Beoordeling van het geschil
4.1 Ingevolge artikel 8 van de Wet op de vennootschapsbelasting 1969 juncto artikel 14 van de Wet IB 1964 - voor zover hier relevant - kan, ingeval de opbrengst bij vervreemding van een bedrijfsmiddel de boekwaarde van dat bedrijfsmiddel overtreft, bij het bepalen van de in een kalenderjaar genoten winst in elk geval, indien en zolang het voornemen tot vervanging van het bedrijfsmiddel bestaat, het verschil gereserveerd worden en blijven tot vermindering van de in aanmerking te nemen kosten van vervanging.
4.2 In de wetsgeschiedenis van artikel 14 van de Wet IB 1964 is onder meer het volgende aan de orde gekomen.
"In art. 14 hebben de vervangingsreserve van art. 11 van het Besluit en de faciliteiten op grond van § 14, negende lid, Leidraad bij de Wet Belastingherziening 1950 een belangrijk bredere wettelijke grondslag gekregen. De vervangingsreserve zal nu ook kunnen worden gevormd tot het bedrag waarmede de opbrengst bij vervreemding van de in het artikel aangeduide lichamelijke bedrijfsmiddelen de boekwaarde daarvan te boven gaat, indien de vervreemding met vervangingsoogmerk geschiedt. Hierdoor is bij het vervangen van bedrijfsmiddelen in het belang van de modernisering van de bedrijfsuitrusting het fiscale bezwaar van afrekening over de stille reserves welke in de oude bedrijfsmiddelen schuilen weggenomen." (Korte toelichting Wet IB 1964, § 13, zesde lid, eerste alinea).
"Vergeleken met art. 11 Besluit IB 1941 wordt in art. 14 een belangrijke uitbreiding voorgesteld. De vervangingsreserve zal nu ook kunnen worden gevormd tot het bedrag waarmede de opbrengst bij vervreemding van de in het artikel aangeduide lichamelijke bedrijfsmiddelen de boekwaarde daarvan te boven gaat indien de vervreemding met vervangingsoogmerk geschiedt. Hierdoor is aan het vervangen van deze bedrijfsmiddelen, zulks in het belang van de modernisering van de bedrijfsuitrusting, het fiscale bezwaar van afrekening over de stille reserves welke in de oude bedrijfsmiddelen schuilen, ontnomen." (MvT, blz. 36 rk).
"De regeling vervat in art. 14 is ontleend aan art. 11 Besluit IB 1941. Art. 14 opent de mogelijkheid om winsten van het ene naar het andere jaar te verschuiven in gevallen waarin dit naar goed koopmansgebruik niet kan plaatsvinden." (MvT, blz. 36).
4.3 In de wetsgeschiedenis van het hiervoor onder punt 4.2 genoemde artikel 11 Besluit IB 1941 - dat kort gezegd betrekking had op teloorgegane bedrijfsmiddelen - komt onder meer het volgende naar voren.
"Art. 11 Besluit IB 1941 voorkomt voor de belastingplichtige een liquiditeitsnadeel en een rentenadeel, op gelijke voet als de facultatieve vervroegde afschrijving een liquiditeitsvoordeel en een rentevoordeel oplevert. Bij de schadegevallen is echter voor natuurlijke personen een ander voordeel, hetwelk bij de vervroegde afschrijving doorgaans op het tweede plan staat, veelal van overheersende betekenis: het vermijden van de progressie in het tarief door het verschuiven van de boekwinst naar de reeks van jaren van gebruik van het vervangende actief; in die gebruiksjaren kan immers het ineens afgeschreven bedrag niet nogmaals worden afgeschreven." (MvT bij Wet Belastingherziening 1950).
4.4 Per 1 januari 2001 is de in artikel 14 van de Wet IB 1964 neergelegde vervangingsreserve vervangen door de herinvesteringsreserve, opgenomen in artikel 3.54 van de Wet inkomstenbelasting 2001. Tijdens de parlementaire behandeling van laatstgenoemd artikel hebben de leden van de VVD-fractie aan de Staatssecretaris van Financiën gevraagd of het begrip opbrengst dat wordt gehanteerd in de regeling van de herinvesteringsreserve een brutobegrip is of dat van de opbrengst eerst de kosten die samenhangen met de vervreemding moeten worden afgetrokken. Het antwoord van de staatssecretaris van Financiën op deze vraag luidde: (…) "dat geen ander begrip is bedoeld dan het overeenkomstige begrip in de huidige regeling van de vervangingsreserve. Dit houdt in dat niet wordt uitgegaan van een bruto begrip, maar dat voor het bepalen van de opbrengst rekening dient te worden gehouden met eventuele kosten van vervreemding. Met andere woorden, in de herinvesteringsreserve wordt niets anders opgenomen dan hetgeen als winst zou zijn verantwoord." (NV, Kamerstukken II 2000-2001, 27209, nr.6).
4.5 Uit hetgeen hiervoor onder de punten 4.1 tot en met 4.3 is weergegeven uit de wetsgeschiedenis van artikel 14 van de Wet IB 1964, volgt naar het oordeel van de rechtbank dat de wetgever door de invoering van de vervangingsreserve onder omstandigheden - in weerwil van goed koopmansgebruik - bij de vervreemding van bedrijfsmiddelen uitstel van winstneming heeft toegestaan, teneinde de ondernemer zonder liquiditeits- en rentenadelen in staat te stellen de uitgaven voor de vervanging van de desbetreffende bedrijfsmiddelen te financieren. De wetgever heeft aldus de ondernemer de mogelijkheid willen bieden om hetgeen bij de vervreemding van bedrijfsmiddelen als winst zou zijn verantwoord, te reserveren ter financiering van de uitgaven voor de vervangende bedrijfsmiddelen.
4.6 In bedrijfseconomische zin ontstaat naar het oordeel van de rechtbank vervreemdingsopbrengst, nadat de rechtstreeks aan de vervreemding toerekenbare kosten zijn goedgemaakt.
4.7 Bij de aan de wetgeschiedenis ontleende ratio van artikel 14 van de Wet IB 1964 (zie het hiervoor onder punt 4.5 overwogene), past naar het oordeel van de rechtbank de onder punt 4.6 bedoelde bedrijfseconomische interpretatie van het begrip "opbrengst". De rechtbank is aldus van oordeel dat onder het in artikel 14 van de Wet IB 1964 bezigde begrip "opbrengst" moet worden verstaan de bij de vervreemding van een bedrijfsmiddel verkregen tegenprestatie verminderd met de rechtstreeks aan die vervreemding toerekenbare kosten. De rechtbank wordt in dit oordeel gesterkt door het hiervoor onder punt 4.4 overwogene. De rechtbank wijst eiseres er hierbij op dat, voorzover de tegenprestatie ziet op goedmaking van de rechtstreeks aan de vervreemding toerekenbare kosten, geen sprake is van winst waarover zou moeten worden afgerekend, zodat het fiscale bezwaar van afrekening zich in zoverre niet voordoet. Indien bij de realisatie van een bij de vervreemding van een bedrijfsmiddel verkregen tegenprestatie - conform eiseres' standpunt - de ten laste van het resultaat gebrachte aan die vervreemding toerekenbare kosten niet direct zouden worden goedgemaakt en de verkregen tegenprestatie volledig zou worden gereserveerd voor het vervangende bedrijfsmiddel, zou naar het oordeel van de rechtbank door het aldus ontstane fiscale voordeel een door de wetgever onbedoeld liquiditeits- en rentevoordeel worden genoten.
4.8 Voor zover eiseres ter onderbouwing van haar visie aanknoping heeft gezocht bij het arrest van de Hoge Raad van 19 oktober 1988, BNB 1989/43, overweegt de rechtbank dat in dat arrest, waarin de vraag aan de orde was of de deelnemingsvrijstelling een bruto- of een nettovrijstelling is, de Hoge Raad heeft overwogen dat op grond van de wetsgeschiedenis moet worden aangenomen dat de wetgever met betrekking tot binnenlandse deelnemingen uitdrukkelijk heeft gekozen voor een brutovrijstelling. Naar het oordeel van de rechtbank valt uit de wetsgeschiedenis van artikel 14 van de Wet IB 1964 een dergelijke nadrukkelijke keuze van de wetgever geenszins op te maken. De rechtbank is derhalve van oordeel dat aan evenbedoeld arrest van de Hoge Raad geen conclusie kan worden verbonden ter zake van de onderhavige kwestie.
4.9 Uit het voorgaande volgt dat de voor de toepassing van artikel 14 van de Wet IB 1964 de opbrengst bij de vervreemding van de vijf vakantiewoningen dient te worden gesteld op de tegenprestatie van ƒ 1.084.951,-- verminderd met de aan deze vervreemding toerekenbare kosten van ƒ 123.081,-- ofwel op een bedrag van ƒ 961.870,--. Nu de boekwaarde van de vakantiewoningen ƒ 945.951,-- bedraagt, kan derhalve tot een bedrag van ƒ 15.919,-- ter zake van de vervreemding van de vakantiewoningen een vervangingsreserve worden gevormd.
4.10 Het voorgaande leidt tot de slotsom dat de rechtbank eiseres' standpunt niet kan volgen en zal beslissen conform de conclusie van verweerder, zoals hiervoor weergegeven onder punt 3.5.