2. Overwegingen
2.1. Het Hof overweegt ambtshalve als volgt.
2.1.1. Zoals het Hof eerder heeft overwogen (uitspraak van 13 oktober 2008 in zaak nr. 272 HLAR 44/08; www.rechtspraak.nl), is bij de beschikking om een vergunning tot tijdelijk verblijf te weigeren slechts het belang van de desbetreffende vreemdeling rechtstreeks betrokken.
In dit geval heeft de werkgever uit eigen hoofde tegen de beschikking, waarbij de aanvraag om verlening van een vergunning tot tijdelijk verblijf aan de vreemdeling is afgewezen, bezwaar gemaakt. Deze was echter geen belanghebbende in de zin van artikel 9, eerste lid, van de Landsverordening administratieve rechtspraak (hierna: de Lar) bij die beschikking en de minister heeft het door hem daartegen gemaakte bezwaar dan ook ten onrechte niet deswege niet-ontvankelijk verklaard. Het Gerecht heeft dat miskend.
2.2. De vreemdeling betoogt dat het Gerecht, door te overwegen dat artikel 6, derde lid, van het Europees Verdrag inzake nationaliteit (hierna: het EVN) geen rechtstreekse werking toekomt, heeft miskend dat de rechtstreekse werking van deze verdragsbepaling in de rechtspraak is aanvaard.
2.2.1. Die verdragsbepaling luidt:
Elke Staat die Partij is, voorziet in zijn nationale wetgeving in de mogelijkheid van naturalisatie van personen die hun wettige en gewone verblijf op zijn grondgebied hebben. Bij het bepalen van de voorwaarden voor naturalisatie voorziet hij niet in een periode van verblijf langer dan tien jaar voorafgaande aan de indiening van het verzoek.
2.2.1. Die bepaling bevat geen norm die voor rechtstreekse toepassing door de rechter vatbaar is. De door de vreemdeling aangehaalde jurisprudentie leidt niet tot een ander oordeel, reeds omdat hierin de rechtstreekse werking van die verdragsbepaling niet is aanvaard. Het betoog faalt.
2.3. De vreemdeling betoogt verder onder meer dat het Gerecht heeft miskend dat de minister bij de beschikking van 3 juni 2008 ten onrechte het gevoerde beleid, vermeld in de Nota Vreemdelingenbeleid van 24 juni 2002 (hierna: de nota), heeft toegepast.
2.3.1. Ingevolge artikel V van de Landsverordening tot wijziging van de Ltu en de Zegelverordening van 28 juni 2006 worden verzoeken om verlening van een vergunning tot verblijf of tot tijdelijk verblijf die na 1 juli 2006 zijn ingediend, behandeld overeenkomstig de op het tijdstip van indiening geldende voorschriften, bij of krachtens de Ltu gesteld.
Nu het verzoek op 6 augustus 2007 is ingediend, is de Ltu, zoals die sinds 1 juli 2006 luidt, van toepassing en niet het volgens de nota gevoerde beleid. Het betoog slaagt. Dit leidt evenwel niet tot vernietiging van de aangevallen uitspraak. Daartoe wordt als volgt overwogen.
2.3.2. Ingevolge artikel 7, lid 3, van de Ltu draagt de minister zorg dat de periode waarin een persoon met een andere dan de Nederlandse nationaliteit, die in loondienst op grond van een vergunning tot tijdelijk verblijf werkzaam is, aaneengesloten tot Aruba toegelaten is, ten hoogste drie jaar bedraagt.
2.3.3. Niet in geschil is dat de vreemdeling van 18 oktober 2004 tot 18 oktober 2007 krachtens een vergunning tot tijdelijk verblijf hier te lande voor het verrichten van arbeid in loondienst heeft verbleven. Nu de vreemdeling ten tijde van de beschikking van 1 november 2007 drie jaar voor dat doel in Aruba had verbleven, heeft de minister het tegen deze beschikking gemaakte bezwaar terecht ongegrond verklaard. Gelet hierop, heeft het Gerecht het beroep, voor zover door de vreemdeling ingesteld, terecht, zij het op andere gronden, ongegrond verklaard.
2.4. Het hoger beroep is, voor zover ingesteld door de vreemdeling, ongegrond en, voor zover ingesteld door de werkgever, gegrond. De aangevallen uitspraak dient te worden vernietigd, voor zover het beroep van de werkgever daarbij ongegrond is verklaard, en voor het overige, zij het met verbetering van de gronden waarop die rust, te worden bevestigd. Doende hetgeen het Gerecht had behoren te doen, zal het Hof het door de werkgever ingestelde beroep gegrond verklaren en de beschikking van 3 juni 2008, voor zover het door de werkgever gemaakte bezwaar daarbij ongegrond is verklaard, vernietigen. Nu de minister het door de werkgever gemaakte bezwaar niet-ontvankelijk had dienen te verklaren, ziet het Hof aanleiding om op na te melden wijze zelf in de zaak te voorzien.
2.5. De minister dient op na te melden wijze in de proceskosten te worden verwezen. Het Hof ziet aanleiding om daarbij een wegingsfactor van 0,25 toe te passen.