Beoordeling van het geschil
4.1 De rechtbank overweegt, onder verwijzing naar 3.3, dat zij nog slechts hoeft te oordelen over de heffing ter zake van de beide kilometervergoedingen die eiseres heeft toegekend aan de zoon.
4.2 Ingevolge artikel 2h van het Uitvoeringsbesluit loonbelasting 1965 (hierna: UBLB) wordt als dienstbetrekking beschouwd de arbeidsverhouding van degene die arbeid verricht ten behoeve van een vennootschap waarin hij een aanmerkelijk belang heeft in de zin van de Wet inkomstenbelasting 2001 (hierna IB2001). Gelet op de onder 2.1 en 2.3 vastgestelde feiten houdt de zoon indirect alle aandelen in eiseres, terwijl hij op grond van de onder 2.4 vastgestelde feiten tevens arbeid ten behoeve van haar heeft verricht, zodat tussen hem en eiseres in het naheffingstijdvak een fictieve dienstbetrekking heeft bestaan.
4.3 Krachtens artikel 10 van de Wet op de loonbelasting 1964 is loon al hetgeen dat uit dienstbetrekking wordt genoten. De zoon heeft uit zijn dienstbetrekking met eiseres een vergoeding ontvangen voor gereden kilometers. Deze vergoeding behoort tot het loon, tenzij sprake is van een vrije vergoeding.
4.4 De rechtbank is van oordeel dat eiseres, op wie de bewijslast rust, door de in 2.4 aangeduide kilometervergoedingen enkel te schatten zonder het bijhouden van een kilometeradmistratie, niet aannemelijk heeft gemaakt dat, en tot welke omvang, de uitgekeerde kilometervergoedingen betrekking hebben op werkelijk door de zoon voor eiseres verreden zakelijke kilometers. Gelet op het bepaalde in artikel 28, eerste lid, aanhef en onder c, Wet LB, gelezen in het licht van de ontstaansgeschiedenis van dit artikel, acht de rechtbank geen grond aanwezig voor het oordeel dat artikel 68 URLB2001 onverbindend zou zijn. Derhalve is geen sprake van vrije vergoedingen, zodat de verrekende vergoedingen tot het loon van de zoon behoren. Het bedoelde loon is genoten op het tijdstip waarop eiseres en de zoon, gelijk verweerder heeft gesteld in de eerste alinea op pagina 6 van zijn verweerschrift, (via onderhandelingen) de omvang van het aantal te vergoeden kilometers hebben vastgesteld. Naar de rechtbank uit de gedingstukken begrijpt, is die omvang eerst geruime tijd na afloop van het desbetreffende kalenderjaar schattenderwijs bepaald op of vlak voor het moment waarop de verrekening in rekeningcourant heeft plaatsgevonden. Verweerder heeft zijn andersluidende opvatting niet aannemelijk weten te maken. Derhalve is dit loon door de zoon genoten in oktober 2002 respectievelijk oktober 2003. De rechtbank stelt vast dat het laatstgenoemde genietingsmoment is gelegen buiten het tijdvak van naheffing, zodat de kilometervergoeding over 2002 ten onrechte in de bestreden naheffingsaanslag is begrepen.
4.5 Gelet op de onder 2.7 vastgestelde feiten heeft verweerder zijn stelling dat verhaal voor eiseres niet mogelijk zal zijn, niet aannemelijk gemaakt, zodat hij ten onrechte het tabeltarief als bedoeld in artikel 31, derde lid, aanhef en onder a, Wet LB heeft toegepast.
4.6 De rechtbank volgt partijen in hun eenparige standpunt dat de onder 2.5 vermelde correctie wegens netto loonbetalingen voor de bepaling van de verschuldigde heffingsrente moet worden toegerekend aan het jaar 2002. Voorts leidt hetgeen onder 4.4 is overwogen ertoe dat de aldaar besproken correctie voor de bepaling van de verschuldigde heffingsrente eveneens aan het jaar 2002 moet worden toegerekend. Derhalve vangt het tijdvak waarover de heffingsrente dient te worden berekend aan op 1 januari 2003, zodat verweerder de verschuldigde heffingsrente te hoog heeft vastgesteld.
4.7 In het kader van de beoordeling van de boete is de rechtbank van oordeel dat eiseres had kunnen en behoren te weten dat de vaststelling van een kilometervergoeding op basis van een achteraf gemaakte schatting, zonder dat daaraan enige administratieve vastlegging ten grondslag ligt, onvoldoende is om die vergoeding onbelast te kunnen uitbetalen. Het is daarom aan haar grove onachtzaamheid te wijten dat te weinig belasting is afgedragen, zodat sprake is van een geval van grove schuld. De rechtbank acht de stellingen van eiseres ter zake van het onbelast moeten laten van de kilometervergoedingen niet pleitbaar, zodat een boete op die grond niet achterwege hoeft te blijven. Een boete van 25 procent over de nageheven belasting acht de rechtbank passend en geboden.
4.8 Het voorgaande leidt tot de conclusie dat het beroep gegrond moet worden verklaard. De rechtbank zal de naheffingsaanslag verminderen tot op € 1.421 (42% van € 2.723 plus 37,6% van € 741). De heffingsrente dient verminderd te worden tot op € 152 en de boete tot op € 285.