Overwegingen
1. De derde-partij betoogt dat het bezwaar en het beroep niet-ontvankelijk zijn omdat eiseres geen feitelijke werkzaamheden verricht in de zin van artikel 1:2, derde lid, van de Algemene wet bestuursrecht (hierna: Awb) en zij dus geen belanghebbende is.
2. Omdat het beroepschrift van eiseres is gericht tegen een besluit dat is genomen naar aanleiding van een door haar gemaakt bezwaar, is eiseres belanghebbende bij dat besluit.
3. Met betrekking tot de vraag of verweerder eiseres terecht als belanghebbende heeft aangemerkt overweegt de rechtbank als volgt.
4. Ingevolge het bepaalde in artikel 8:1 juncto artikel 7:1 van de Awb kan een belanghebbende tegen een besluit bezwaar maken.
Ingevolge artikel 1:2, eerste lid, wordt onder belanghebbende verstaan degene wiens belang rechtstreeks bij een besluit is betrokken.
Ingevolge het derde lid worden ten aanzien van rechtspersonen als hun belangen mede beschouwd de algemene en collectieve belangen die zij krachtens hun doelstellingen en blijkens hun feitelijke werkzaamheden in het bijzonder behartigen.
5. Eiseres heeft blijkens artikel 2, eerste lid, van de statuten als doel:
het beschermen, behouden en het zo mogelijk verbeteren van de kwaliteit van de woon- en leefomgeving, waaronder begrepen de natuurlijke, ecologische, milieu- en landschappelijke waarden en de cultuurhistorische en archeologische waarden binnen het werkgebied. Daaronder tevens begrepen: de flora en de fauna, de bescherming van natuurgebieden, de kwaliteit van het milieu waaronder de lucht, de bodem en het water. Voorts het nastreven van een goede ruimtelijke ordening binnen het werkgebied, waaronder met name het beperken van overlast door verkeersbewegingen, alles in de ruimste zin van het woord.
Het tweede lid van artikel 2 geeft een opsomming van de feitelijke werkzaamheden.
Eiseres tracht haar doel te bereiken door, samengevat weergegeven, informatie-uitwisseling met organisaties, welke dezelfde of verwante doelstellingen hebben, het onderhouden van contacten met overheidsorganen en ambtelijke organisaties en het gevraagd en ongevraagd verstrekken van advies en het beïnvloeden van overheidsbeleid en -besluitvorming, het verstrekken van informatie aan omwonenden en derden door diverse communicatiemiddelen en samenwerking met de media en het organiseren van activiteiten in de ruimste zin des woords die dienstig zijn aan het bereiken van het statutaire doel.
Ter zitting heeft [naam] een toelichting gegeven op de feitelijke werkzaamheden die worden verricht, en zijn ter ondersteuning daarvan stukken overgelegd, voornamelijk bestaande uit publicaties van zijn hand in dag- en weekbladen.
De rechtbank komt aan de hand hiervan tot de conclusie dat het daarbij gaat om feitelijke werkzaamheden als bedoeld in het tweede lid van artikel 2 van de statuten, waarbij de activiteiten zich bewegen binnen het statutaire doel. Dat de overgelegde publicaties van de hand van [naam] niet in alle gevallen vermelden dat deze (mede) zijn geschreven vanuit zijn functie als voorzitter van eiseres, en deze vooral betrekking hebben op nut en noodzaak van de woningbouw ter plaatse, doet daaraan naar het oordeel van de rechtbank niet af. De rechtbank neemt daarbij in aanmerking dat de woningbouw en de bescherming van het foerageergebied van de steenuilen in dit geval twee zijden vormen van dezelfde medaille en beide onderdelen binnen het statutaire doel blijven. Voorts acht de rechtbank het voldoende aannemelijk dat de heer [naam], gelet op het onderwerp van zijn bijdragen, in de regel optreedt in zijn hoedanigheid van voorzitter van eiseres, ook in die gevallen dat dat niet expliciet wordt vermeld.
De rechtbank komt dan ook tot de conclusie dat verweerder eiseres in bezwaar terecht als belanghebbende heeft aangemerkt en het bezwaar terecht ontvankelijk geacht.
6. Aan het dossier ontleent de rechtbank, voor zover hier van belang, het volgende.
Het plangebied “Nimmer Dor”(verder: het plangebied), ten behoeve waarvan de ontheffing is verleend, ligt ten noorden van de Zwietenlaan, ten oosten van de Harderwijkerweg en ten westen van de Prof. Talmaweg te Laag Soeren. Het plangebied is verdeeld in een zuidelijk gebied en een noordelijk gebied. De woningbouw zal, gefaseerd, worden gerealiseerd op het zuidelijke deel. Tot 2008 hadden drie steenuilenpaartjes nesten direct buiten het zuidelijk plangebied, daarna twee, één aan de Harderwijkerweg ten westen van het plangebied en één ten oosten van de Prof. Talmaweg. De derde-partij heeft het zuidelijke deel van het plangebied vanaf 2011, met het oog op de realisering van woningbouw, periodiek laten ploegen en frezen. Met betrekking tot dit ploegen en frezen is bij verweerder een verzoek om handhaving ingediend op de grond dat deze activiteiten zonder Ffw-ontheffing worden verricht. Nadat dit verzoek aanvankelijk was afgewezen bij besluit van 22 april 2014 heeft verweerder bij het besluit op bezwaar van 12 november 2013, gewijzigd bij besluit van 14 november 2014, zich op het standpunt gesteld dat eerst wanneer op basis van aanvullende door de gemeente Rheden te verstrekken gegevens kan worden vastgesteld dat het zuidelijke gedeelte van het plangebied geen essentieel onderdeel uitmaakt van het functionele leefgebied van de steenuil, dit gedeelte van het plangebied opnieuw, zonder Ffw-vergunning, mag worden geploegd en gefreesd.
Tegen dit besluit heeft de derde-partij beroep ingesteld bij de rechtbank, welk beroep bij de rechtbank is geregistreerd onder nummer 14/199.
Verweerder heeft bij het primaire besluit de gemeente Rheden ten behoeve van de woningbouw voor het tijdvak 15 juli 2014 tot en met 14 juli 2019 ontheffing verleend als bedoeld in artikel 75 van de Ffw voor het plangebied. Daarbij heeft verweerder zich op het standpunt gesteld dat tijdens en na de realisering van de woningbouw voldoende foerageergebied voor de steenuilen overblijft en dat aldus geen verstoring van de vaste rust- en verblijfplaatsen zal optreden.
Het tegen dit besluit door eiseres gemaakte bezwaar is bij het bestreden besluit ongegrond verklaard.
Bij brief van 7 maart 2014 heeft eiseres met betrekking tot het ploegen en frezen van het zuidelijke deel van het plangebied wederom een verzoek om handhaving ingediend, dat bij besluit van 31 januari 2014 is afgewezen. Het door eiseres daartegen gemaakte bezwaar is door verweerder ongegrond verklaard, waartegen beroep is ingesteld. Dit beroep is bij de rechtbank geregistreerd onder nummer 14/6585.
7. Bij het bestreden besluit heeft verweerder zich op het standpunt gesteld dat de beide nestlocaties van bovengenoemde broedparen tijdens en na de werkzaamheden behouden blijven en dat tijdens en na de realisatie van de woningbouw voor beide paren, mede gelet op de herinrichting van het noordelijk plandeel ter optimalisatie als foerageergebied, die als voorschrift aan de ontheffing is verbonden, voldoende foerageergebied overblijft. Verweerder heeft daarbij de door de aanvrager van de ontheffing overgelegde rapporten van Bureau Waardenburg en van Arcadis betrokken.
8. Eiseres heeft het bestreden besluit gemotiveerd aangevochten, daarbij verwijzend naar zowel in bezwaar als beroep overgelegde rapporten van EcoNatura en SOVON, die op haar verzoek zijn opgesteld.
Op haar stellingen zal de rechtbank, voor zover nodig, in het navolgende ingaan.
9. Ingevolge artikel 4, eerste lid, aanhef en onder b van de Ffw worden als beschermde inheemse diersoorten aangemerkt alle van nature op het Europese grondgebied van de Lid-Staten van de Europese Unie voorkomende soorten vogels met uitzondering van gedomesticeerde vogels behorende tot bij algemene maatregel van bestuur aangewezen soorten. Ingevolge artikel 11 van de Ffw is het verboden nesten, holen of andere voortplantings- of vaste rust- of verblijfplaatsen van dieren, behorende tot een beschermde inheemse diersoort te beschadigen, te vernielen, uit te halen, weg te nemen of te verstoren.
Ingevolge artikel 75, derde lid, van de Ffw, voor zover thans van belang, kan de minister ontheffing verlenen van het bepaalde bij of krachtens artikel 11.
10. Ter zitting hebben partijen standpunten ingenomen met betrekking tot het referentiepunt omtrent de kwaliteit van het foerageergebied waarvan moet of had moeten worden uitgegaan: de toestand in 2008, de toestand na het ploegen en frezen vanaf 2011, die ten tijde van de aanvraag of die ten tijde van het bestreden besluit.
Wat er van de standpunten ter zake ook zij, naar het oordeel van de rechtbank gaat het hier om de vraag of er tijdens en na de realisering van de woningbouw voldoende foerageergebied voor de betreffende steenuilparen ter beschikking blijft, waardoor de vraag omtrent het referentiepunt niet relevant is voor de beoordeling.
11. Verweerder heeft deze vraag of er voldoende foerageergebied over blijft bevestigend beantwoord, zich daarbij mede baserend op rapporten die in opdracht van de gemeente Rheden zijn uitgebracht door Bureau Waardenburg.
12. Bij uitspraak van 10 september 2014 (ECLI:NL:RVS:2014:3363) heeft de Afdeling bestuursrechtspraak van de Raad van State (verder: de Afdeling) het beroep van eiseres tegen vaststelling door de raad van de gemeente Rheden van het bestemmingsplan “Laag-Soeren Oost”, dat de woningbouw ter plaatse planologisch mogelijk maakt, ongegrond verklaard. Blijkens die uitspraak heeft de Afdeling daarbij mede bezien of de Ffw aan de realisering van het plan in de weg staat en of de raad van de gemeente Rheden zijn standpunt dat dit niet zo is, heeft kunnen baseren op de rapporten van Bureau Waardenburg. De Afdeling heeft daarbij betrokken de rapporten van Bureau Waardenburg van 12 juni 2013, 19 juli 2013 en 15 november 2013, waarin de bevindingen van het door dit bureau in opdracht van de gemeente uitgevoerde onderzoek zijn neergelegd, het rapport van EcoNatura van 24 februari 2014 dat door eiseres is ingebracht en waarin de bevindingen van Bureau Waardenburg worden bekritiseerd, de weerspreking van deze kritiek in het rapport van Arcadis van 27 mei 2014, dat de bevindingen van Bureau Waardenburg onderschrijft, en het rapport van SOVON van 20 juni 2014, waarin de rapporten van Bureau Waardenburg en Arcadis worden bekritiseerd. In genoemde uitspraak heeft de Afdeling geoordeeld dat gelet op de toelichting ter zitting en de uitgebreide weerlegging van de kritiek van EcoNatura in het rapport van Arcadis van 27 mei 2014, de raad de bevindingen van Bureau Waardenburg aan zijn besluitvorming over het bestemmingsplan ten grondslag heeft mogen leggen. Voor de motivering daarvan verwijst de rechtbank kortheidshalve naar deze uitspraak.
13. Ook in het onderhavige geschil baseren partijen hun respectieve standpunten op de in hun opdracht opgestelde rapporten. De rechtbank ziet, mede gegeven hetgeen in de hierboven genoemde uitspraak met betrekking tot deze rapporten is overwogen, geen aanleiding te oordelen dat verweerder zich bij zijn standpunt dat tijdens en na de realisering van de woningbouw voldoende foerageergebied overblijft en dat aldus geen verstoring van de vaste rust- en verblijfplaats van de steenuilpaartjes zal optreden, niet heeft mogen baseren op de rapporten van Bureau Waardenburg.
Voor wat betreft de aanvullende nota van SOVON van 29 augustus 2014 merkt de rechtbank nog op dat die nota geen wezenlijk ander beeld van de situatie schetst dan naar voren komt in de rapporten waarover de Afdeling al heeft geoordeeld. Bovendien kan de rechtbank zich vinden in het commentaar op die nota, zoals gegeven door de Dienst Landelijk Gebied in bijlage 2 bij haar advies van 15 september 2014 en het commentaar van Arcadis zoals dat is verwerkt in de nadere reactie van de derde-belanghebbende van 11 juni 2015.
14. Het beroep is ongegrond. Voor een proceskostenveroordeling bestaat geen aanleiding.