2. De feiten
Blijkens de gedingstukken staat als onbetwist, dan wel onvoldoende betwist, tussen partijen vast:
2.1 Over de jaren 1995 t/m 1999 is een boekenonderzoek ingesteld bij belanghebbende. Zij maakt onderdeel uit van de D-groep, gevestigd te Z. Deze groep kent twee hoofdactiviteiten: enerzijds de productie en montage van luchttechnische systemen (D-vennootschappen) en anderzijds de productie van en handel in weeg- en verpakkingsmachines en verpakkingsmaterialen voor de agri-industrie (E-vennootschappen in Nederland en in de Verenigde Staten).
2.2 De structuur van de groep is in de gecontroleerde periode veelvuldig gewijzigd. Deze wijzigingen betreffen de onderlinge aandeelhoudersrelaties binnen de groep, de namen van de vennootschappen en de activiteiten daarvan en wijzigingen van het boekjaar van de meeste vennootschappen.
2.3 De relevante naamswijzigingen in de procedures van X BV betreffen:
17-08-1993 E Internationaal (E International) BV wijzigt de naam in Machinefabriek F BV
20-05-1994 Machinefabriek F BV wijzigt de naam in E International BV
20-06-1998 E International BV wijzigt naam in X BV.
2.4 De aandelen van de twee topholdings binnen de groep, D Belegging BV en E Holding BV, zijn in het bezit van de heer G. Hij geeft als directeur dagelijks leiding aan de groep en is verantwoordelijk voor de wijze waarop door de diverse vennootschappen wordt omgegaan met de fiscale verplichtingen.
2.5 Het in 2000 opgestarte boekenonderzoek kende een uiterst moeizaam verloop. G maakte voor de aanvang van het onderzoek al kenbaar dat de medewerking zijnerzijds en van de zijde van het bedrijf tot het hoogst noodzakelijke zou worden beperkt. Bij de aanvang van de controle werd tevens meegedeeld dat de heer H, financieel adjunct-directeur, niet met de controlerende ambtenaren wenste te praten en geen vragen wilde beantwoorden. Tijdens het onderzoek heeft G meerdere malen uitgesproken dat hij weigerde om (verder) inlichtingen en informatie te verstrekken. Evenmin heeft uitwisseling van de digitale gegevens op een voor de belastingdienst leesbare/benaderbare wijze plaatsgevonden. De bejegening van de controlerende ambtenaren door G blijkt uit de chronologische verslagen die door twee van de controlerende ambtenaren (C RA en B) zijn opgesteld (zie bijlagen 6 en 7 bij het verweerschrift).
2.6 Omdat beantwoording van vragen en informatieverstrekking in de vorm van stukken en bestanden uitbleef, is de heer G en later zijn gemachtigde, de heer I, schriftelijk meegedeeld dat men daardoor niet voldeed aan de op hen rustende verplichtingen ingevolge de artikelen 47 en 49 AWR. Uiteindelijk is slechts ten dele gereageerd op de naar aanleiding van de controle gestelde vragen en verzoeken om nadere toelichting en stukken.
2.7 In het in juli 2002 uitgebrachte controlerapport (bijlage 8 bij het verweerschrift) is het standpunt van de controlerende ambtenaren opgenomen met betrekking tot de verschillende onderwerpen. Voor zover er een reactie van belastingplichtige is ontvangen, is dat bij het betreffende onderwerp vermeld.
2.8 G heeft op 10 mei 2000 aangegeven geen prijs te stellen op een mogelijkheid tot reactie op een concept van het controlerapport; het onderzoek moest maar worden afgemaakt en dan zou hij zijn standpunt over de inhoud van het rapport wel kenbaar maken. Resultaat van het boekenonderzoek is een controlerapport van 97 pagina's (inclusief een niet openbaar intern memo) met een veelheid aan correcties voor de vennootschaps-, omzet- en loonbelasting.
2.9 De controlerende ambtenaren hebben daarbij (voor de loonbelasting) 1998 als basisjaar genomen en de uitkomsten naar de overige jaren geëxtrapoleerd.
Voor de loonbelasting is slechts de S&O-correctie in geding.
2.10 Diverse vennootschappen binnen het concern hebben gebruik gemaakt van de S&O-faciliteit in de Wet vermindering afdracht loonbelasting en premie voor de volksverzekeringen (hierna: WVA). (Zie het overzicht in onderdeel 4.9.4 op blz. 84 e.v. van het controlerapport.)
2.11 In dit onderdeel is voorts omschreven wat er volgens de controlerende ambtenaren mis is met de S&O-administratie binnen het concern, gelet op de verplichtingen die voortvloeien uit artikel 24 van de Uitvoeringsregeling afdrachtvermindering (hierna: URAV) naast de meer algemene verplichtingen die voortvloeien uit de Algemene wet inzake rijksbelastingen (: AWR), met name artikel 52, lid 4.
2.12 Ter berekening van de S&O-loonsom past belanghebbende in afwijking van artikel 21, lid 1, WVA onder toepassing van artikel 22 URAV het vereenvoudigde S&O-loon toe.
2.13 Bij de aanvang van de controle van de S&O-afdrachtvermindering is door de controlerende ambtenaren de volledige S&O-administratie over 1998 opgevraagd, bestaande uit de urenstaten, de loonkostenoverzichten, de S&O-aanvragen en de S&O-beschikkingen. De voortgangsrapportage van de diverse projecten was volgens mededeling van belanghebbende niet (meer) aanwezig.
2.14 Samengevat waren van de 26 werknemers die in 1998 S&O-werkzaamheden verrichtten, 21 personen te controleren en van hun uren was minder dan 1/3 deel te controleren.
2.15 De resultaten van de controle leverden voorts op dat wat betreft werknemers die aan werkorders werkten alle geclaimde S&O-uren ten onrechte in aanmerking waren genomen en wanneer gekeken werd naar alle werknemers tezamen, ruim 40% (1598,5 van totaal 3.913,5 controleerbare, als S&O geboekte uren) ten onrechte als S&O-uren was aangemerkt. De controlerende ambtenaren hebben uiteindelijk 30% van de in aftrek gebrachte S&O-afdrachtvermindering laten staan en dus 70% gecorrigeerd.
2.16 Voor 1997 betekende dit een correctie op de afdrachtvermindering ter zake van S&O van € 22.791,-.
2.17 Ter zake van deze correctie heeft de inspecteur een verhoging van per saldo 50 percent opgelegd, ofwel € 11.395,-.