De rechtbank overweegt als volgt.
2.5 Het in dit geding aan de orde zijnde geschil wordt beoordeeld aan de hand van de WAO en de daarop berustende bepalingen, zoals die luidden ten tijde hier van belang.
2.6 Ingevolge artikel 35, eerste lid, van de WAO gaat de arbeidsongeschiktheidsuitkering in op de dag, met ingang van welke de belanghebbende aan de vereisten voor het recht op toekenning van de uitkering voldoet. In het tweede lid is bepaald dat in afwijking van het eerste lid de arbeidsongeschiktheidsuitkering niet vroeger kan ingaan dan een jaar vóór de dag, waarop de aanvraag werd ingediend.
2.7 In artikel 43, vijfde lid, van de WAO is bepaald dat de arbeidsongeschiktheidsuitkering wordt ingetrokken, indien degene die recht heeft op arbeidsongeschiktheidsuitkering rechtens zijn vrijheid is ontnomen, vanaf de dag dat deze vrijheidsontneming één maand heeft geduurd.
2.8 Ingevolge artikel 47b, eerste lid, heeft de persoon wiens arbeidsongeschiktheidsuitkering op grond van artikel 43, vijfde lid, is ingetrokken vanaf de dag dat hij in vrijheid wordt gesteld met inachtneming van de bepalingen van deze wet aanspraak op heropening van de arbeidsongeschiktheidsuitkering, indien hij op die dag arbeidsongeschikt is. Volgens artikel 47b, derde lid, van de WAO zijn de artikelen 19, vierde lid, 35 en 47, zevende lid, van overeenkomstige toepassing met betrekking tot de aanspraak op heropening van de arbeidsongeschiktheidsuitkering, bedoeld in dit artikel.
2.9 Niet in geschil is dat eiser over de periode van 1 januari 2004 tot 27 augustus 2004 recht heeft op een volledige WAO-uitkering en dat hij over de perioden dat hij gedetineerd is geweest, met uitzondering van de eerste maand van die perioden, geen recht heeft op WAO-uitkering. Voorts is niet in geschil dat eiser doorlopend 80-100% arbeidsongeschikt wordt geacht.
2.10 In geschil is in de eerste plaats of verweerder eisers WAO-uitkering op goede gronden eerst per 11 april 2007 heeft heropend, nadat hij heeft besloten die uitkering wegens de op 27 juli 2004 aangevangen detentieperiode per 27 augustus 2004 te beëindigen.
2.11 Verweerder heeft zich bij zijn besluitvorming ter zake van het moment van heropening van eisers WAO-uitkering gebaseerd op artikel 47b van de WAO in samenhang met artikel 35, tweede lid, van de WAO. Uit de bepalingen volgt, zo blijkt ook uit de jurisprudentie van de Centrale Raad van Beroep, inderdaad dat indien de WAO-uitkering is ingetrokken wegens detentie, de belanghebbende zelf moet vragen om heropening van de uitkering nadat de detentie is afgelopen. De uitkering kan dan niet eerder ingaan dan het tijdstip waarop om heropening is gevraagd. De rechtbank is echter van oordeel dat deze bepalingen niet kunnen worden toepast in de onderhavige situatie, waarbij verweerder eisers uitkering pas in oktober 2010 heeft ingetrokken wegens eerdere detenties in de periode 2004 - 2007. Onder deze omstandigheden kon niet van eiser worden verwacht dat hij, terwijl zijn uitkering nog niet was ingetrokken wegens detentie, bij invrijheidstelling telkens wel om heropening van zijn uitkering vroeg. Daarbij komt dat uit de gedingstukken blijkt dat eiser in de genoemde jaren meermaals contact heeft gehad met verweerder teneinde te bewerkstelligen dat zijn uitkering weer werd uitbetaald, welke op dat moment om andere redenen niet werd uitbetaald of was ingetrokken. Verweerder heeft naar oordeel van de rechtbank dan ook ten onrechte artikel 47b van de WAO in samenhang met artikel 35, tweede lid, van de WAO toegepast in de situatie van eiser.
2.12 Uit het vorenstaande volgt dat verweerder, nu sprake is van een onjuiste wetstoepassing, niet deugdelijk heeft gemotiveerd dat eisers per 27 augustus 2004 ingetrokken WAO-uitkering eerst per 11 april 2007 kan worden heropend en aan eiser over de (gehele) periode van 27 augustus 2004 tot 1 december 2004 onverschuldigd een uitkering krachtens de WAO en de TW is betaald. Het beroep zal derhalve gegrond worden verklaard en het bestreden besluit zal worden vernietigd wegens schending van artikel 7:12 van de Algemene wet bestuursrecht (Awb).
2.13 De rechtbank heeft overwogen verweerder na een tussenbeslissing in de gelegenheid te stellen voormeld gebrek te herstellen, omdat naar het oordeel van de rechtbank eiser in elk geval wel kan worden tegengeworpen dat hij ter zake van zijn eerste detentieperiode, toen zijn WAO-uitkering nog niet was geschorst of ingetrokken, de inlichtingenverplichting op grond van de WAO heeft geschonden door toen die detentie niet bij verweerder melden. Het gewijzigde besluit dat daaruit zou kunnen voortvloeien is echter zodanig anders van karakter dat het toepassen van de bestuurlijke lus in dit geval niet is aangewezen.
2.14 Met het oog op het door verweerder nieuw te nemen besluit op bezwaar overweegt de rechtbank nog het volgende.
2.15 Het standpunt van verweerder dat eiser gehouden kan worden aan zijn eigen opgave van detentieperiodes, zoals is gedaan op 14 oktober 2010 kan voor wat betreft de periode van 20 december 2005 tot 29 augustus 2006 zonder nadere motivering niet worden gevolgd. Uit het bewijsstuk dat eiser in beroep heeft overgelegd komt naar voren dat eiser zich in die periode heeft onttrokken aan zijn detentie. Dit is van belang, omdat op dat moment het huidige artikel 47c van de WAO nog niet gold. Die bepaling, waarin is geregeld dat ook geen recht op uitkering bestaat in geval iemand zich ontrekt aan zijn vrijheidsstraf, is pas per 1 januari 2011 in werking getreden. Indien verweerder ondanks het door eiser overgelegde bewijsstuk twijfelt aan de onttrekking, ligt het op de weg van verweerder hiernaar nader onderzoek te doen.
2.16 Eisers stelling dat zijn maatmanloon niet juist is vastgesteld en daardoor ook de berekeningen van de korting van zijn inkomsten uit arbeid over perioden in 2007 en 2008 niet juist zijn, kan zonder nadere motivering niet worden gevolgd. Verweerder heeft voldoende duidelijk gemaakt hoe het maatmanloon is vastgesteld, van welke inkomensgegevens is uitgegaan en op welke wijze de berekeningen ter zake van de korting van die inkomsten zijn uitgevoerd.
2.17 Er bestaat aanleiding voor een proceskostenveroordeling ten aanzien van verweerder.