De Rechtbank
12. De Rechtbank heeft overwogen:
13. In geschil is of [de Inspecteur] het communautair verdedigingsbeginsel heeft geschonden. Subsidiair is in geschil of de naheffingsaanslag voor de jaren 2012-2013 op het juiste bedrag is vastgesteld.
14. [ Belanghebbende] stelt dat [de Inspecteur] niet alle stukken van het geding heeft ingebracht en dat hij daardoor in zijn verdedigingsmogelijkheden wordt geschaad. Verder heeft [de Inspecteur] de wel ingediende stukken te laat ingediend. Volgens [belanghebbende] is sprake van een zodanige schending van de goede procesorde en de fundamentele rechtsbeginselen, in het bijzonder het beginsel van hoor en wederhoor en het inzagerecht, dat artikel 6 van het EVRM is geschonden. Verder heeft [de Inspecteur] artikel 8:42 van de Algemene wet bestuursrecht (Awb) geschonden. [Belanghebbende] verbindt daaraan de conclusie dat de door [de Inspecteur] na indiening van het verweerschrift ingediende stukken buiten beschouwing dienen te blijven. [Belanghebbende] stelt dat [de Inspecteur] het communautair verdedigingsbeginsel heeft geschonden omdat hij niet in de gelegenheid is gesteld om zijn standpunt kenbaar te maken voorafgaand aan het opleggen van de naheffingsaanslagen. De naheffingsaanslag voor de jaren 2012-2013 is volgens [belanghebbende] op een te hoog bedrag vastgesteld omdat [de Inspecteur] ten onrechte geen rekening heeft gehouden met de door de FE ingediende suppletieaangifte. [Belanghebbende] concludeert primair tot vernietiging van de naheffingsaanslagen en subsidiair tot vermindering van de naheffingsaanslag voor de jaren 2012-2013 met een bedrag van € 12.095.
15. [ De Inspecteur] stelt zich op het standpunt dat de naheffingsaanslagen terecht en tot de juiste bedragen zijn opgelegd en dat [belanghebbende] het bewijs voor de voorbelasting niet heeft geleverd. Daarnaast is [de Inspecteur] van mening dat geen sprake is van schending van artikel 6 EVRM, artikel 8:42 Awb of van het communautair verdedigingsbeginsel. [De Inspecteur] concludeert tot ongegrondverklaring van de beroepen.
Beoordeling van het geschil
Op de zaak betrekking hebbende stukken
16. Op grond van artikel 8:42, eerste lid, van de Awb dient [de Inspecteur] alle stukken die hem ter beschikking staan en een rol hebben gespeeld bij zijn besluitvorming aan [belanghebbende] en aan de rechter te overleggen. In het geval [de Inspecteur] verzuimt te voldoen aan de verplichting om (tijdig) stukken te overleggen, kan de rechter op grond van artikel 8:31 van de Awb daaruit de gevolgtrekking maken die hem geraden voorkomt.
17. De rechtbank heeft [de Inspecteur] bij brief van 26 juni 2018 verzocht de op de zaak betrekking hebbende stukken binnen vier weken in te dienen. De rechtbank stelt vast dat [de Inspecteur] een deel van de stukken pas op 24 oktober 2018 heeft toegestuurd. De rechtbank ziet daarin echter geen aanleiding die nadere stukken buiten beschouwing te laten. [Belanghebbende] is door die late indiening van de stukken niet in zijn procesbelang geschaad omdat hij in ieder geval vanaf 24 oktober 2018 ruim voldoende gelegenheid heeft gehad die stukken te bestuderen.
18. [ Belanghebbende] stelt verder dat [de Inspecteur], ondanks de aanvulling van 24 oktober 2018, niet alle op de zaak betrekking hebbende stukken heeft overgelegd. Hij mist in het bijzonder het volledige dossier inclusief bijlagen van de Belastingdienst/FIOD, alle correspondentie over het compromis, de suppletieaangifte omzetbelasting van de BV, het boeteadvies en een beschikking van de ontvanger over uitstel van betaling. [Belanghebbende] heeft niet gemotiveerd waarom de door hem genoemde stukken van enig belang kunnen zijn geweest voor de besluitvorming van [de Inspecteur] bij het opleggen van de naheffingsaanslagen en dat aldus sprake is van op de zaak betrekking hebbende stukken. De rechtbank neemt daarbij in aanmerking dat vaststaat dat de gesprekken in de bezwaarfase over een compromis niet hebben geleid tot verlaging van de naheffingsaanslagen, dat er geen boetes zijn opgelegd, dat een kopie van de suppletieaangifte zich wel in het dossier bevindt en dat uitstel van betaling pas aan de orde komt nadat aanslagen zijn opgelegd. Verder blijkt uit het overzichts-PV dat het onderzoek door Belastingdienst/FIOD pas is gestart nadat onderhavige naheffingsaanslagen zijn opgelegd zodat de resultaten van dat onderzoek daarbij geen rol gespeeld kunnen hebben. De rechtbank verbindt daarom geen gevolgen aan de omstandigheid dat de door [belanghebbende] genoemde stukken niet zijn overgelegd (vgl. Hoge Raad, 14 november 2014, ECLI:NL:HR:2014:3041). Ten overvloede merkt de rechtbank op dat [belanghebbende] zelf reeds beschikt over (een aanzienlijk deel van) de stukken, dat de gemachtigde al ten tijde van het boekenonderzoek bij de zaak betrokken is en dat de gemachtigde ook in de strafzaak tegen [belanghebbende] als raadsman van [belanghebbende] optreedt. [Belanghebbende] had de voor hem van belang zijnde informatie dus ook zelf aan de rechtbank kunnen verstrekken. Uit het voorgaande volgt tevens dat [belanghebbende] zijn stelling dat artikel 6 van het EVRM is geschonden, niet aannemelijk heeft gemaakt nu hij die stellingen uitsluitend heeft gebaseerd op het volgens hem niet tijdig dan wel onvolledig overleggen van de stukken. 19. Tussen partijen is niet in geschil dat het communautair verdedigingsbeginsel van toepassing is wanneer naheffingsaanslagen omzetbelasting worden opgelegd. Het verdedigingsbeginsel brengt mee dat degene aan wie een naheffingsaanslag omzetbelasting wordt opgelegd, de gelegenheid moet krijgen voorafgaand aan die naheffingsaanslag zijn standpunt kenbaar te maken over de elementen waarop [de Inspecteur] de aanslagen wil baseren.
20. Uit het controlerapport en het proces-verbaal van het getuigenverhoor van [F] volgt dat verweerder op 20 oktober 2014 aan [belanghebbende] excel-bestanden heeft verstrekt waarin per jaar gespecificeerd de verschillen tussen de door [belanghebbende] verstrekte auditfiles en de aangiften omzetbelasting en de daaruit voortvloeiende na te heffen bedragen zijn vermeld. Het moet voor [belanghebbende] daarom op 20 oktober 2014 duidelijk zijn geweest dat, zonder een sluitende verklaring voor de geconstateerde verschillen, de hiermee samenhangende naheffingsaanslagen omzetbelasting opgelegd zouden worden. Uit de stukken blijkt verder dat tijdens het gesprek van 20 oktober 2014 is meegedeeld dat de correcties die in de excel-bestanden zijn vermeld volledig voortvloeien uit de administratie van [belanghebbende], dat een inhoudelijke controle van de juistheid van die gegevens uit de administratie niet heeft plaatsgevonden en dat de correcties in hoofdzaak betrekking hebben op te veel afgetrokken voorbelasting. Er is dan ook geen sprake van een ingewikkeld feitencomplex of van een specifieke juridisch duiding van die feiten. De elementen waarop [de Inspecteur] de naheffingsaanslagen wilde baseren waren zodoende ook reeds bij [belanghebbende] bekend. Met betrekking tot het jaar 2009 is verder op 2 december 2014 expliciet aangekondigd dat, vanwege de dreigende verjaring, een naheffingsaanslag zal worden opgelegd ter grootte van het geconstateerde aansluitingsverschil. Gelet op het voorgaande vormen de op 20 oktober 2014 overgelegde overzichten met de geconstateerde aansluitingsverschillen in combinatie met het op 20 oktober 2014 gevoerde gesprek, een voldoende geconcretiseerd voornemen van [de Inspecteur] tot het opleggen van de naheffingsaanslagen.
21. [ Belanghebbende] is tijdens het gesprek van 20 oktober 2014 expliciet in de gelegenheid gesteld om vóór het vervolggesprek van 27 november 2014, later gewijzigd naar 1 december 2014, een verklaring te geven voor de aansluitingsverschillen en aldus [de Inspecteur] te wijzen op eventuele vergissingen dan wel argumenten aan te voeren op grond waarvan de naheffingsaanslagen geheel of gedeeltelijk achterwege zouden moeten blijven. Uit het verslag van het gesprek van 1 december 2014, waarbij ook de gemachtigde aanwezig was, blijkt dat [ [B] ] geen gebruik heeft gemaakt van die mogelijkheid omdat hij het daarvoor te druk had en dat hij zich ervan bewust was dat de naheffingsaanslagen zouden worden opgelegd. Aangezien de naheffingsaanslagen pas eind december 2014 respectievelijk eind maart 2015 zijn opgelegd, heeft [belanghebbende] materieel ook na het gesprek van 1 december 2014 nog ruim de gelegenheid gehad zich alsnog over het voornemen van [de Inspecteur] uit te laten. Daarmee is [belanghebbende] voldoende in de gelegenheid gesteld voorafgaand aan het opleggen van de naheffingsaanslagen zijn standpunt naar behoren kenbaar te maken over de naheffingsaanslagen en de elementen waarop [de Inspecteur] deze wilde baseren. Dat [belanghebbende] niet zelf bij de verschillende gesprekken aanwezig was, leidt niet tot een ander oordeel omdat het de keuze van [belanghebbende] is geweest zich bij de gesprekken te laten vertegenwoordigen door [ [B] ], [ [C] ] en later ook de gemachtigde.
22. Uit het voorgaande volgt dat [belanghebbende] vooraf op de hoogte is gesteld van de reden en de omvang van de naheffingsaanslagen die [de Inspecteur] van plan was op te leggen en dat hij voldoende gelegenheid heeft gehad zich over dat voornemen uit te laten. Van schending van het verdedigingsbeginsel is daarom geen sprake. Wat partijen daarover verder hebben aangevoerd, behoeft daarom geen behandeling.
Zijn de naheffingsaanslagen terecht opgelegd?
23. Op grond van artikel 15, eerste lid, van de Wet kan de ondernemer de omzetbelasting die aan hem ter zake van de levering van goederen of diensten in rekening is gebracht onder voorwaarden in aftrek brengen.
24. De bewijslast dat en in hoeverre recht bestaat op aftrek van voorbelasting, rust op de ondernemer. Uit de door [belanghebbende] overgelegde administratie blijkt dat hij meer voorbelasting heeft afgetrokken op de aangiften omzetbelasting dan waarop hij volgens die administratie recht had. [Belanghebbende] heeft geen feiten gesteld op grond waarvan moet worden geoordeeld dat en in hoeverre de door hem verstrekte auditfiles onjuist waren en dat dient te worden uitgegaan van de bedragen die hij op zijn aangiften heeft vermeld. [Belanghebbende] is dan ook niet in zijn bewijslast geslaagd en [de Inspecteur] heeft de verschillen in voorbelasting van totaal € 300.601 dan ook terecht nageheven.
25. Ten aanzien van de correctie van de aangegeven verschuldigde omzetbelasting rust de bewijslast op [de Inspecteur]. Aangezien [de Inspecteur] zich ook hiervoor volledig heeft gebaseerd op de door [belanghebbende] verstrekte administratie, ligt het echter op de weg van [belanghebbende] om aannemelijk te maken dat die informatie onjuist is. [Belanghebbende] heeft daartoe, behalve voor de maand oktober 2013, niets aangevoerd.
26. Met betrekking tot het jaar 2013 stelt [belanghebbende] dat [de Inspecteur] ten onrechte geen rekening heeft gehouden met de suppletieaangifte van de FE. Niet in geschil is dat [belanghebbende] geen onderdeel uitmaakt van deze fiscale eenheid. De suppletieaangifte is dan ook niet relevant voor de vraag of de naheffingsaanslag die aan [belanghebbende] is opgelegd voor de periode 2012 tot en met 2013 op het juiste bedrag is vastgesteld.
27. De omzetbelasting die betrekking heeft op de maand oktober 2013 maakte deel uit van de door [belanghebbende] verstrekte auditfiles en is daarom ook in de naheffingsaanslag voor de jaren 2012-2013 begrepen. Het gaat hierbij per saldo om een bedrag van € 12.095 (verschuldigd € 59.723 minus € 47.628 aan voorbelasting). Ter zitting heeft [de Inspecteur] verklaard dat onduidelijk was of en door wie deze belasting was voldaan en dat daarom zekerheidshalve het bedrag van € 12.095 bij [belanghebbende] is nageheven. Vaststaat dat de transportonderneming van [belanghebbende] met ingang van 1 oktober 2013 is ingebracht in de BV. Vanaf dat moment is de BV degene die de ondernemingsactiviteiten uitoefent en de daarmee samenhangende omzetbelasting moet aangeven en betalen. De over de maand oktober 2013 verschuldigde omzetbelasting is daarom ten onrechte van [belanghebbende] nageheven. Dit heeft tot gevolg dat het beroep met betrekking tot de naheffingsaanslag over de jaren 2012-2013 in zoverre gegrond is.
28. [ Belanghebbende] heeft geen afzonderlijke beroepsgronden aangevoerd die verband houden met belastingrente. Dat in strijd met enige regel van geschreven of ongeschreven recht rente in rekening is gebracht, is gesteld noch gebleken. Wel dient de belastingrente overeenkomstig de vermindering van de naheffingsaanslag over de jaren 2012-2013 te worden verminderd.
29. Gelet op wat hiervoor is overwogen, dienen de beroepen tegen de naheffingsaanslagen over de jaren 2009 (zaaknummer SGR 18/4428) en 2010-2011 (zaaknummer SGR 18/4429) ongegrond te worden verklaard en dient het beroep tegen de naheffingsaanslag over de jaren 2012-2013 (zaaknummer SGR 18/4430) gegrond te worden verklaard.