Beoordeling van het geschil
4.1 De Hoge Raad is in zijn uitspraak van 1 december 2006, nr. 40.518 (gepubliceerd in onder meer V-N 2006/62.4) teruggekomen op zijn eerdere jurisprudentie dat een belastingplichtige die bij het doen van zijn aangifte gebruik maakte van de diensten van een adviseur, zich niet erop kon beroepen dat hij meende een juiste aangifte te doen en dat het aan zijn adviseur was te wijten dat te weinig belasting is geheven, tenzij de belastingplichtige aantoonde dat hij in redelijkheid niet behoefde te twijfelen aan de fiscale aanvaardbaarheid van de mededelingen of adviezen van de adviseur. Zolang niet kon worden aangenomen dat zodanig uitzonderingsgeval zich voordeed, kwamen ten laste van de belastingplichtige die fouten, gedragingen, nalatigheden of verzwijgingen ten aanzien waarvan de adviseur opzet of grove schuld is te verwijten, aldus de Hoge Raad in zijn uitspraak van 15 juli 1988, nr. 24483 (BNB 1988/270). Terugkomend op deze eerdere jurisprudentie, waarbij de Hoge Raad verwijst naar het zogenoemde IJzerdraadarrest van de strafkamer van de Hoge Raad (HR 23 februari 1954, NJ 1954, 378), acht de Hoge Raad het thans geraden ook voor fiscale vergrijpboetes de mogelijkheid van toerekening van opzet of grove schuld van een ander dan de belastingplichtige aan de belastingplichtige uit te sluiten. Zulks, aldus vervolgt de Hoge Raad in zijn uitspraak van 1 december 2006, voorkomt dat op grond van een dergelijke toerekening strijd zou kunnen ontstaan met de in artikel 6, lid 2, EVRM neergelegde eis dat een ieder tegen wie een vervolging is ingesteld, voor onschuldig wordt gehouden totdat zijn schuld in rechte is komen vast te staan.
4.2 Weliswaar gaat het in de onderhavige procedure om een verzuimboete als bedoeld in artikel 67c van de AWR, waarbij niet het vereiste geldt dat aan de zijde van de belastingplichtige sprake moet zijn van opzet of grove schuld, maar naar het oordeel van de rechtbank wordt ook dan een zekere mate van schuld voorondersteld, bij gebreke waarvan de boete komt te vervallen wegens afwezigheid van alle schuld.
4.3 Ter zitting hebben partijen eenparig verklaard dat eiseres zijnde een besloten vennootschap niet zelf de veronderstelde mate van schuld kan hebben, maar dat deze schuld aanwezig moet zijn bij haar directeur, de heer [directeur]. De rechtbank heeft geen aanleiding deze zienswijze van partijen niet te volgen, zodat de vraag moet worden beantwoord of bij de directeur van eiseres sprake is van afwezigheid van alle schuld. Naar de rechtbank begrijpt heeft de (directeur van) eiseres zich op afwezigheid van alle schuld beroepen, omdat hem persoonlijk geen enkel verwijt kan worden gemaakt, aangezien hij het verzorgen van de aangifte loonheffing heeft opgedragen aan de (ter zake deskundige) controller van de [naam] Groep, in de persoon van de heer [controller].
4.4 Verweerder heeft, na aangegeven te hebben niet in zijn verdedigingsbelang te zijn geschaad, ter zitting aangegeven dat nu die controller in dienstbetrekking staat tot bedoelde [naam] Groep, meergenoemde uitspraak van de Hoge Raad van 1 december 2006 toepassing mist. Naar het oordeel van de rechtbank geeft dit blijk van een onjuiste rechtsopvatting. De rechtbank verwijst daartoe naar de uitspraak van de Hoge Raad van 31 januari 1990,
nr. 26109 (onder meer gepubliceerd in BNB 1990/93), waarin de Hoge Raad heeft geoordeeld dat de toerekening van opzet of grove schuld als hiervoor bedoeld niet alleen geldt voor een adviseur, maar eveneens ziet op de toerekening van opzet of grove schuld van een werknemer.
4.5 Verweerder heeft niet gesteld, althans niet of onvoldoende, aannemelijk gemaakt, dat door (de directeur van) eiseres persoonlijk enig verwijt kan worden gemaakt van de omstandigheid dat de deskundige, aan wie zij het doen van de aangifte heeft overgelaten, een onjuiste aangifte heeft opgesteld. Met name heeft verweerder niet gesteld, althans niet of onvoldoende, aannemelijk gemaakt, dat (de directeur van) eiseres niet de zorg zou hebben betracht die redelijkerwijs van hem kan worden verwacht bij de keuze van de hiervoor genoemde deskundige, en de samenwerking met deze. Onder deze omstandigheden komt de rechtbank tot de slotsom dat bij (de directeur van) eiseres sprake is van afwezigheid van alle schuld.
4.6 Gelet op het vorenoverwogene dient het beroep gegrond te worden verklaard.