Op grond van de stukken van het geding en het verhandelde ter zitting staat, als tussen partijen niet in geschil, dan wel door een van hen gesteld en door de wederpartij niet of niet voldoende weersproken, het volgende vast:
2.1 Eiseres is exploitant van binnenschepen en heeft in het kader van de bedrijfsuitoefening in de loop van 2003 gekozen voor een groter en nieuwer schip. Het motorbeunschip "[X]", dat tot dat moment in gebruik was, is verkocht en het container-motorvrachtschip "[Y]" is aangekocht. Deze transacties zijn in eerste instantie overeengekomen met [Z] AG ([Z]) te [plaats] in Zwitserland. Naderhand heeft [Z] bedongen dat de levering van het motorschip "[Y]" via of door een andere ondernemer zou geschieden.
2.2 Met dagtekening 14 oktober 2003 heeft [Q Handel en Transport] BV te [plaats] in verband met de aankoop van het motorschip "[Y]" onder nummer "R 370042 A" een creditfactuur opgemaakt voor [Z] voor een bedrag van
€ 2.909.000,-- vermeerderd met 19% btw groot € 552.710,--.
2.3 Op 14 oktober 2003 zijn onder andere de onder 2.6 en 2.7 te vermelden transacties voorbereid op het kantoor van notaris mr. H. Steenhuis te Urk. Bij die gelegenheid is door [A] wegens de verkoop en levering van de "[Y]" een factuur opgemaakt bestemd voor eiseres. Deze factuur bevat de volgende relevante elementen:
- leverancier: "[Q Handel en Transport] bv", [adres]
- btw-nummer: [nummer]
- KvK Rotterdam: [nummer]
- datum: "14 oktober" (jaartal ontbreekt)
- factuurnummer: R 370042
- afnemer: [eiseres], [adres]
- omschrijving: verkocht en geleverd ms "[Y]", bouwjaar 2001, china 2980 ton, afmeting 1105 x b 11.45 x 3.50. Zoals gezien en goed bevonden op 16 juni 2003 te Rotterdam
- afrekening: € 2.909.000,--
Aanbetaald door [eiseres] -/- € 725.000,--
Totaal btw (19%): € 552.710,--
Nog te betalen door [eiseres] € 2.736.710,--
Deze factuur is op 14 oktober 2003 overhandigd aan (een medewerker van) de notaris ter verwerking daarvan in de leveringsakte. De op deze factuur in rekening gebrachte omzetbelasting is niet op aangifte voldaan.
2.4 Met dagtekening 16 oktober 2003 heeft eiseres onder toepassing van het nultarief voor de verkoop van het motorbeunschip "[X]" aan [Z] een factuur tot een bedrag van € 1.043.694,50 uitgereikt.
2.5 Op 17 oktober 2003 heeft [Z] bij notariële akte het stalen container-motorvrachtschip "[Y]" gekocht van [Q] Machines en Transportmiddelen BV voor een prijs (exclusief btw) van € 2.700.000,--. Over de levering van het schip is bepaald dat deze niet in Nederland doch in Zwitserland zou geschieden.
2.6 Op 17 oktober 2003 heeft eiseres bij notariële akte het stalen container-motorvrachtschip "[Y]" gekocht van [Q] Machines en Transportmiddelen BV, gevestigd te [plaats]. De feitelijke levering van dit schip heeft terstond na het sluiten van de overeenkomst plaatsgevonden. Het schip bevond zich op dat moment in Nederland. De overeengekomen prijs bedroeg € 2.909.000,-- te vermeerderen met 19% omzetbelasting ad € 552.710,--.
2.7 Op 17 oktober 2003 heeft eiseres bij notariële akte het stalen motorbeunschip "[X]" verkocht en feitelijk geleverd aan [Z]. De overeengekomen koopprijs bedroeg € 1.043.694,50. In de akte wordt onder artikel 1, onder 2, vermeld dat koper het vaartuig zal uitvoeren uit Nederland. Wegens deze (voorgenomen) uitvoer door de koper heeft eiseres geen omzetbelasting in rekening gebracht.
2.8 De verkoop van het motorschip "[X]" vond plaats inclusief een bevrachtingsovereenkomst met een resterende looptijd van drie jaar.
2.9 Gedagtekend 17 november 2003 heeft eiseres haar aangifte omzetbelasting, strekkende tot een teruggaaf van € 570.795,--, ingediend over het tijdvak oktober 2003. Dit bedrag betreft blijkens de aangifte uitsluitend voorbelasting. In de aangifte is geen melding gemaakt van de onder 2.2 omschreven door eiseres verrichte levering.
2.10 Volgens het op 14 oktober 2003 door de Kamer van Koophandel Rotterdam afgegeven uittreksel van dossiernummer [nummer] uit het handelsregister is [A] als directeur zelfstandig bevoegd de besloten vennootschap "[Q] Machines en Transportmiddelen BV" te vertegenwoordigen.
2.11 Ten tijde van de bovenvermelde transacties stond het onder 2.3 vermelde btw-nummer op naam van "[B] BV". [Q Handel en Transport] BV noch [Q] Machines en Transportmiddelen BV was op 14 oktober 2003 bekend bij de Belastingdienst als ondernemer voor de omzetbelasting. Op 23 maart 2004 is de naam van "[B] BV" gewijzigd in "[Q] Machines en Transportmiddelen BV". Onder laatstgenoemde naam heeft deze vennootschap zich op 21 april 2004 bij de Belastingdienst geregistreerd voor de omzetbelasting.
2.12 Na op 28 november 2003 verleende machtiging daartoe van de arrondissementsrechtbank te Zwolle is de teboekstelling van het motorschip "[X]" op 3 december 2003 doorgehaald. De uitvoer van de "[X]" naar Zwitserland heeft plaatsgevonden op 23 februari 2004.
2.13 Na een onderzoek naar het vermelde verzoek om teruggaaf heeft verweerder op 2 juli 2004 aangekondigd dat over het tijdvak oktober 2003 geen teruggaaf zal worden verleend, maar dat een naheffingsaanslag van € 180.216 zal worden opgelegd. Bij brief van 2 juli 2004 is eiseres tevens in kennis gesteld van het voornemen tot het opleggen van een boete van € 10.000.
2.14 Op 7 juli 2004 is door de Belastingdienst in een "Verklaring omtrent de hoedanigheid van belastingplichtige" aangegeven dat [Q] Machines en Transportmiddelen BV te [plaats] onder nummer [nummer] aan de belasting over de toegevoegde waarde is onderworpen.
2.15 Bij brief van 9 september 2004 heeft verweerder het verzoek om teruggaaf afgewezen.
2.16 Bij brief van 9 september 2004 is aan eiseres medegedeeld dat een boete van
€ 10.000,-- zal worden opgelegd.
2.17 Met dagtekening 28 september 2004 is de onder 1.1 beschreven naheffingsaanslag met boete en heffingsrente aan eiseres opgelegd.
2.18 Op 6 oktober 2004 heeft eiseres bezwaar gemaakt tegen de naheffingsaanslag. Bij afzonderlijk schrijven heeft eiseres eveneens op 6 oktober 2004 bezwaar gemaakt tegen de weigering van de verzochte teruggaaf.
2.19 Op 11 januari 2005 heeft verweerder in hetzelfde geschrift zijn beslissing op de beide bezwaarschriften aan eiseres kenbaar gemaakt. Daarbij heeft hij aangekondigd dat met betrekking tot de naheffingsaanslag nog een formele uitspraak zal volgen, waarin voor de motivering zal worden verwezen naar het schrijven van 11 oktober 2005. Tevens heeft verweerder aangegeven dat met betrekking tot het bezwaar tegen de afwijzende teruggaafbeschikking geen afzonderlijke formele uitspraak zal volgen.
2.20 Met dagtekening 21 januari 2005 heeft verweerder de uitspraak op het bezwaar tegen de naheffingsaanslag gedaan.
2.21 Op 3 maart 2005 is het beroepschrift van eiseres ontvangen. Naar luid betreft het beroep zowel de afwijzing van het verzoek om teruggaaf ten aanzien van de aankoop van het motorschip "[Y]" als de naheffingsaanslag die is opgelegd ten aanzien van de verkoop van het motorschip "[X]".