Overwegingen
1. De rechtbank handhaaft wat zij in de tussenuitspraak van 5 juli 2021 heeft overwogen. Kort gezegd overwoog de rechtbank in die uitspraak dat in de watervergunning onvoldoende is gewaarborgd dat de met de beleidsregels Keur AVG 2019 (beleidsregels) strijdige situatie tijdelijk is en dat een eindsituatie wordt bereikt die bij weging van alle in aanmerking komende belangen aanvaardbaar is.
2. Het Waterschap heeft in het bestreden besluit II het bestreden besluit I ingetrokken. De Stichting heeft in de bezwaarfase niet gevraagd om een proceskostenveroordeling en heeft geen belang meer bij een inhoudelijke beoordeling van het beroep tegen het bestreden besluit I. Dat beroep is daarom niet-ontvankelijk. Het beroep richt zich op grond van artikel 6:19, eerste lid, van de Algemene wet bestuursrecht (Awb) van rechtswege tegen het bestreden besluit II.
3. Het Waterschap heeft in het bestreden besluit II de verleende watervergunning gewijzigd en een aantal voorschriften toegevoegd. In de gewijzigde watervergunning staat dat tijdelijk vergunning wordt verleend voor doodlopende watergangen en dat deze watergangen uiterlijk op 1 juli 2023 aan beide zijden open moeten zijn. Aan dit voorschrift kan worden voldaan door de watergangen te verbinden met nog aan te leggen bermsloten. Dit geldt ook voor de tijdelijke duikers. Deze moeten ook uiterlijk op 1 juli 2023 volledig uit het oppervlaktewater worden verwijderd volgens de gewijzigde watervergunning. De beoogde eindsituatie is geduid in een aan de gewijzigde watervergunning toegevoegde waterstructuurkaart. Een nadere motivering wordt gegeven onder 4.2.1. van de gewijzigde vergunning.
Het oordeel van de rechtbank
4. De rechtbank overweegt het volgende. In artikel 2.1, eerste lid aanhef en onder b, van de Waterwet, is bepaald dat de toepassing van de wet is gericht op bescherming en verbetering van de chemische en ecologische kwaliteit van watersystemen. Een vergunning wordt geweigerd, voor zover verlening daarvan niet verenigbaar is met deze doelstellingen. Dat staat in artikel 6.21 van de Waterwet.
5. Het Waterschap heeft in het Definitief Programma van Eisen Blauw [polder 1] (PvE), de eerste watervergunning, het bestreden besluit I, het bestreden besluit II met de gewijzigde watervergunning en de toelichting van zijn ecoloog op de nadere zitting, zijn inzichten gedeeld over de chemische en ecologische kwaliteit van het water en waarom deze wordt gewaarborgd.
6. De rechtbank oordeelt dat dit ook in het bestreden besluit II onvoldoende is onderzocht en onderbouwd en dat wederom geen kenbare belangenafweging is gemaakt voor de aanvaardbaarheid van de tijdelijke strijd met de beleidsregels.Wel heeft het Waterschap nu een einddatum verbonden aan de vergunde tijdelijke situatie, maar het heeft verder niet onderzocht wat de gevolgen van de tijdelijke situatie zijn voor de chemische en ecologische kwaliteit van het water. De Stichting heeft betoogd dat, ook al is de situatie tijdelijk, de gevolgen daarvan blijvend kunnen zijn.
7. Het Waterschap heeft niet kunnen wijzen op enig onderzoek naar de chemische en ecologische gevolgen van de vergunde activiteiten. In de tussenuitspraak van deze rechtbank heeft het Waterschap geen aanleiding gezien een dergelijk onderzoek alsnog uit te voeren. Wel heeft de ecoloog van het Waterschap op de zitting gezegd dat voor vergunningverlening het functioneren van het systeem, in dit geval een veensysteem, en de algemene ecologische effecten zijn beoordeeld. De invloed van de voorgenomen activiteiten is geordend naar acht sleutelfactoren en tot uitdrukking gebracht in het PvE. Van het ecologisch of hydrologisch onderzoek op zichzelf is echter geen verslag teruggevonden. De GEM heeft op de zitting gezegd dat de waterkwaliteit er in de eindsituatie juist op vooruit gaat, nu een zandbodem wordt aangebracht en een natuurcompensatiegebied wordt ingericht, maar heeft dat evenmin nader onderbouwd.
8. De rechtbank vindt dit onvoldoende. Het PvE is weliswaar het resultaat van ecologisch en hydrologisch onderzoek, maar dit onderzoek zelf is op geen enkele wijze kenbaar. De rechtbank oordeelt daarom dat het Waterschap zijn besluit om de watervergunning te verlenen onvoldoende heeft voorbereid en onvoldoende heeft gemotiveerd.
9. De Stichting stelt zich op het standpunt dat het Waterschap niet tijdig op haar bezwaar heeft beslist. Zij verzoekt de rechtbank daarom om een dwangsom vast te stellen. De rechtbank wijst dit verzoek af.
10. Het Waterschap moest beslissen binnen twaalf weken, gerekend vanaf de dag na die waarop de termijn voor het indienen van het bezwaarschrift was verstreken. De termijn is opgeschort gerekend vanaf de dag na die waarop de Stichting is verzocht een verzuim in het bezwaar te herstellen, tot de dag waarop het verzuim is hersteld of de daarvoor gestelde termijn ongebruikt is verstreken. Dat staat in artikel 7:10 van de Algemene wet bestuursrecht.
11. De vergunning is verleend op 27 februari 2020, zodat de bezwaartermijn verstreek op 9 april 2020. Het Waterschap moest daarom in beginsel uiterlijk twaalf weken later, op 2 juli 2020 beslissen op het bezwaar. Deze termijn is echter opgeschort omdat het Waterschap de Stichting op 26 maart 2020 in de gelegenheid heeft gesteld de gronden voor het bezwaar in te dienen en de Stichting dit op 6 mei 2020 heeft gedaan. De brief van het Waterschap vermeldt dat de beslistermijn met vier weken is opgeschort, zodat deze liep tot 30 juli 2020.
12. De Stichting heeft het Waterschap met een brief van 29 juli 2020 in gebreke gesteld. Dit is te vroeg. De rechtbank is niet gebleken dat de Stichting het Waterschap hierna nog een keer in gebreke heeft gesteld. Er is daarom geen dwangsom verbeurd.
13. De rechtbank zal het beroep gericht tegen het bestreden besluit I niet-ontvankelijk verklaren. De rechtbank zal het beroep tegen het bestreden besluit II gegrond verklaren en het bestreden besluit II vernietigen. Het verzoek om een dwangsom vast te stellen wordt afgewezen.
14. Omdat de rechtbank het beroep gegrond verklaart, bepaalt de rechtbank dat verweerder aan de Stichting het door haar betaalde griffierecht vergoedt.
15. Er zijn geen voor vergoeding in aanmerking komende proceskosten.