a. De gemeenteraad van Amsterdam heeft besloten tot de aanleg van de Noord-Zuidlijn, een metroverbinding tussen Amsterdam Noord en Amsterdam Zuid. De lijn begint bovengronds in Amsterdam-Noord, gaat onder het IJ en Centraal Station door en vervolgt zijn weg vanaf het Damrak met twee geboorde tunnels onder het Rokin, de Vijzelstraat, de Vijzelgracht, de Ferdinand Bolstraat en de Scheldestraat, waarna de lijn weer boven de grond komt in de middenberm van de Ringweg A10 tussen station Europaplein en station Zuid/WTC. Het ondergrondse gedeelte ten zuiden van het Damrak wordt geboord, waartoe eerst de drie ondergronds gelegen casco's van de stations Rokin, Vijzelgracht en Ceintuurbaan zullen worden aangelegd.
b. Besloten is om de bouwvergunning te splitsen in een bouwvergunning voor de tunnelbuizen en bouwvergunningen voor de stations, waarbij voor de ondergrondse stations de bouwvergunningen weer zijn opgesplitst in een bouwvergunning voor het casco (cascovergunning) en een bouwvergunning voor de inrichting van het station (inrichtingsvergunning).
c. Bij besluit van 26 maart 1999 hebben burgemeester en wethouders van Amsterdam vergunning verleend aan de Directie Noord/Zuidlijn (vergunninghoudster) voor het oprichten van een casco metrostation op een terrein gelegen aan het Rokin te Amsterdam.
d. Bij besluit van 4 februari 2000 hebben burgemeester en wethouders het daartegen door De Bovengrondse gemaakte bezwaar ongegrond verklaard. Bij uitspraak van 4 december 2000 heeft deze rechtbank het daartegen door De Bovengrondse ingestelde beroep gegrond verklaard en de bestreden beslissing op bezwaar vernietigd. Tegen deze uitspraak heeft De Bovengrondse bij de Afdeling bestuursrechtspraak van de Raad van State beroep ingesteld.
e. Bij besluit van 1 februari 2001 hebben burgemeester en wethouders een nieuwe beslissing op bezwaar genomen waarbij zij het bezwaar van De Bovengrondse gedeeltelijk gegrond hebben verklaard, in zoverre dat aan de cascovergunning de voorwaarde is verbonden dat het bouwveiligheidsplan ten minste acht weken voor aanvang van de werkzaamheden aan de Stedelijke Woningdienst wordt overgelegd en met de uitvoering van het werk niet wordt begonnen voordat dit plan is goedgekeurd.
f. Het daartegen gerichte beroepschrift van 14 maart 2001 is door de rechtbank naar de Raad van State doorgezonden. Het beroep wordt ingevolge de Algemene wet bestuursrecht geacht mede te zijn gericht tegen het besluit van 1 februari 2001, waarbij Burgemeester en wethouders opnieuw op het bezwaar van De Bovengrondse hebben beslist.
De Bovengrondse heeft in beroep onder meer betoogd dat de rechtbank heeft miskend dat de vergunningverlening voor het station ten onrechte plaatsvindt in delen, met de vergunning voor het casco als eerste deel. De Bovengrondse heeft gewezen op het belang van een integrale beoordeling van vooral de veiligheid van het station die door de vergunningverlening in delen volgens haar niet kan plaatsvinden.
g. Bij uitspraak van 19 juni 2002 heeft de Afdeling bestuursrechtspraak van de Raad van State het beroep van De Bovengrondse ongegrond verklaard. Zij heeft daartoe onder meer onder overwogen:
"De rechtbank wijst er terecht op dat het voor rekening en risico van vergunninghoudster komt indien bij de beoordeling van de aanvragen van de vervolgvergunningen knelpunten optreden in verband waarmee die niet verleend zouden mogen worden. Gelet op het belang dat appellante (De Bovengrondse, vzr.) hecht aan een integrale beoordeling van de veiligheid van het station wijst de Afdeling nog op de gebruiksvergunning die ingevolge artikel 6.1.1. van de Bouwverordening voor het station is vereist. Het bouwplan betreft een casco metrostation, bestaande uit een ondergrondse betonnen bak zonder inrichting. Anders dan appellante stelt is de Afdeling niet gebleken dat met het bouwplan de diameter van de tunnelbuizen naar en de inrichting van het metrostation zijn vastgelegd. Voor het oordeel dat de beslissing op bezwaar niet is gebaseerd op de voor de beoordeling van het bouwplan benodigde informatie, heeft de rechtbank terecht geen aanleiding gezien. Met de rechtbank stelt de Afdeling vast dat het bouwplan niet in strijd is met het Bouwbesluit. Hetgeen appellante betoogt over de brandveiligheid en vluchtwegen heeft geen betrekking op het bouwplan, maar op onder meer de tunnels naar en de inrichting van het metrostation. Dat geldt ook voor de door appellante aangevoerde bezwaren van de brandweer; de rechtbank heeft terecht vastgesteld dat de brandweer geen bezwaren heeft tegen het casco, dat thans in het geding is. Vast staat voorts dat de Commissie voor Welstand en Monumenten positief heeft geadviseerd over het bouwplan inzake het casco. Het negatieve advies van deze commissie over het bouwplan inzake het station, waarop appellante doelt, is terecht niet betrokken bij de beoordeling van het onderhavige bouwplan (..)."
h. Bij besluit van 20 juni 2000 hebben burgemeester en wethouders de inrichtingsvergunning verleend voor het casco Rokin.
i. Het door De Bovengrondse tegen dit besluit gemaakte bezwaar is door burgemeester en wethouders ongegrond verklaard. De Bovengrondse heeft bij de bestuursrechter van deze rechtbank beroep ingesteld. Zij heeft onder meer betoogd dat het bestreden besluit niet voldoet aan het veiligheidsniveau zoals is voorgeschreven in het Bouwbesluit. Volgens de Bovengrondse is het veiligheidsniveau onvoldoende omdat in de inrichting niet is voorzien in een vaste trap, doch slechts in roltrappen, en de totale uitgangsbreedte van de roltrappen 6 meter is, in plaats van de door de brandweer Amsterdam geadviseerde 8 meter.
j. Bij uitspraak van 30 september 2003 is het beroep gegrond verklaard.