Overwegingen
1. Tegen het niet tijdig nemen van een besluit kan beroep worden ingesteld. Dit volgt uit artikel 6:2, aanhef en onder b, in samenhang met artikel 7:1, eerste lid, aanhef en onder f, van de Algemene wet bestuursrecht; hierna: Awb). Het beroepschrift kan worden ingediend zodra het bestuursorgaan in gebreke is om op tijd een besluit te nemen en twee weken zijn verstreken nadat een schriftelijke ingebrekestelling door het bestuursorgaan is ontvangen (artikel 6:12, tweede lid, van de Awb).
2. Op grond van artikel 4:13, eerste lid, van de Awb dient een beschikking te worden gegeven binnen de bij wettelijk voorschrift bepaalde termijn of, bij het ontbreken van zulk een termijn, binnen een redelijke termijn na ontvangst van de aanvraag. Op grond van het tweede lid is de in het eerste lid bedoelde redelijke termijn in ieder geval verstreken wanneer het bestuursorgaan binnen acht weken na ontvangst van de aanvraag geen beschikking heeft gegeven, noch een mededeling als bedoeld in artikel 4:14, derde lid, van de Awb, heeft gedaan.
4. Op grond van artikel 4:14, derde lid, van de Awb deelt het bestuursorgaan, indien, bij het ontbreken van een bij wettelijk voorschrift bepaalde termijn, een beschikking niet binnen acht weken kan worden gegeven, dit binnen deze termijn aan de aanvrager mede en noemt het daarbij een redelijke termijn binnen welke de beschikking wel tegemoet kan worden gezien.
5. Op grond van artikel 4:17, eerste lid, van de Awb verbeurt het bestuursorgaan, indien een beschikking op aanvraag niet tijdig wordt gegeven, aan de aanvrager een dwangsom voor elke dag dat het in gebreke is, doch voor ten hoogste tweeënveertig dagen.
6. Vast staat dat verweerder niet tijdig op het handhavingsverzoek heeft beslist. Er gold een termijn van (uiterlijk) acht weken na de datum van het verzoek om handhaving, en een verdagingsbeslissing als bedoeld in artikel 4:14, derde lid, van de Awb is in dit geval niet genomen. Dat betekent dat verweerder uiterlijk op 15 augustus 2019 over het handhavingsverzoek had moeten beslissen. De brief van 14 augustus 2019 waarin verweerder heeft meegedeeld dat het handhavingsverzoek wordt aangehouden omdat voor (een deel van) de geconstateerde afwijkingen een concreet uitzicht op legalisering bestaat, geldt niet als een beslissing op een handhavingsverzoek. Daarbij wordt nog opgemerkt dat die voorgenomen legalisering niet alle afwijkingen betrof. Verweerder had dus uiterlijk op 14 augustus 2019 een handhavingsbesluit moeten nemen, hetgeen niet is gebeurd.
7. Uit het vorenstaande volgt dat het beroep tegen het niet tijdig beslissen door verweerder gegrond is.
8. De rechtbank merkt nog op dat dit dossier volgens de speciale procedure van afdeling 8.2.4a van de Awb (vereenvoudigd) had moeten worden afgedaan. Dit is ten onrechte niet gebeurd en de afhandeling van dit beroep heeft ook overigens veel te lang op zich laten wachten. De rechtbank betreurt dit en biedt daarvoor haar verontschuldigingen aan.
9. Inmiddels heeft verweerder wel besluiten genomen. Bij besluit van
27 november 2019 is een omgevingsvergunning verleend. Daarmee heeft verweerder beoogd om de geconstateerde afwijkingen ten opzichte van de eerder verleende vergunning voor het bouwproject te legaliseren. Ook heeft verweerder bij besluiten van 22 januari 2020 en van 27 januari 2020 beslist over het handhavingsverzoek, zowel ten aanzien van de bouw als ten aanzien van het kappen zonder vergunning. Tegen deze besluiten is door eiser bezwaar gemaakt, en het bezwaar is door verweerder in behandeling genomen. Verder blijkt uit het dossier dat van de geconstateerde bomenkap proces-verbaal is opgemaakt, en dat dit proces-verbaal aan de Officier van Justitie is gezonden. De inmiddels genomen handhavingsbesluiten kunnen niet bij de beoordeling van het onderhavige beroep worden meegenomen, omdat daarmee de bezwaarschriftenprocedure zou worden doorkruist.
10. De rechtbank hoeft geen toepassing te geven aan artikel 8:55c van de Awb (vaststelling dwangsom bij een gegrond beroep tegen niet-tijdig beslissen) aangezien verweerder bij brief van 27 januari 2020 al met juistheid heeft geconstateerd dat hij het maximale bedrag van € 1.442,- aan verbeurde dwangsom verschuldigd is.
11.
Verweerder wordt veroordeeld in de kosten die eiser in verband met deze procedure heeft gemaakt. Daarbij wordt uitgegaan van verleende rechtsbijstand bij het instellen van beroep in een zaak van gemiddeld gewicht (wegingsfactor 1,0). Normaliter geldt bij een beroep tegen niet-tijdig beslissen een wegingsfactor van 0,5 (licht). Gezien alle correspondentie die eiser over deze zaak heeft moeten voeren om verweerder tot het nemen van besluiten aan te sporen, acht de rechtbank in dit specifieke geval een wegingsfactor van 1,0 passend.