4.2 In het geval een gemeente investeert in de nieuwbouw van een schoolgebouw en een sporthal moet zij kiezen of zij die nieuwbouw wil gaan aanwenden binnen haar overheidssfeer dan wel wil gaan exploiteren binnen haar ondernemerssfeer nu beide opties mogelijk zijn. Het moment waarop zij die keuze uiterlijk dient te maken is naar het oordeel van de rechtbank gelegen op het tijdstip waarop de gemeente de aangifte moet doen waarin zij de op de investering drukkende omzetbelasting in aftrek kan brengen, aangezien op grond van artikel 15, eerste lid, Wet op de omzetbelasting 1968 (hierna: Wet OB) voorbelasting slechts aftrekbaar is voor zover de goederen en de diensten door de ondernemer worden gebezigd, terwijl op grond van het vierde lid van dit artikel de aftrek van belasting plaats vindt overeenkomstig de bestemming van de goederen en diensten op het tijdstip waarop de belasting aan de ondernemer in rekening is gebracht. De keuze van de gemeente moet blijken uit objectief verifieerbare feiten en omstandigheden die hun neerslag vinden in haar administratie. Bij het achterwege laten van het in aftrek brengen van voorbelasting, moet het er naar het oordeel van de rechtbank voor worden gehouden dat de gemeente, behoudens omstandigheden die op het tegendeel wijzen, kiest voor aanwending in haar overheidssfeer.
4.3 Naar het oordeel van de rechtbank heeft eiseres, op wie de bewijslast rust, tegenover de gemotiveerde betwisting door verweerder niet aannemelijk gemaakt dat zij op enig moment in de periode tot en met het tweede kwartaal van 2001 de nieuwbouw van het schoolgebouw heeft gerekend tot haar ondernemerssfeer. De omstandigheid dat zij in de loop van die periode de mogelijkheid om de omzetbelastingdruk op de nieuwbouw te verlichten is gaan onderzoeken vormt onvoldoende grond voor het aannemen van een keuze voor de ondernemerssfeer. Eerst in haar aangifte over het derde kwartaal van 2001 brengt eiseres tot uitdrukking dat zij het schoolgebouw in haar ondernemerssfeer wil gaan exploiteren, doordat zij in die aangifte alle op de nieuwbouw van het schoolgebouw betrekking hebbende voorbelasting ten bedrage van € 467.516 opneemt. Op grond van deze keuze behoort het schoolgebouw vanaf het derde kwartaal tot de ondernemerssfeer van de gemeente. Gelet op hetgeen onder 4.2 is overwogen, heeft de bouw van het schoolgebouw in de daaraan voorafgaande periode plaatsgevonden in de overheidssfeer van eiseres.
Voor zover eiseres heeft bedoeld te stellen dat zij met het oog op de mogelijke toepassing van een buitenwettelijke goedkeuring ter voorkoming van een integratieheffing heeft afgezien van de aftrek van voorbelasting, zodat haar aangiftegedrag niet bepalend is geweest voor de etikettering van het schoolgebouw, overweegt de rechtbank dat het in dat geval op de weg van eiseres had gelegen op andere wijze haar keuze voor de ondernemerssfeer in haar administratie tot uitdrukking te brengen.
4.4 De rechtbank overweegt dat uit het arrest van het Hof van Justitie van de Europese Gemeenschappen (hierna: HvJ EG) van 2 juni 2005, zaak C-378/02 (Waterschap Zeeuws Vlaanderen), VN 2005/30.17, volgt dat wanneer een publiekrechtelijk lichaam dat als overheid en dus als niet-belastingplichtige, een investeringsgoed heeft aangeschaft, en dit goed nadien inbrengt in haar ondernemerssfeer, dat lichaam geen recht heeft op herziening om de bij de aanschaf van dat goed voldane omzetbelasting in aftrek te brengen bij de inbreng van dat goed noch bij een latere belaste prestatie met dat goed.
4.5 Tussen partijen is, naar het oordeel van de rechtbank terecht, niet in geschil dat bij de ingebruikname door eiseres van het schoolgebouw een interne levering als bedoeld in artikel 3, eerste lid, aanhef en onder h, Wet OB heeft plaatsgevonden. Het recht op aftrek van voorbelasting op grond van de tweede volzin van artikel 15, vierde lid, Wet OB is, gelet op hetgeen hiervoor is overwogen, beperkt tot de vanaf het derde kwartaal aan eiseres voor de bouw van de school in rekening gebrachte omzetbelasting. Verweerder heeft deze voordruk in onderdeel 10 van zijn controlerapport bepaald op f. 123.338, welk bedrag eiseres onweersproken heeft gelaten, en daarmee rekening gehouden bij het opleggen van de bestreden naheffingsaanslag.
4.6 In het kader van eiseres' beroep op opgewekt vertrouwen overweegt de rechtbank dat eiseres, tegenover de gemotiveerde betwisting door verweerder, niet aannemelijk heeft gemaakt dat verweerder op 8 mei 2001 heeft toegezegd dat de op de bouw van het schoolgebouw en de sporthal drukkende voorbelasting volledig voor aftrek in aanmerking zou komen. Weliswaar heeft eiseres' gemachtigde, als weergave van het op 8 mei 2001 besprokene, gesteld dat verweerder de omzetbelasting op de bouwkosten in aftrek zou toestaan, maar verweerder heeft in zijn reactie van 17 juli 2001 expliciet aangegeven de beslissing daarover uit te willen stellen tot het moment dat er zekerheid is verkregen over de levering van het schoolgebouw aan de stichting. Voorts werpt verweerder in die reactie de nodige voorbehouden op. Deze schriftelijk reactie spoort naar het oordeel van de rechtbank met de op de 8 mei 2001 gemaakt IKB-notitie waarin is vastgelegd dat na de levering van het gebouw een onderzoek moet worden ingesteld naar de mogelijkheden tot bestrijding. De stelling dat verweerder in zijn brief van 17 juli 2001 is teruggekomen op een eerder gedane toezegging ontbeert naar het oordeel van de rechtbank dan ook feitelijke grondslag. De rechtbank verwerpt op grond hiervan de stelling van eiseres dat bij haar het in rechte te beschermen vertrouwen is gewekt dat verweerder de betreffende voorbelasting volledig in aftrek zou toelaten.
4.7 De rechtbank concludeert dat verweerder bij de beantwoording van de primair in geschil zijnde vraag het gelijk aan zijn kant heeft.