In deze zaak heeft de rechtbank Den Haag op 7 maart 2025 uitspraak gedaan in een geschil tussen een agrarisch bedrijf en het college van Gedeputeerde Staten van Zuid-Holland over de weigering van een natuurvergunning. Eiseres, een veehouderij met kaasmakerij, had een aanvraag ingediend voor een natuurvergunning om haar bedrijf in de bestaande situatie te legaliseren. De aanvraag werd geweigerd omdat verweerder van mening was dat niet kon worden uitgesloten dat de stikstofdepositie op Natura 2000-gebieden significante negatieve effecten zou hebben. Eiseres betoogde dat de stikstofdepositie in de aangevraagde situatie niet toeneemt ten opzichte van de referentiesituatie, die volgens haar gevormd werd door een positieve weigering uit 2011. De rechtbank oordeelde echter dat de referentiesituatie niet kon worden ontleend aan de positieve weigering en dat de stikstofgevolgen niet op de juiste wijze waren berekend. De rechtbank volgde de argumenten van verweerder en concludeerde dat de natuurvergunning terecht was geweigerd. De rechtbank benadrukte dat de gewijzigde rechtspraak over intern salderen van toepassing was en dat significante effecten niet op voorhand konden worden uitgesloten. Het beroep van eiseres werd ongegrond verklaard, en er werd geen proceskostenveroordeling opgelegd.