Op 22 februari 2022 heeft de Rechtbank Amsterdam uitspraak gedaan in de bodemzaak tussen Boaty B.V. en het college van burgemeester en wethouders van de gemeente Amsterdam, met zaaknummer AMS 21/1635. De zaak betreft de omzetting van exploitatievergunningen voor passagiersvaart van onbepaalde tijd naar bepaalde tijd. De rechtbank heeft vastgesteld dat het college op 4 juni 2020 de exploitatievergunning van Boaty B.V. ambtshalve heeft gewijzigd in een vergunning voor bepaalde tijd voor verschillende vaartuigen, met einddata variërend van 2024 tot 2028. Boaty B.V. heeft hiertegen bezwaar gemaakt, maar dit werd ongegrond verklaard door het college op 10 februari 2021. Hierop heeft Boaty B.V. beroep ingesteld bij de rechtbank.
Tijdens de regiezitting op 22 april 2021 zijn afspraken gemaakt over het verloop van de procedure. De rechtbank heeft het onderzoek ter zitting gehouden van 16 tot en met 30 november 2021, waarbij Boaty B.V. werd vertegenwoordigd door een gemachtigde. De rechtbank heeft de gezamenlijke standpunten van Boaty B.V. en andere reders behandeld in één uitspraak, waarbij de rechtbank oordeelde dat de omzetting van de vergunningen niet in strijd is met het recht. De rechtbank heeft de individuele beroepsgronden van Boaty B.V. beoordeeld, waarbij werd gesteld dat het college onvoldoende rekening heeft gehouden met de specifieke kenmerken van de onbemande passagiersvaart. De rechtbank concludeerde dat de omzetting van de vergunningen niet onredelijk was en dat er geen sprake was van discriminatoir beleid. Het beroep van Boaty B.V. werd ongegrond verklaard, en er was geen aanleiding voor een proceskostenveroordeling of vergoeding van het griffierecht.